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在太平天國起義和第二次鴉片戰爭的壓力下，清朝咸豐時期的財政面臨着前所未有的危機。太平天國起義後，受戰火波及，很多稅關祇能臨時或永久封關，常關稅收明顯下降，由原來的250多萬兩下降至100萬兩，降幅高達一半以上。與此同時，咸豐時期的洋稅體制也發生巨大變化，形成了內地子口半稅、復進口半稅、船鈔和洋藥稅等幾種洋稅稅種。影響更為深遠的則是稅務司制度。咸豐十年(1860)，清廷設立總理各國事務衙門，專辦外交事務；隨即，英國人李泰國被任命為“總稅務司”，關稅自主權旁落，但稅收增長卻極為強勁。正是由於洋稅的快速崛起，導致咸豐朝的關稅總收入在戰爭情況下仍能保持較為明顯的增長。這一時期，以粵海關為代表的洋關均位於沿海地區，若將它們的徵稅情況與常關中的沿海各關相匯總，則沿海地區所徵收的關稅遠遠超過內地各關和邊疆各關。這顯示出，沿海地區的商品貿易流通，已經超過內地的商品貿易流通，經濟重心由內地向沿海地區轉移的趨勢明顯。關稅和釐金共同構成了這一時期商稅的主體，並從根本上改變了清朝舊有的以田賦稅收為主體的農業型財政稅收結構，開始向以關稅和釐金為代表的商業型稅收結構轉變。這一過程，可以稱之為清代財政的近代化轉型。在咸豐時期的財政收入構成中，傳統的田賦和常稅部分仍歸中央所有；新滋生出的稅源中的洋稅雖由洋人負責徵收，但最終仍須交由中央統籌規劃；釐金則基本由地方當局管理。由此可見，這一時期的財政已經出現全新的變化，財政的“盤子”或者說這塊“蛋糕”已經做大。正如清代的中央集權體制本身一樣，這一時期也已經隨着時代的變化，在內涵和外延方面都有了重大拓展。“舊瓶”固然可以裝“新酒”，但此時其實已是容量擴大了的“新瓶”了，如果還要用一成不變的“舊瓶”刻度來衡量權力的變化，顯然是不合適的。從這個角度來看，不論是“督撫專權”還是“內外皆輕”，研究者都存在着簡單化、概念化的問題。
太平天國起義也影響到洋關。咸豐三年之前，清廷對江海洋關(上海)、浙海洋關、廈門海關、福州海關是牢牢控制的。咸豐三年秋，上海小刀會起義，佔領上海全城，蘇松太道兼江海洋關監督吳健彰逃離上海，英、美、法三國趁機接管江海洋關。十月，局勢稍定，吳徤彰重返上海，要求恢復自己對洋關的控制，遭到列強拒絕。經過多次談判，清廷於次年接受英國的提議，將上海關置於英、美、法三國共同控制之下，备派一名代表主持稅務。由此，江海洋關成爲中國歷史上第一個由西方控制的洋關，清廷的徵稅自主權受到嚴重侵犯。考慮到與太平軍、西方列強之間的衝突，以及西方列強對江海洋關的成功管理，清政府認可由西方負責洋關的徵稅事宜。咸豐九年，清政府建立了海關總稅務司；之後，洋關逐漸發展成一個綜合管理中國河運、海運等各種事宜的機構。因爲已由指定的西方稅務司進行單獨管理，洋關形成了獨立的稅收系統，並成爲清政府一項特殊的財政收入，這對於晚清財政結構的演變具有決定性意義。 太平天國運動還影響到洋關的徵稅收入。咸豐四年，粵海關奏稱：“因廣潮惠各屬口岸，土匪滋事，所設稅館間有被盜，盤踞滋擾，稅餉悉難如舊。”(13)咸豐八年之所以稅入減少，也是“各口因賊匪竄擾，路途阻滯”(14)。與粵海關形成反差的是江海洋關。自開埠以來，隨着國門洞開，洋貨大量涌入中國，上海迅速繁榮起來，成爲當時最大的國際貿易口岸，江海洋關的稅收也不斷增加。太平天國運動期間，江海洋關稅收有過短暫下滑，隨着西方列強的介入，稅收再次增長，逐漸超過粵海關成爲天下第一大稅關，因之改變了以往粵海關一關獨大的流通格局。由此反映出的對外貿易中心成功北移，是改變近代中國經濟格局的一大關鍵。
