近年来，我国资本市场上超过千家上市公司基于战略意图或者财务意图，主导或参与设立合伙形式的投资平台(如产品并购基金)，并呈愈演愈烈之势，合伙形式的主体已经成为资本市场上一股重要力量，其主要涉及增值税、印花税、企业所得税和个人所得税等税费。在所得税的处理方法上，自2000年开始，我国贯彻《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发[2000]16号)的文件精神，对合伙企业实施所得税“穿透”纳税原则，需要穿透到自然人、法人或其他组织层面缴纳个人所得税或企业所得税，主要税收政策依据为财税[2000]91号、国税函[2001]84号、财税[2008]159号等。此外，《合伙企业法》(2007)第六条明确规定“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税”。整体来说，财税[2000]91号、财税[2008]159号等文件对所得税处理的规范较为简单且存在一定滞后性，导致企业在复杂经济交易中往往由于缺乏处理依据，从而隐藏了一定的税务风险。 单纯就法人合伙人而言，取得不同形式的收益应如何缴纳企业所得税？具体而言：对于持有收益，根据财税[2008]159号中“先分后税”的原则穿透到法人合伙人层面缴纳企业所得税；对于转让合伙份额收益，根据《企业所得税法》的一般性规定处理。从实际处理结果来看，对于第一种情况涉及的企业所得税处理方法基本没有太大争议，而当前极为常见的第二种情况则较为复杂。《合伙企业法》第二十二、二十三条和《民法典》第二十七章“合伙合同”中第九百七十四条对该转让行为做出了明确规定，具体包括：①除合伙协议另有约定外，合伙人对外转让全部或者部分财产份额须经其他合伙人一致同意，同等条件下，其他合伙人拥有优先购买权。这里更多体现为人合性特征，从司法裁判角度来说包括明示同意和默示同意。②如果是现有合伙人之间内部转让，应当通知其他合伙人。 在转让合伙份额行为涉及的具体计税基础调整问题上，财税[2008]159号等税收政策本身并未做出任何规定，实际操作时缺乏政策依据。一般而言，法人合伙人(转让方)针对转让合伙企业份额取得的转让净所得(假设大于零)缴纳企业所得税后，受让方持有合伙企业份额的资产计税基础按照实际取得成本确定，相应涉及合伙企业持有底层资产计税基础(内部计税基础)和合伙人持有合伙企业份额计税基础(外部计税基础)的动态协调。笔者也倾向于这种理解，这种处理思路在“穿透纳税”原则下存在较大合理性，否则可能出现重复纳税情况。 然而，在实际业务操作中，更值得关注的特殊情况在于：如果是合伙企业法人合伙人的股东转让法人合伙人的股权，则在合伙企业层面一般不需要进行商事变更登记相关法律程序，此时如何进行所得税处理呢？笔者最近发现：某上市公司发布的临时公告涉及合伙企业的法人合伙人的股东转让其持有的法人合伙人的股权，并针对转让差价(间接包括底层基础资产公允价值浮盈的部分，即另外一个上市公司股票升值)已缴纳了一次企业所得税；与此同时，该转让行为还隐藏在债务重组过程中，涉及2019年修订的《企业会计准则第12号——债务重组》(CAS 12)与债务重组所得税处理政策(如财税[2009]59号等)之间的冲突及衔接问题。本文关注的核心问题在于：在合伙企业层面将来实质处置底层基础资产时，在内、外部资产计税基础不做调整的情况下，法人合伙人层面需要按照“先分后税”原则再缴纳一次企业所得税，似乎有重复征税嫌疑。下文将结合具体案例进行尝试性探讨，以期能够引起监管层和实务处理者的关注。 二、案例背景 2020年7月10日，T上市公司100%全资控股的合伙制投资中心M(认缴资本10000万元已全部缴清)，与B公司达成债务重组协议。协议约定：将B公司100%控股的A公司股权(实际出资5000万元)，以2020年6月30日为基准日评估的公允价值为6600万元，用于抵偿B公司所欠交易款项8000万元，并于7月15日办理完成工商变更登记手续。其他案例相关资料如下： A公司作为N投资中心(合伙企业)的法人合伙人，通过N投资中心间接持有上市公司X的股票，其实缴出资额为5000万元，占N投资中心的份额为1.75%。 2018年8月，N投资中心通过定向增发的方式，认购X上市公司股票3.27亿股，股权占比约4.18%，实际购入价格为3.08元/股，为前五大股东之一，派驻1名非独立董事，对X上市公司的经营、财务、人事决策具有重要影响。同时，N投资中心所持有的X上市公司股票限售期为三年，2021年8月解禁。 N投资中心的合伙协议约定按实际出资比例享受权益及分配收益。截至债务重组日，由于其他合伙人部分出资并未到位，因此A公司因全部实际出资5000万元，实际通过N投资中心间接持有的X上市公司股票数量为0.1623亿股，占X上市公司全部股份数的4.98%。 2020年6月30日，由于X上市公司股价为4.10元/股，间接导致A公司的权益价值大幅提升。
