随着跨地区经营的企业越来越多，对分支机构享受企业所得税优惠政策的关注也日益增多，但在实际工作中，纳税人对其计算方法和办理程序仍存在一些理解误区。本文结合案例，对分支机构如何享受税收优惠政策进行梳理。 案例：甲公司是一家跨省经营的汇总纳税企业，总机构位于南京，有A、B、C、D四家二级分支机构。甲公司的企业所得税(包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款)，50％由总机构分摊缴纳；另外50％在各分支机构间分摊并就地办理缴库或退库。A、B、C、D四家二级分支机构的分配比例分别为20％、10％、50％和20％。其中，A分支机构符合享受西部大开发税收优惠政策的条件，主管税务机关为成都市××区地方税务局。2016年1～4季度，根据总机构的分配，A分支机构就地预缴企业所得税共计50万元。在进行2016年度企业所得税汇算清缴时，总机构统一计算的应纳税所得额为2000万元，适用税率25％，应纳所得税总额为500万元，刚好等于总分机构全年预缴税额，无需补税或退抵税。但A分支机构认为，根据总机构的汇算清缴情况，A分支机构应分配的应纳税所得额为200万元(2000×50％×20％)，由于其符合享受西部大开发税收优惠的条件，适用税率为15％，因此，A分支机构的年度应纳税额为30万元(200×15％)。而A公司2016年1～4季度共预缴企业所得税50万元，遂向其主管税务机关提出退税20万元的申请。请问，成都市××区地税局是否应该受理A分支机构的退税申请?总机构统一计算的应纳所得税总额以及A分支机构计算的退税金额是否正确?A分支机构及其总机构享受税收优惠的办理程序是否正确? 分支机构不可以单独核算减免税并就地办理退抵税。 根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第三条的规定，汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。其中，汇总清算是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。 因此，A分支机构不应该单独核算减免税并就地办理退抵税。正确的做法是由总机构在汇算清缴时，考虑A分支机构享受西部大开发税收优惠政策的因素，统一计算总分机构本年应补(退)所得税额，并按规定在总机构和各分支机构间进行分配。 总机构统一计算的应纳所得税额以及A分支机构计算的退税金额不正确。 根据国家税务总局公告2012年第57号第十八条规定，对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。 在本例中，甲公司作为一家跨省经营的汇总纳税企业，由于A分支机构可以享受西部大开发优惠税率，所以总机构在计算企业所得税时应分三步且进行两次分配。 第一步，分配应纳税所得额，总机构应该将2000万元的应纳税所得额在总分机构之间按比例进行分配，分配结果为总机构1000万元(2000×50％)，A、B、C、D四家分支机构分别为200万元、100万元、500万元和200万元(2000×50％×相应分摊比例)。 第二步，计算汇总纳税企业的应纳所得税总额，甲公司应纳所得税总额=(1000+100+500+200)×25％+200×15％=480(万元)。 第三步，分配应纳所得税总额，根据相同的分配原则，480万元的应纳所得税总额在总机构和A、B、C、D四家分支机构之间的分配结果分别为240万元、48万元、24万元、120万元和48万元。 值得注意的是，在实务操作中，总机构最后分配的应纳所得税额是扣减总分机构本年实际已预缴所得税额后的本年应补(退)所得税额。结合本案例数据来看，总机构填写《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表(A类)》(主表A100000)的“实际应纳所得税额”为480万元、“本年累计实际已预缴的所得税额”为500万元、“本年应补(退)所得税额”为-20万元。填写《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》(附表A109010)时，A、B、C、D四家分支机构被分配的所得税额分别为-2万元、-1万元、-5万元和-2万元，分支机构据此分配表到各自主管税务机关办理退抵税程序。由此可见，总机构统一计算的应纳所得税总额为480万元，而非500万元。A分支机构向成都市××区地税局申请退税金额应该是2万元，而非20万元，另外18万元应当由总机构和其他三家分支机构分别向其主管税务机关申请办理退抵税。
