一、案情简介 2010年11月3日，某市地方税务局（以下简称地税局）被甲有限公司的原个人股东张先生告上了法庭。诉讼请求为：撤销某地税局(2009)01×××行政处罚决定，并且要承担诉讼费用。 2008年4月2日，经甲公司其他三位股东同意，张先生与李老板签订股权转让协议，以协议（合同）价格350万元把他自己拥有的2003年注册成立、注册资本为50万元的甲公司25%股权转让给了李老板。到2008年5月18日，李老板已支付给张先生348万元现金的情况下，他们到工商管理部门办理了股东变更的手续，而甲公司原有的注册资本额仍然保持在最初注册登记时的50万元。直到2009年6月，张先生一直没有进行年所得超过12万元的个人所得额纳税申报，地税局根据群众举报对他进行稽查，经过多次协商争论，2009年10月9日，地税局下达了(2009)01×××行政处罚决定书，要求张先生补缴2008年的股权转让所得个人所得税67.465万元（为重点突出所得税问题，本案例省略了滞纳金、罚款的计算）即： (350-50×25%-0.175)×20%=67.465万元 张先生认为：他转让甲公司这笔股权的所得税款应该是9.565万元，即： (348-(50+1150)X25%-0.175)×20%=9.565万元 在2008年并无其他所得项目，达不到12万元所得额的申报标准，如果要缴纳股权转让所得税也只能是9.565万元，不可能是67.465万元。所以就委托律师向当地法院提出了前述的诉讼请求。 在法庭上，双方律师经过4个多小时唇枪舌剑的代理陈述，法庭宣布的结果是：维持某地税局(2009)01×××行政处罚决定，各自承担各自的诉讼费用。 开始时，张先生和他的代理律师都不能接受这样的判决结果，准备继续上诉，可是当他咨询了会计和税务方面的专家后，打消了继续上诉的念头，认识到是甲公司自己的账务管理不规范，又没有遵守工商行政管理的法规导致了不能按他的支出额去加大扣除额，从而增加了所得额的计算结果，只得承担了这次股权转让的所得税款、滞纳金及罚款。 二、应纳所得税额争议的焦点 本案争议焦点是：个人股权转让的应纳所得税额该如何计算。 （一）张先生的所得税额计算依据 张先生认为，从计税收入看，虽然合同约定股权转让价格为350万元，但他实际收到的只有348万元，另外2万元还处于追要的欠账状态，不能算作缴税的收入。 最不能让张先生接受的是：所得额计算过程中扣除额选择的是50万元×25%=12.5万元，即2003年张老板实际交出的投资额。他说：虽然工商执照登记的注册资本额仍然是50万元，但从甲公司2003年成立以来的几年中（到股权转让的前一年度），公司发展需要资金时，张先生和其他几个股东陆陆续续为公司补充资金达1150万元，公司虽没顾上到工商管理部门变更登记注册资本额，但公司资产负债表中的总资产已达2100万元，对应的“实收资本”科目也是1200万元，其中的1150万元“实收资本”虽然没有在工商部门增加注册资本，但确确实实都构成了对公司的资产投入，并在2007年7月7日，包括他在内的四个股东，召开股东会议签订了一份增资1150万元的股东决议，否则，张先生25%的甲公司股权也不可能卖出350万元的价格。 （二）地税局所得税额计算依据 地税局认为：甲公司虽然自己提供的会计报表内“实收资本”为1200万元，但没能提供一系列具有法律效力的、股东实际已投资到甲公司的证据资料和账簿记录，并且也无法证明工商执照上50万元之外的另外1150万元所谓“实收资本”的真实性；更让人费解的是，虽然所提供甲公司资产负责表的“实收资本”栏目金额为1200万元，而2008年5月18日变更股东时，甲公司的注册资本仍为50万元，且在变更股东协议中所记载的甲公司注册资本也仍然是50万元。 这些前后矛盾的处理方法，严重违反了《公司注册资本登记管理规定》（以下简称《注册规定》）第三条、第六条、第七条的规定。同时也违背了《小企业会计制度》规定的“实收资本”科目记录实际收到小企业投资者投入的资本，当收到投资者投入资金超过其在注册资本中所占份额部分，应作资本溢价，计入“资本公积”科目的会计核算要求。 正是这诸多违反相关法律法规的原因，造成了税务机关在计算张先生转让甲公司股权的所得额时，扣除额原值只能选用具有法律效力和真实价值的注册资本额50万元的25%，而不可能采用张先生提出的即缺乏真实性，又没有合法性的1200万元的25%。 三、应纳所得税额计算依据的分析 （一）所得税额计算依据的一般分析 关于个人股权转让所得税额的计算问题，无论在《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》），还是在《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（以下简称《实施条例》）、《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）、《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号）等一系列的税收法规中，都进行了说明。
