台湾始有防军驻防的时间是在同治五年(1866),此后防军的重要性逐渐超越绿营,成为清末戍台的主力。这些驻台的防军,可以区分为楚军、淮军、福建绿营练军、广东绿营练军、贵州绿营练军、台湾绿营练军。他们当中以淮军最为重要,因为在光绪十一年(1885)台湾建省以后,该部被赋予防卫台湾的重责。防军的驻防,也改变了台湾既有的军队组织。受到影响者包括:台湾绿营、番屯、团练。他们纷纷仿照防军的营制,学习使用洋式武器,甚至领取远比本俸还高的军饷。至于戍台防军,所参与的战争有对内、对外两种。前者的代表性战役是平定光绪十四年(1888)彰化施九缎事件、十三场的原住民战争,以及追捕土匪。后者是在同治十三年(1874)牡丹社事件、光绪十至十一年(1884—1885)中法战争、光绪二十年(1894)甲午战争中,抵抗日本与法国的入侵。光绪二十一年(1895)台湾的官绅为抗拒《马关条约》割让台湾给日本,遂成立台湾民主国,部分防军加入这场战斗,成为他们戍台的最后一役。