保税物流监管场所的管理制度、作为国际通行的一种海关监管制度，在促进国际贸易发展的同时，也存在不少问题。 一是布局上超常规发展。 目前地方政府对发展保税物流业务热情高，需求量大，有些场所的设立带有政府干预色彩，存在申请过热现象。少数地方超常规发展，一定程度上掩盖了因扩展太快引发的发展过热，监管滞后，资源浪费等一系列矛盾，一定程度上掩盖了该场所在政策配置、规划布局、建设发展中存在的普遍问题。 由于此问题有地方各级政府的本位考虑，也有企业的本位考虑，海关难以平衡掌握。由于缺乏充分论证和盲目攀比，同一地区申请设立多个相同、相近类型的海关保税物流监管场所，或不具备条件的地区一哄而上，导致恶性竞争，海关审批也面临压力。 二是监管存在的漏洞。 由于历史原因，海关保税物流监管场所属漫山放羊式，海关无法集中管理达到规模效应，无法形成海关资源和人力资源优化。 首先是该场所分布区域分散，难以集中管理，海关对其采取开放式、分散型监管模式（保税物流中心除外）。出于监管成本和监管效能的考虑，海关对该场所的监管存在监管人员不足、监管频次过低、现场监管较少等问题。 其次是对存储特殊货物的保税物流监管场所的实际监管难度较大。对于储存液态货物的该场所，由于液态货物、特别是化工品实行管道输送、密封保管，普遍存在看不见、摸不着、数不到、闻不得的特点，海关难以按常规方式查验和盘仓。由于液态货物特性，导致其在运输、输送、储存等过程中发生一定损耗。如何合理确定损耗，对损耗是否应补税、补证等，规定都不明确，导致基层海关操作和管理存在困难，也易产生执法不一情况。 再次是特殊保税物流监管场所之间，货物流转规定有待进一步明确。随着区域经济蓬勃发展，同一关区内以及跨关区保税物流监管场所间的货物调拨日益增多，调拨货物有的以陆路运输，有的以水陆运输，有的需转换运输工具。虽然目前海关总署令第105号、133号已允许保税物流监管场所间的货物调拨，但对调拨货物是否应采取转关运输，调入地、调出地海关之间如何联系配合，没有明确规定，易造成各地海关之间做法不一，既不利于提高效率，也带来一定监管风险。 三是经营人利用保税物流监管场所避税逃证。一些经营人利用保税物流监管场所避税、逃证等违法违规活动时有发生。 四是信息化管理漏洞大。 目前各类该场所普遍存在信息化程度不高，信息平台不统一不到位，监管人员缺乏足够的信息支持，保税物流监管场所的进、出、转、存数据，难以有效整合利用，无法形成高效、严密的监管链条，保税物流监管业务的迅猛发展、与海关监管资源相对不足的矛盾，日益突出。 作为加工贸易产业链上重要串联环节的保税物流载体，保税仓库H2000电子账册，仅实现了企业如实申报基础上的电子底账，而没有实现供应链数据的相互印证对碰，使保税仓库信息化管理成为“半拉子”工程，海关内部的电子底账仍是“信息孤岛”；各关自行开发的联网监管系统不但造成资源浪费，而且由于与H2000系统不兼容，无法实现内、外网数据间对碰、预警和风险提示；实行保税仓库H2000电子账册系统后，海关总署没有对保税仓库货物跨关区提取统一明确规定，致使各关操作不一致，给海关监管和企业实际运作带来不便。 五是类型众多功能单一。 目前我国保税物流监管场所包括保税仓库、出口监管仓库和保税物流中心（A、B型）等四种类型。从本质上讲，四种类型的保税物流监管场所，都为保税加工产业链的上延下伸服务，但目前各场所功能单一、相互偏离，监管配制标准不统一，不明确；因政策落差和功能不同，使货物流转手续烦琐，未能建立起联动发展机制，客观上削弱了场所间的联动发展和整体竞争优势，包括对周边区域的辐射带动作用。 六是保税物流中心（B型）发展偏向。 作为全国第一家保税物流中心，苏州工业园区海关保税物流中心（B型）2004年10月开始运作，截至2006年5月底，该中心累计受理进出口报关单12万份，监管货运量超55万吨，监管货值突破150亿美元大关。总量看成绩喜人，但从业务结构看仍值得深思。如其中的实际进出境货物不到10%，其余都是与境内发生的深加工结转，或加工贸易内销等业务。虽然管理层希望物流中心的采购中心、配送中心、分拨中心的功能，得到更多开发利用，但从发展规律看，短期内难以如愿。
