铁路集装箱运输是现代化铁路货物运输发展的方向，是实施集装箱多式联运的重要环节。“十一五”规划纲要中提出了加快铁路集装箱运输发展，加强多式联运体系建设的设想。铁道部于2003年底在原集装箱中心的基础上成立于中铁集装箱运输有限责任公司，以此为平台提高铁路集装箱运输水平，并联合国家发改委、交通部、海关总署共同推动中国铁路集装箱多式联运的发展。 近年来，虽然集装箱铁路运输取得了一定发展，但已经远远落后于公路和海运的发展，这也在某种程度上制约了多式联运实现更快的发展。集装箱铁路运输在发达国家的铁路运量中已经占有很大比重。美国北柏林顿圣塔菲公司达到49%、诺福克南方公司41%，法国40%，英国30%，印度35%。而在我国，2005年集装箱铁路发送量仅占到全国铁路货运量的2.2%，远远低于国外铁路的水平。为此，在国家发改委牵头下，铁道部、交通部、海关总署近年来都对铁路集装箱运输的发展给予了很大关注。 为改善集装箱铁路运输远远落后于公路和海运发展的局面，铁道部将积极加强与海运、内河航运及公路、民航等交通行业的合作，积极融入多式联运的发展。 铁路部门将在三方面加快拓展多式联运业务。一是优化青岛、天津、上海港口至满洲里、阿拉山口、大连等口岸进出口国际箱班列开行方案.在其他有条件的港口和内陆办理站间增开集装箱班列，形成集装箱铁海联运快捷运输通道。同时，积极开辟泛亚北部通道，畅通亚洲经俄罗斯、欧洲乃至美国东海岸的联运通道，增加国际集装箱运量。二是同港口、货代、船代等单位合作，在组织出口货源的同时，积极组织进口货源，发挥各自优势，形成战略联盟。对铁海联运集装箱，铁路部门将采取灵活的价格措施，吸引船代公司逐步将货源转移到铁路运输，积极拓展铁海联运市场。三是加强与多式联运有关的政府部门和企业的协调配合，争取最大限度地简化货物申报、查验、征税、结汇、退税等手续，缩短集装箱停留时间，降低企业成本。 另外，铁路部门还将加强协作实现共赢。一是铁路与公路、水运密切配合，基本形成以沿海、内河港口为节点，以铁路内陆车站为辐射，以公路运输为喂给，充分发挥各种运输方式优势的集装箱多式联运网络。铁路要加强与港口的协调配合，有条件的一定要把铁路车辆进到港口，集装箱从船上直接装上铁路车辆，尽量减少车辆换挂中间环节，实现班船对班列的“无缝”对接，提高作业效率，最终实现效率和效益的最大化。二是铁路场站布局规划和经营网络要与企业的产供销布局、仓储和配送中心有机结合，大力推进与港口、船公司、大型物流和货代企业的战略合作，支持船公司上岸和在内地放箱揽货，利用各方优势资源共同开发市场。 目前，我国港口完成的7000多万TEU的集装箱吞吐量中，公路集疏运量约占总量的84%，内河的集疏运量约占总量15%以上，铁路的集疏量不到1%。我国港口的集装箱基本依赖公路运输，这在长距离运输上是不经济、不环保的。很多专家也认为公路运输的有效半径在300公里以内。因此，加强港口水运和铁路集疏运系统的建设，才能构造良好的多式联运体系。 2006年，国务院通过了我国沿海港口布局规划，提出了2010和2020年的沿海港口集装箱的发展布局。布局规划初步分析预测2010年和2020年港口集装箱吞吐量分别达到1.3亿TEU和2.4亿TEU。 布局规划指出当前我国铁路、公路和内河航运港口的集疏运系统存在通道不畅的问题。正是因为这样，布局规划特别提到发挥沿海港口衔接多种运输方式的枢纽作用，体现综合运输、系统化的布局原则。港口公路和内河水运的集疏运系统规划和建设以及港口铁路集疏运系统的规划和建设是多式联运体系的核心。 中国海关在海铁联运监管、海陆联运监管等便利通关措施上给予了积极的支持。对于集装箱多式联运业务，涉及到海关业务的，可分为两种，一种是转关运输中的中转业务，另一种是过境监管业务。为了支持这两种业务的发展，海关总署专门出台了《中华人民共和国海关关于转关货物监管办法》（海关总署令89号）或者《中华人民共和国海关对过境货物监管办法》（海关总署令38号）。2006年7月底，海关总署在大连召开区域通关改革阶段总结暨推广工作会议，向全国海关推广规范和简化转关运输监管等便利措施。8月29日，海关总署发出了《海关总署党组关于切实加强“应转尽转”工作、确保海关税收“应收尽收”的通知》（署党发[2006]50号），海关总署党组就转关运输业务专门发出通知，这是从来没有过的，充分体现了海关总署党组对转关运输业务的高度重视，体现了海关总署领导提出的适应物流业发展、做到顺势监管的指导思想。
