中国大陆加入世贸组织之后，台湾亦将紧跟和差不多同时进入。虽然台湾经济的开放和市场化程度以至发展水平均高于大陆，它对世贸组织的承诺较大陆更进一步，因此难免会对本土经济带来颇大的冲击。尤其是台湾经济小于大陆，产业、企业以至总体经济回旋应对的余地相对较小，所受的冲击会比大陆所面对的更为直接和全面。 中国加入世贸组织对台湾带来的冲击和机遇主要表现在两个范畴。一是大陆市场开放，关税减免之后，台湾企业在大陆进一步扩张的机会，包括内销和外销。二是大陆加入世贸组织，台湾理应差不多同时加入。台湾一直以来对两岸贸易的行政干预和阻挠无法再维持下去，台湾产业和企业的市场竞争能力在开放市场、关税趋于发达国家的低水平之后，能否与大陆的生产（包括台湾企业、跨国企业在大陆的生产）竞争，将决定台湾能否维持多大的对大陆顺差，也将决定台湾整体经济能否维持外贸顺差。台湾经济能否维持外汇、货币、物价平衡，牵涉的不单只是台湾当前的经济结构调整和升级，而是台湾整体经济的稳定和发展。问题极其严重，意义亦极其重要和深远。 由于台湾企业原来享有比外资企业（包括香港企业）更佳的待遇，在大陆加入世贸组织后便需取消，与外资企业同等在大陆市场内竞争。更重要的是，台湾企业在大陆有较佳的社会政治关系，一直以来都可以依靠（在地方层次上特别重要的）关系，在大陆的投资、生产和销售方面，比外资企业有更积极的发展，且往往并不严格遵守大陆政府的政策、规章制度。最近几年，大陆政府严格执法，且全面清理沿海外商投资最多的地区走私、逃税等问题，台湾企业（与香港企业）开始难以靠这些特殊关系获取逃避或豁免中央政策规范的好处。 在与外资企业同等待遇竞争下，台湾企业可能面对几个新的问题。 一是外资企业多属跨国企业，资源丰富，各方面的竞争条件都优于中小规模的台湾企业。因此，不单在资本和技术密集程度高的传统重化工业方面，台湾企业难以有抗衡的能力，在其他轻工产品方面，跨国企业凭其品牌优势，在可以全力建立和拓展大陆市场销售网络和服务体系的条件下，运用其在大陆和海外的生产基础，对台湾企业构成严重的竞争压力。市场开放的一般规律是造就了市场更高的集中程度，进入大陆市场的国际跨国企业近乎垄断的力量将会大大压缩台湾企业发展的空间。相对于台湾本土市场的政府保护和市场各方面的关系，在大陆市场里，本土市场资源弱于大陆的企业，亦无法在大陆享有政府的保护，台湾企业即使有团队合作习惯，但因规模小也可能会屈居劣势。特别是当大陆的中央和地方政府要扶助其本土企业来面对跨国企业的竞争压力时，对台湾企业更可能形成跨国企业与大陆企业从两个方向的夹击。这或许对在大陆生产出口产品的企业打击有限（但大陆企业和外国投资的同类生产正逐步构成竞争压力），可是对台湾企业为了在大陆内销目的而投资的生产或进口却会形成颇大的阻力。 二是台湾当局会不会相应放宽对大陆投资的限制。即使放宽的速度缓慢，台湾企业往大陆投资也不会受太多的影响。关键是当台湾本土投资的条件和环境恶化（特别是对重化工业和劳动密集的资讯产业），台湾企业便有足够的诱因通过各种渠道去大陆投资，不惜冒台湾当局在台湾本土对它们留下的业务施加政治打击的风险。台湾企业近年国际化的程度上升，在大陆投资的企业出口规模庞大，因而单靠大陆出口的收入（已开始从汇回台湾逐步转变为留在大陆或海外供企业运用）及在海外（包括香港）和大陆的融资，亦足以供它们在大陆进行新的投资。整个趋势应该是这些企业（除了少数在半导体、TFT、LCD等新兴产业范畴）增加大陆投资、相应减少在台湾的投资。大陆开放市场的结果只是加剧了这个趋势。一方面，原来的中上游企业进一步转移至大陆，希望稳定它们与已转移至大陆的下游企业的供应关系。另一方面，更多的中小企业乃至个人会去大陆寻找机会（包括给跨国企业和大陆企业作代工、服务），通过加入世贸组织的变革，大陆市场的庞大机会更容易和直接地提供给台湾企业和个人。 三是在台湾企业加速转移至大陆之时，很可能会带来恶性循环：往大陆的生产性投资扩大了在大陆的生产能力，生产能力扩大后引来其他配套产品零部件的生产性投资，从而在大陆的一些地区形成综合配套的生产协作体系，其中甚至可以包括部分的大陆企业和外资企业，原来依靠从台湾或其他地方进口的零部件、配套产品不再进口，而是就地生产。这样的综合配套的地区生产协作体系既有规模经济效益，亦有群集效益，同时也可作代工(OEM)，亦可进而包括设计的代工(ODM)和以本身品牌行销(OBM)。与此同时，台湾有关产业在下游、中游企业相继出走后，原来生产的供应链和协作体系很容易出现缺口，或部分环节生产或供应量不足形成瓶颈。结果是经济效益急速下降，对留守台湾的企业便只留下两种选择：不是跟随转移往大陆，便是寻求两岸协作，把局处台湾一地的生产协作体系开放，移植大陆后建立起的地区协作体系连接起来。后者要求台湾当局开放三通来降低协作的运输成本（包括时间成本），容许两岸的产业内部和企业内部的贸易通畅无阻（也即开放进口的禁限，容许返销）。但在大陆正形成同产业的地区协作体系之后，它们基本上已与台湾留守的企业形成竞争关系，它们愿不愿意与台湾留守企业建立跨越台海的生产协作体系颇成问题。而若只为了内销，从经济效益着眼，则更不需与台湾留守企业合作。可能的发展趋势便是台湾留守的企业被迫跟随转移至大陆，余下的只是大陆还未能发展或形成竞争能力的部分上游产业和生产。但台湾的半导体企业已经开始转移至大陆，配套的封套测试行业亦大有机会追随。台湾能留下的可能主要是LCD产业，和配套的其它光电产业。两岸的生产协作体系若未能建构形成，台湾从传统产业至资讯产业空洞化或非工业化的超势大有可能加剧恶化。
