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我国新型农村合作医疗制度尚存在一些不足，这些不足限制了财政补贴效应的充分发挥，抑制了农村居民对新型农村合作医疗的需求满足程度。通过改变中央财政资金逆向补贴结构、建立新型农村合作医疗均衡补助金制度、理顺新型农村合作医疗及相关医疗保障的赔付关系等手段可破解这一问题。
从上表可知，各项指标都是动态增加，说明“新农合”制度顺应民意，符合农村居民的需求。在“新农合”制度中，筹资总额是关键。只有“新农合”基金的不断增加，基金支出额才能相应增加，受益面才能不断扩大。“新农合”基金持续增加的原因，主要是财政补贴的不断增加。从财政补贴占“新农合”筹措资金比例来看，试点启动阶段各级财政补贴占66.67％，扩大试点阶段和全面实施阶段都是80％。按《新型农村合作医疗基金财务会计制度》的规定，“新农合”基金来源包括农民个人缴费收入、农村医疗救助资助收入、集体扶持收入、地方及中央财政补贴收入、利息收入和其他收入等。从基金结构特点上看，不同区域因经济发展水平不同，基金构成也不相同，所差的就是集体扶持收入数额存在差别，富裕地区的集体扶持收入要比其他地区多。但从全国角度看，“农民＋地方财政＋中央财政”三方的资金构成仍是主流。并且前部分资金都是后部分资金补贴的前提和依据，即所谓的“倒筹资”。可以说，“新农合”基金绝大部分是由中央财政和地方财政补贴构成。从2005年起，财政补贴比例不断提升，已占整个基金的80％，一些富裕省份，地方财政转移支付比例更高。[3]若从2005年起，财政补贴比例按80％计算，2005～2008年“新农合”当年筹资总额中，各级财政补贴分别为60.32亿元、170.88亿元、342.4亿元和628亿元，各级财政补贴逐年增加。若再进一步分析“新农合”财政补贴结构，包括中央财政补贴和地方财政补贴两部分，且这两部分补贴都在增加，其中中央财政补贴占一半（自“新农合”制度实施的第一阶段起至今，中央财政和地方财政各为50％，只是规定地方财政不低于50％）。按这一比例计算，2005～2008年中央财政补贴分别为30.16亿元、85.44亿元、171.2亿元和314亿元。可以说“新农合”制度惠及农村居民成效显著。但从中央财政补贴效应上看，尚有较大提升空间。目前，中央财政补贴结构和补贴额度的不同区域分布弱化了财政补贴功能，直接冲减“新农合”制度的初始目的。 二、“新农合”中央财政补贴政策运行中存在的缺陷 （一）中央财政补贴存在“从富效应” 本文以《2009中国卫生统计年鉴》中的“2008年各地区新型农村合作医疗情况”所列资料进行分类整理，以东部（辽宁省、北京市、天津市、河北省、上海市、江苏省、浙江省、福建省、山东省、广东省、海南省）11个省份、中部（吉林省、黑龙江省、山西省、安徽省、江西省、河南省、湖北省、湖南省）8个省份、西部（内蒙古自治区、广西壮族自治区、重庆市、四川省、贵州省、云南省、西藏自治区、陕西省、甘肃省、青海省、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区）12个省份（下同）作为样本考察，分别计算2008年度东部、中部和西部的财政补贴额度（包括各级财政补贴额度）和人均财政补贴额度（见表2）。 
“新农合”制度的初始目的是通过政府补贴为农民提供医疗救助。按理说，应是收入越低的区域，补贴越多。但表2数据表明，“新农合”财政补贴存在“从富效应”。从中央财政补贴数额上看，2008年度东部地区＞中部地区＞西部地区；从人均补贴额来看，2008年度东部地区＞中部地区＞西部地区。这形成了财政资金流向富裕区域农民群体的补贴机制。问题是，不仅2008年度的中央财政补贴呈现这种趋势，从各年度动态指标看，无论是各区域的中央财政补贴绝对数额，还是中央财政人均补贴相对额，都呈现这种趋势，产生了富人越富越有保障、穷人越穷越无保障的尴尬局面。中央财政补贴偏离应补助人群，变成一种从富补贴，违背财政补贴的公平性原则。“新农合”制度中的中央财政补贴结构与我国农村居民自东向西递减的收入结构正相反。以2008年为例，东部、中部、西部农村居民人均收入分别7 238.7元、4 551.04元、3 481.25元，而同期“新农合”中央财政补贴资金人均分别为44.265元、35.61元、35元。可见，中央财政补贴明显违背财政补贴公平性原则和补贴目的。 （二）中央财政补贴与农村居民医疗保障需求不对称 本文选用资金依存度系数反映各区域各级财政补贴，尤其是中央财政补贴与农村居民纯收入的关联。一般情况下，农村居民纯收入越高的区域，对财政资金的依存度越小，尤其是对中央财政资金依存度越小。本文选取2007和2008年度各区域相关数据对财政补贴资金依存度系数进行分析（见表3）。
