国有企业在产权关系和产权结构不断重组和改造的基础上，效率得到了迅猛的提高，然而国有企业产权制度的改革也并非一帆风顺，在改革的过程中也遇到了一些难题，从目前的现状来看，主要有三大难题。 一、剩余索取权凝固 一些经济学家们认为，从产权结构的安排来讲，如果剩余索取权不能成功地实现它的流动性，必然使资源的决策权和对其它要素的所有者的监督权产生相当大的相机选择性。西方国家是借助于股票这一社会发明来塑造企业制度的，这一发明实现了剩余索取权的流动。这一权利可以出售、转让，就使剩余索取权借助于股票市场和股东代表大会程序机制有效地限制了拥有决策权和监督权的经理们的相机选择余地。 然而，在我国的国有企业产权制度的运行中，政企不分，使得股份制在国有企业当中面临一个悖论：一方面，股份制的剩余索取权要形成限制企业经理们的监督权和决策权的相机性压力和约束，剩余索取权就必须具有流动性；另一方面，在国有企业中，国家掌握着体现公有制的股权，剩余索取权归政府所有，不能流动，剩余索取权的凝固使得剩余索取权不能与监督权、决策权之间形成有效制衡。在国有股占控股地位的上市公司中容易形成事实上的内部人控制，企业的经理人员可能会以出资者的利益为代价，利用所控制的资本为自己谋取利益，致使企业整体效益低下。 要解决这一难题必须实现政企分离，使剩余索取权实现流动。我国对此进行了积极的探索，我国国有企业先后进行扩权让利（1978-1980），实行经济责任制（1981-1982），利改税（1978-1986），完善企业经营机制一承包制（1987-1991）等改革方案，但效果都不尽人意，常常是“穿新鞋走老路”，政企并没有实现深层次的分开。 目前我国正在推行规范的公司制改革，笔者认为这一改革将为解决这一难题找到新的出路。因为公司制最突出的特征是产权主体的多元化，排斥了政府的特权。只有多元化、分散化产权主体的存在，才有可能利用股权可分解性、流动性和融合性构成市场化的资源配置机制，国有股作为普通股，按照“同股同权同利”的理想原则，上市流通，剩余索取权也因此可实现了它的流动性。这种流动性使得经理阶层受到来自股票市场的监督和评价。股票市场的形成为出资者提供了必要的监督信息，降低了监督成本，保护了出资者的利益。同时这一市场也会对经营者产生动力和压力。公司制这一伟大社会创造，将有助于实现深层次的“两权分离”，实现政企分开，优化国有产权配置，提高国有企业运行效率。 二、产权结构中责、权、利失衡 产权结构（即在交易条件下构成产权的全部权利在空间和时间上的分布）发生重大变革之后，完整的所有权变成狭义的所有权同时派生出一系列他物权，这些权利只有受到制衡才能保证其运行有序高效。所谓制衡，从产权经济学角度来看就是不同所有制主体之间或同一所有制不同部分之间相互激励、制约和监督，以达到一种权能行使的均衡状态。但是在国有企业运行中，责、权、利处于一种失衡状态。这也是国有企业产权制度改革中面临的又一大难题。 这一失衡状态主要有两种表现： 一是由于中国历史上的制度惯性，普遍存在权利“硬核”现象，产权分割比较困难，不是你掌握某一财产的完整产权，就是他掌握某一财产的完整产权，人与人之间的责、权、利是短期的、不稳定的，决策权明显集中在最高层，所有权和控制权合一。这一切使得制衡流于形式，难以发挥真正作用。基于这样的制度背景，为解决这一难题，需要政府作出努力。政府作为宏观调控者，要着重稳定经济主体，明晰责、权、利方面的产权关系，通过经常性管理行为打破原有制度惯性。政府要努力打破权力“硬核”，使责、权、利有机结合。事实上，企业可分配的价值可分为两大类。一类是经济利益，包括诸如工资、奖金、红利及其它经济和物质利益；另一类是组织权力，包括机会、职权、股权。前一类是有形的、可量化的收入，后一类是无形的、难以量化的收入。但后一类具有更大的激励性。我们应该学会和善于从无形无限的组织权力价值中挖掘出更多的激励能量，以权促利，以利促责，把责、权、利有机结合。 二是国有企业内部责权的落实程度和利益分享不对称。从目前现状来看，主要是所有者和经营者在剩余索取权方面分配不均，所有者有绝对的索取权或更大的索取权。这使得对所有者来说，责、权、利是内生的，而对经营者来说，责、权、利是外生的。作为派生的产权主体，经营者就不可能像所有者那样高度地关切财产的增长机制，保值增值，只能在所有者的监督管理之下，承担责任、行使权能、分享利益，产权主体及成员之间的依赖关系实质上依然存在。制衡的本质在于责、权、利体系中既独立又平衡的双边的或多边的经济关系。因此，笔者认为解决这一难题，可以让经营者与员工有条件地拥有剩余索取权和承担风险。变固定的报酬为变动的业绩报酬。股东还可以授以经营者期权（这里指企业资产所有者赋予经理们的一种权利，可以在一定的时间以事先约定的价格购买一定数量的公司股票），并以期股价格确定经营者的收益。目前我国已经引入经理股票期权薪酬制度，并在上海、南京、武汉、深圳等地开始试点，取得了一定成效，但是还十分不成熟，需要进一步探索和实践。企业一旦拥有更多的剩余索取权，就能够使他们从关心切身利益角度，真正关心企业的保值增值，使所有者和经营者结成利益共同体和命运共同体。
