增值税作为我国第一大税种，税收金额占全国税收收入的一半以上，在税收中具有举足轻重的作用。每户纳税人应负担的增值税金额主要由当期进项和销项决定，在销项一定的情况，企业取得的增值税扣税凭证直接关系到当期的税负。所以说，对增值税扣税凭证的审计就显得非常重要。
增值税扣税凭证，是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产时取得或开具的记载所支付或者负担的增值税额，并据此从销项税额中抵扣进项税额的凭证。具体包括：
一是增值税专用发票。绝大多数企业的增值税扣税凭证为增值税专用发票，对该发票的审计主要从业务的资金流、物流、发票流来核实真实性以及是否在规定的时间内进行认证。
二是海关进口增值税专用缴款书。海关进口增值税专用缴款书主要从出口报关单、外汇收汇核销单、购货合同等方面来核实真实性以及是否在规定的时间内进行认证。
三是农产品收购发票。农产品收购发票是由经核准从事农业产品收购业务的增值税一般纳税人，向农业生产者个人和非经营单位收购免税农业产品时开具用以抵扣进项税额的农产品收购发票。农产品收购发票由收购企业自行开具，可按照买价依11%的抵扣率计算抵扣进项税额。农产品收购发票及纳税人开具的普通发票申报抵扣时，通过通用数据采集软件将抵扣信息采集后导入申报平台，实现抵扣税额的目的。
四是农产品销售发票。农产品销售发票包含以下几类：一般纳税人开具的农产品销售发票，是指农业生产企业中的一般纳税人开具的免税农产品销售发票；小规模纳税人开具的农产品销售发票，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票；依法不需要办理税务登记的企事业单位和个人，偶然发生增值税应税行为，凭自产自销证明由销售方所在地主管国税机关代开增值税普通发票或通用机打发票。需要注意的是，批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
五是取得的完税凭证。接受境外单位或者个人提供的应税服务，从税务机关或者境内代理人取得的解缴税款的完税凭证。主要从购货合同、银行对账单、海关出口电子数据等方面核实真实性。
六是机动车销售统一发票。根据《营业税改征增值税试点有关事项的规定》中关于原增值税纳税人有关政策的规定，自2016年5月1日起原增值税一般纳税人自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，其进项税额准予从销项税额中抵扣。因此，2016年5月1日起纳税人取得自用的机动车销售统一发票，除特殊规定外均可抵扣进项税额。
七是道路通行费。通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票(不含财政票据，下同)上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%。一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%。
如何区分高速公路通行费发票还是一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票，看发票中如出现“一级公路、二级公路、桥、闸”的字眼，就属于一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票，其他的从谨慎性角度都按照高速公路通行费发票处理。
