企业内部审计独立性的缺失除了受到内部审计部门追求利益最大化驱动的局限，还受到组织内其他关键因素的约束。这里包括组织文化因素、内部审计的隶属关系、人力资源因素以及胜任能力因素。 一、内部审计文化因素 内部审计独立性的缺失很大程度上受到中国传统文化的“根性”影响而在“精神”上表现为不独立。中国的传统文化一向主张“扬善公庭，规过私室”，宣扬“打人不打脸，丑话应该私下说”的“饶人思维”。而内部审计工作需要以“规过公庭”为原则，将问题置于阳光下。因此一个良好的内部审计文化氛围是内部审计能否实现独立的土壤和前提。此外，由于我国内部审计的起步较晚，一线员工对内部审计的理解不到位，这样的背景造成了内部审计工作容易得罪人，别人也不愿意接近内部审计，内部审计永远在“孤岛”上工作。这样的环境也迫使内部审计趋同于大众，随波逐流，独立性的意识逐渐缺失。 二、隶属关系因素 在目前的实际工作中，内部审计存在隶属于监事会、董事会或审计委员会、总经理、财务总监、财务部门五种常见模式。隶属于监事会的内部审计组织地位和独立性最高，但是获取信息能力相对滞后；隶属于董事会或审计委员会是目前普遍的做法，组织地位和独立性较高，但是审计效率较低；隶属于总经理的内部审计独立性相对较高，但是容易受到经营管理层的影响；隶属于财务总监和财务部门的内部审计独立性最差。我们发现隶属于董事会或审计委员会的内部审计是比较理想的模式，内部审计部门接受高级管理层的行政领导，由审计委员会批准内部审计部门经理的任免，审查和批准内部审计部门工作目标、人员计划和费用预算，内部审计部门与审计委员会之间是一种报告关系，而与高级管理层之间是行政管理关系。因此，内部审计部门在企业组织框架中隶属的组织层次越高，组织地位就越高，拥有的审计资源就越多，碰到的审计壁垒就越少，独立性就越高。 三、人力资源因素 从理论上来看，内部审计在企业经营管理中发挥作用的程度取决于其所拥有资源的多寡。由于内部审计人员的管理隶属于所服务的企业，是所服务企业的重要组成部分，这就造成了内部审计的资源获取对所服务的企业有绝对的依附性。在这种管理体制下，“审”和“被审”的角色永远处于不平等的状态，审计结果的真实性更多地取决于企业管理层的自律水平和廉洁程度。此外，内部审计人员的切身利益与企业的利益息息相关，“人治”力量远远大于“法治”的力量，内部审计人员的精神思想极易被企业文化和企业管理者“同化”。 四、胜任能力因素 目前，内部审计人员对财务会计知识掌握较多，对业务流程中的内部控制系统运行缺乏了解；缺少必要的管理意识，难以站在管理者的立场上思考问题，致使内部审计难以受到管理层的青睐；而且缺少信息技术的应用，对经济业务领域缺乏覆盖面。这些差距造成了审计质量不高和公众对审计结果的质疑，也造成了内部审计人员对自己独立性的怀疑。从而出现了内部审计不愿意“独立”的想法，领导让干什么就干什么，永远采取“跟随策略”。
