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技术层面指标是微观指标，主要是考察治理项目的技术措施是否符合一定区域内农村环境保护的要求，审计调查流域内污染治理项目和生态建设项目的效果性。通过排污口污染物监测数据评价治理项目中采取技术是否有效；调查流域监测断面污染物监测数据，评价水体生态恢复建设项目和治理项目的综合效果。 管理层面指标是中观指标，在技术合理的情况下，审计调查治理项目和生态建设项目的运行管理情况，通过指标设计评价一定时期农村环境治理项目的治理能力和运行情况及生态建设项目的效果性，进而构建指标评价资金管理部门对资金投放的管理绩效。 政策层面指标是宏观指标，在技术和管理调查合理的基础上，审计调查国家和地方政府在农村污染控制方面是否制定了科学的针对性措施，设计指标评价政策的执行情况和制度建设情况，评价政策制度变化和产业结构的调整是否对农村污染治理有持续、正面的干预作用。 （二）指标体系构建 1.通用指标构建 通用指标是指适用于所有项目的指标，主要包括财务管理、项目管理和项目效果三个方面。 2.专用指标构建 （1）农村饮用水源地保护工程评价指标构建 农村饮用水源地保护工程是目前我国农村饮用水环境安全存在的主要问题，强化农村饮用水源地环境污染防治，主要是优先在饮用水源水质污染较重、对当地群众身体健康构成严重威胁的农村地区及水污染治理重点流域建设农村饮用水水源地污染治理示范工程。审计主要是从农村生活饮用水是否达到卫生标准并得到供水保障，是否建立完善农村饮用水水源地环境监测体系，是否制订农村饮用水水源保护和供水应急预案等方面建立绩效评价指标。 （2）农村生活污水生态净化处理工程评价指标构建 农村生活污水是造成农村面源污染的重要原因，建设农村生活污水生态净化处理设施是重要措施。该工程采用人工湿地结合小型化生物工艺等，充分运用农业生产体系的生态结构和农村自然生态系统的结构功能，通过沉淀、排除、吸收和降解有机物质，对生活污水从源头、过程、终端进行循环利用，有效去除污染物。工程建设和运行管理以所在行政村级组织为实施主体，建制镇政府为责任主体。审计主要是从农村生活污水处理、消减，技术工艺运行成本、管理费用率及效益等方面建立绩效评价指标。 （3）农村生活垃圾处理工程评价指标构建 生活垃圾是农村面源污染的来源之一。农村生活垃圾收运体系，通过“组保洁、村收集、镇转运、县处理”的垃圾处理方式，填补了村庄保洁的“空白点”，确保生活垃圾正常收集、运转和处理。乡镇一级主要建设内容为压缩式中转站、密闭垃圾车；村一级主要建设内容为购建保洁工具、垃圾房、垃圾桶、垃圾池、小型运输车辆等。工程建设和运行管理以建制镇政府为主体。审计主要是从农村生活垃圾处理率及效益，目标实现率、项目实施效果等方面建立绩效评价指标。 （4）畜禽养殖废弃物处理利用工程评价指标构建 随着规模化、集约化饲养场的发展，粪便污水对周边环境的污染，已成为畜牧业面源污染的主体。按照“减量化、无害化、资源化、生态化”综合利用要求，畜禽养殖废弃物处理利用工程，通过建设大型沼气工程、生产有机肥、沼渣沼液还田等措施，提高畜禽粪便的综合利用率，减少对环境的污染。审计主要是从畜禽粪便的目标实现率、综合利用率、消减率、制度等方面确定绩效评价指标。 （5）种植业治理项目评价指标构建 我国农业产出水平较高，各类农用化学投入品施用强度大。在农业生产中过量施用氮素化肥、偏施普通复混肥、撒施、表施肥料的现象较为突出。各级政府通过化肥和农药减施、生态拦截、农药替代，改变不合理种植方式等办法，防止农业种植过程对水环境的污染。化学氮肥减施工程，主要通过测土配方施肥、扩大商品有机肥推广应用和引导农民种植绿肥等方式，替代部分化学氮肥施用量。化学农药减施工程，主要通过加强病虫测报、推广生物农药、实施秧田防虫网防虫灯、开展植保专业化防治等方式，减少用药次数和用量，提高农药利用率。该工程一般按照补贴标准和实施面积、数量等给予财政补贴。审计主要是从项目实施前后化肥及农药实用强度降低（提高）率、测土配方施肥收益差异率以及相关的管理层面如任务完成率等方面建立绩效评价指标。
