税务部门主要负责税收政策的制定、税收征管和税务稽查三方面的工作，在国家治理系统中具有决策、执行和监督三项职能。审计部门是政府机构中专门负责经济监督的部门。由于税务部门是国家税收的直接主管单位，因而它是审计部门进行审计监督的重要对象。同时，由于税务部门具有税务稽查的经济监督特性，因此，它也是审计部门在经济监督方面的一个重要合作对象。审计与税务部门的协作机制，可以在监督和管理领域内展开。 审计与税务部门之间应通力协作 监督信息互补，进一步加大经济领域重大违规违纪问题的查处力度。在国家治理过程中，审计部门作为专门的经济监督机构，其中一项重要职责是通过揭露、查处重大违法违纪问题，加强反腐倡廉力度，维护国家经济安全；税务部门作为经济监督系统的一部分，重点负责对偷逃税款、骗税、虚开增值税等涉税领域经济案件进行查处。通过审计和税务部门的协作，可以加大对经济案件的打击力度，扩大打击范围。以发票违法犯罪为例，发票违法犯罪不仅涉及制造、销售、虚开假发票的出票方，也涉及利用虚假发票进行套取费用、偷逃税款等单位或个人的受票方，如果将出票方和受票方查处信息相互关联，便能扩大搜索半径，对发票违法犯罪情况，以及利用假发票骗取各项资金等违法犯罪行为，进行严厉打击。审计部门通过对被审计单位的财务收支及其他方面的审计，掌握比较完整的发票出票方、受票方、金额等要素信息；税务部门通过对辖区内的发票领购、使用、纳税进行管理，掌握比较完整的发票管理信息。通过将发票要素信息和发票管理信息相互比对，将审计查处的虚假发票信息，通过关联税务发票管理系统，便可对筛选出的发票信息进行查证，扩大虚假发票查处范围，同时还可以采用顺藤摸瓜的形式，追踪假发票的制造、销售窝点，加大对假发票的打击力度。 监督手段互补，进一步加大审计和税务监督工作的力度。从审计查处的部分经济案件看，对一些企业或者个人骗取财政资金、偷逃税款以及经济腐败等重大问题的揭露，常常通过企业或个人虚开或使用虚假发票等行为表现出来。审计中常常需要税务部门的及时介入和专业鉴定，保证审计证据的准确和完整。另外，与审计部门相比，税务部门在法律上被赋予较强的执行权。审计部门可以借助税务部门强制执法的优势，在被审计单位或其延伸单位不配合提供资料的情况下，获取重要审计证据，将违法违纪事项查深查透。再者，通过对中国税收征管信息系统（CTAIS）和增值税防伪控制系统的数据查询分析，审计部门可以获取被审计对象的各种纳税信息，从而对违法犯罪行为作出初步判断，确定下一步审计方向。税务部门可以借助审计部门在经济监督方面所具有的独立性和专业性特征，从审计视角发现本部门在税收管理方面存在的重大问题。 联合宏观分析，进一步推动完善国家相关政策制度。税务部门是税收的主管机关，所掌握的各项企业税务数据及变化趋势，可以在一定程度上看做是经济的晴雨表，对于分析国家经济走势和决策制定至关重要。但是目前，不论是审计部门开展的税收审计，还是税务部门自身的内部管理，都没有充分利用这些数据进行宏观分析，仍然处于就税论税、各自为政的阶段。通过构建审计和税务部门的联合分析平台，可以将税务部门掌握的税务数据，以及审计部门掌握的金融行业数据、电力行业数据等进行单独或综合分析，对各种宏观政策执行情况进行适时监督，对未来的经济形势进行科学预测，维护国家经济安全。 联合开展审计税务稽查，进一步提高税收管理水平。审计税务稽查，是目前税务稽查部门开展的一种风险导向型稽查方式。通过借鉴风险导向审计思路，综合运用控制测试、分析性程序等现代审计技术手段，将系统、专业、规范的审计程序与方法融于对重点税源企业的税务检查当中。这种稽查形式强调在对企业进行检查的同时，帮助企业防范税务风险，提高税收管理服务水平。由于这项工作需要具备较强的审计理论和实践水平，税务部门可以借助审计部门的企业审计平台，详细了解重点税源企业的各项经营数据、经济交易及财务状况，关联审计部门所掌握的金融、工商等数据信息，对企业的财务收支、经营状况等进行合理判断，把资金流动、经营活动异常企业作为实施稽查的重点对象，拓宽思路，提高税收稽查质量；借助审计人员专业知识和经验，进行企业经营各环节风险评估和分析性复核，帮助企业识别税收风险点，建立有效工作流程和机制，控制涉税风险要点，提高税收服务水平；借鉴审计部门的专业准则，从计划制定、方案编写、实施稽查、编制工作底稿、起草上报稽查报告等环节进行严格规范，改变以往仅凭记录发现问题的传统检查方式和对一些科目可查可不查的状况，有效地防止执法随意和滥用职权现象，提高税收征管质量。 改变传统审计信息反馈方式，进一步加快税收制度建设。目前，审计部门主要通过专项税收审计和审计移送的形式向税务部门反馈信息，但是两种形式在审计促进税收制度建设方面都存在一定弊端。专项税收审计是各级审计机关，根据年度计划不定期实施，并由税务部门根据审计发现的问题、提出的建议进行整改完善的审计方式。其存在的弊端有：由于实施不定期，因而不具有延续性，难以对税收政策进行客观评价；审计时间较短，难以全面反映重要问题；反馈结果时间长，审计建议时效性难以把握。审计移送是审计部门将非税收审计过程中，发现的涉税且需要税务部门予以处理处罚的问题，通过审计移送处理书的形式交由税务部门处理。其存在的弊端有：由于不具有强制性，因而税务部门处理力度难以保证；移送事项常常是单一涉税案件，处理结果常常是就事论事，难以上升到制度层面。如果审计、税务双方建立了基于相互理解和合作的协作机制，一方面，可以加强税务部门对税收审计结果的重视程度，采取有力措施进行整改完善，并根据审计建议积极进行税收制度建设；另一方面，审计部门可以将审计过程中发现的单个问题、单个事项及时反馈给税务部门，共同研究，判断是否隐藏普遍性问题，是否在税收征管政策层面存在漏洞，然后根据需要决定是否采取措施扩大调查范围，并根据调查结果，及时修改完善税收制度政策。
