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（一）改革现行审计体制 根据《宪法》和《审计法》的规定，国家审计署隶属于国务院，地方审计机关实行业务管理受上级审计机关的领导、组织管理受同级地方政府领导的双重管理体制。我国现行的审计监督体制是行政型模式，审计的委托方、审计方以及被审计方拥有同一的隶属关系和共同的利益，权责关系不够明晰。可以认为，我国政府审计的实质形成一种政府自己使用和分配公共财产，同时又反过来审自己的“内部审计”关系。我国行政领导对审计所持的态度对政府审计职能的发挥起着很大的作用，影响着政府绩效责任审计工作的开展。由于审计部门受本级政府领导，经费由地方政府供给，干部的使用、调动、任免权在地方，所以审计部门的独立性受到了较大的限制。地方政府领导对审计所揭露的问题所需承担的责任或对政绩的影响均存有顾虑，造成最终的上报难以反映问题的实质。我国审计界不断围绕审计独立性探索审计体制的途径，逐渐形成了“立法论”、“垂直论”、“独立论”和“双轨制论”等观点。其中，“立法论”改革模式主要有“一府三院制”和“人大隶属论”。在对审计体制改革不同观点进行评述和比较的基础上，笔者认为，长远看来最终实现“人大隶属论”比较理想，但目前采用“双轨制论”改革模式显然比较稳妥，即在全国人大下设最高审计机关，在人大系统设立专门进行财政预算监督方面的审计组织，同时将现行的审计机关明确为政府的内部审计组织，执行政府各项经济监督任务。“双轨制”体制只是把现行审计职责和工作部分地从政府行政系统中转移到人大系统中，在保留现行行政审计体系的同时，又在人大系统中构建新的立法型审计体系。“双轨制”下审计长由人大常委会直接任命，审计费用要纳入人大机关预算之内，审计工作直接向人大报告等诸多方面的变革都可以在一定程度上有效提高审计的独立性。 
（二）提高绩效责任审计认识 虽然国外已有很多综合审计方面的成功经验，但我国目前政府审计人员对公共部门开展绩效责任审计的诸多方面的认识还存在一些局限性。审计人员在多年来主要围绕财务审计开展工作，已经形成一套熟悉的程序性方法，在这方面的工作成效也是非常大的。但政府绩效责任审计中对“绩效”的审查和评价在我国尚没有现成的审计准则可以遵循，通常也没有统一固定的审计方法可供使用，使得相当一部分审计人员感觉工作没有头绪。部分审计人员会认为，如果开展政府绩效责任审计，首先必须要有权威的全国统一的绩效评价标准和方法，否则绩效责任审计就无法开展。从实质上来说，统一的绩效评价标准是无法建立的。由于公共产品和政府行为复杂多样，政府绩效责任审计是一种不重复的独立检查工作，只宜做出原则性规定，而在具体运用时应该灵活和富有弹性。事实上，对政府机关或项目是否实现目标及其负责人的责任是否履行进行持续不断的监督检查是内部管理和控制的内容，建立绩效责任评价标准是政府机关和公营部门管理者的责任，绩效责任审计人员的职责是收集并验证这些评价标准是否有效，并根据有效的评价标准评价其绩效的优劣，解释、说明绩效责任评价标准无效的原因及其影响，分析、说明“绩效实现”及“责任履行”优劣的原因，并提出可能的有效建议。此外，审计人员在进行绩效责任审计过程中，根据被审计事项的实际情况，灵活地选择与相适应的衡量方法和审查技术。对于教育、环保、公共安全等部门的绩效责任，一定会大量使用到相关领域的特定评价指标和专业衡量方法，审计人员必须还要从教育学、环境科学、社会学等学科的专业视角来对待这些审计事项，而不要像过去那样将眼光仅仅局限在财务领域。绩效责任审计具体衡量方法和审查技术的多样性，对现有的审计部门和工作人员来说是一种挑战，但同时也给了审计人员更大的选择自由。这些都是顺应时代要求的必然选择，不能成为无法开展绩效责任审计的理由。 （三）优化审计人员结构 绩效责任审计的专业性和综合性较强，审计技术与方法更加复杂多样，审计人员只具备会计、审计方面的知识显然是不够的，还需要通晓公共管理、工程、环保、法律等多方面的知识和较强的评价政府工作绩效的意识，需要审计人员能够对政府组织、项目和职能深刻地理解，并有能力运用各种专业知识测定被审组织及相关领导的业绩和责任，以对其作出深刻而中肯的评价和建议。引进多元化的高级人才，可为绩效责任审计的开展提供优质的人力资源，从而优化审计人员结构。此外，应加强对现有审计人员的国内外先进理论和实务的培训，尤其是结合对某一领域或行业进行审前培训、政府环境培训及具体技能培训等。必要时应考虑引进社会中介组织、各领域专家，共同参与到政府绩效责任审计的工作中来，使我国的绩效责任审计工作提高成效，对国家财政性资金及其他公共资源使用的绩效和责任方面实现有效的监督和评价。
