一、项目工程招投标审计 主要是对工程项目计划、工程招标资料和工程施工合同进行审查核实，看是否按照工程实施方案进行公开招投标，有无以议标代替公开招标；有无只对材料单价进行公开招标，将项目直接委托施工单位建设；有无将项目肢解，分成多个小项目，规避招标；有无将项目分成多个项目，一个项目招标，其他部分一并施工等问题。 二、项目施工现场实地勘查审计 主要是到项目施工现场，采用实地堪丈、记录、计算、分析等方法，审计项目是否按照设计全部完成，有无擅自减少工程项目，完成部分工程项目或擅自变更工程项目，变更项目是否经有关部门和原设计单位许可。 三、项目资金审计 通过对工程资金收支凭证、账簿、银行对账单等资料进行核对分析，审计中央、省、市、县财政资金是否按计划足额到位，有无以项目区群众自筹资金代替地方财政配套资金；是否按照专项资金管理办法支付资金，有无用甲项目资金支付乙项目工程款，有无不按工程进度随意支付资金，有无截留、挪用资金；是否有同等金额而且时间相近的一收一支，看其是否有专款资金先拨付、后以其他名目转回的现象；有无项目主管单位与施工单位串通，以加大工程合同承包价的手段，从施工单位套取专项资金，私设“小金库”，用于单位的不正当开支，或者从施工单位套取工程材料等用于单位其他项目建设。 四、项目工程决算审计 实行项目资金收支审计和项目计划、设计及实际完成情况审计相结合。首先，核对资金收支凭证、账簿等会计资料决算数与项目计划数和实际完成数是否一致；核对工程项目实施记录和工程监理记录，计算材料实际用量与账面材料实际支出数量是否相符，看是否有高估冒算或材料实际使用量小于决算量的现象。其次，结合实际勘查和核实，看是否有工程实际完成数量小于决算数量的现象。 五、项目工程不可预见费审计 由于有些农业建设项目设计与计划批准和施工之间时间跨度比较长，有的甚至相差几年，给项目实施带来了一定的难度，增加了不可预见费用支出。对这部分审计，首先，要将发生费用与工程施工合同核对，有无这方面的条款；其次，到工程施工现场进行实际调查了解，要将发生费用与工程设计核对，是否与设计一致，有无这部分支出预算。 六、项目区随机走访审计 在项目建设审计中要随机抽查走访有关项目区村、组和农户，座谈了解有关农业专项资金项目工程的施工过程，资金的运用、材料的采购、拨付和群众自筹资金的使用情况，有无专项资金不到位和向项目主管单位交付管理费用等问题。对以人数为基数补助发放的农机具补助等专项资金，在对提供资料分析、核对、归纳的基础上，要深入基层，走访有关村、组和农户，辨别其真实性，防止弄虚作假等问题发生。
