“文化大革命”的风暴席卷全国之初，身为中共中央副主席、国务院副总理的陈云，因为身体不好，正在家中休养。实际上从1962年开始，由于党内的“左”倾错误发展越来越严重，他已很少起到党和国家事务的决策作用。但是，林彪、江青、康生等一小撮利用这场大动乱爬上最高权力宝座的野心家，还是没有忘记向他泼来一盆盆的污水，射来一支支毒箭。 第一个起来攻击陈云的是康生。1966年8月，中共八届十一中全会在北京召开。毛泽东写出了著名的《炮打司令部——我的一张大字报》，刘少奇被指责为犯有“1962年的右倾”和“1964年形‘左’实右的错误”，林彪、江青、康生等人群起而攻之。1962年协助刘少奇进行经济调整工作的陈云，也“罪责难逃”。8月13日，康生在八届十一中全会华东组小组会上发言说：“陈云同志的思想，也是长期与主席对立的。他以经济专家自居，自认为他的经济学在主席之上。看看他的1962年的报告，就懂得他的经济学是什么货色。他只讲经济，不讲政治，他讲的经济政策，据我看，只是资本主义的商人经济而已。”会后，由毛泽东批准，未经过正常选举，产生了新的中央政治局常委名单，陈云位于十一名常委的最后一名。全会未重选党中央正副主席，林彪列常委第二位，成为毛泽东的接班人，陈云同刘少奇、周恩来、朱德一起，被实际免去了副主席的职位。随后，炮轰和批斗党和国家领导人的造反活动在林彪、江青等人的煽动下，铺天盖地而来。红卫兵小报上已经喊出了“打倒右倾机会主义分子、修正主义分子陈云”的口号。 当时陈云住在中南海外的北长街，周恩来为了保护他，让他转移到西郊。在江青和中央文革小组的挑动下，一些红卫兵要抄陈云家。中央警卫团一位副团长急忙赶去劝阻，不起作用。红卫兵冲入大门，进到办公室，要搬走保险柜，只是由于警卫的坚决反对，没有搬出大门。陈云很喜欢听苏州评弹，家中保存了一些评弹的唱片和录音，红卫兵说这是“四旧”，也要查抄出去销毁。周恩来知道后，立即派秘书童小鹏赶到现场。童说，周恩来有指示，陈云是中央常委，他的档案不是一般的档案，是党和国家的机密，任何人不许动。至于评弹，是苏州一带的文化艺术，不能作“四旧”破。你们冲进来是错误的，希望你们立即撤出去。但是，红卫兵依仗着有中央文革做后台，硬是不撤。双方僵持了几个小时，童小鹏只好打电话给戚本禹，把周总理的意见告诉他。果然，同样的话从戚本禹嘴中说出，红卫兵就撤走了。以后，陈云的家又被抄了一次，红卫兵还强烈要求把他拉出去批斗。只是在毛泽东、周恩来的保护下，陈云才幸免于难。否则，身体很差的他是无法逃脱这场浩劫的。 1968年8月，根据毛泽东关于让老同志学习、了解“文化大革命”“大好形势”的指示，中央办公厅组织了一批老同志到中央警卫团支左的北京二七机车车辆厂、北京新华印刷厂等工厂去蹲点调查。陈云被安排到新华印刷厂。同时下去的还有陈毅、徐向前、聂荣臻等人。 1968年10月，中共八届扩大的十二中全会在北京召开，这又是对老干部的一场高层批斗会。会议一开始，就分组围攻所谓“二月逆流”的老同志，围攻所谓“一贯右倾”的朱德、陈云、邓子恢、王稼祥。这次对陈云猛烈开火的是谢富治。10月17日，在第一小组会上，谢富治说：“我们回想一下，陈云同志在七千人大会上，主席三次叫他发言，他说没调查没发言权，后来不到一个月做了个黑报告反主席、反大跃进、反总路线。”“按陈云同志的报告搞下去，不知成什么样子。刘、邓搞反革命修正主义，朱德同志、陈云同志也是搞修正主义的。‘二月逆流’这些人不死心，还要为他们服务。”谢富治最后总结说：“陈云同志多年不做工作，刘少奇突然抬出他搞经济小组，收拾‘残局’，就是搞修正主义。陈云同志搞些什么，多赚钱、卖花布、炒肉片、高价商品。陈云同志一贯反毛主席，休息也不干好事。这些事情都要清算。” 1969年4月，中国共产党第九次全国代表大会在北京举行。林彪、江青集团的主要成员都进入了新的中央政治局，而1931年就担任临时中央政治局常委、1934年在中共六届五中全会上当选中央政治局委员会常委后一直位于中央领导核心的陈云，第一次离开了中央领导岗位，仅被保留了中央委员的名义。林彪却成为党中央副主席。 1969年10月，中苏即将举行两国边界谈判，根据毛泽东关于国际形势有可能急剧恶化，防止苏联利用谈判之机进行突然袭击，特别是核武器打击的估计，中共中央做出了紧急疏散在京中央领导人和老干部的指示，要求这些人在10月20日，即中苏谈判开始以前离开北京。于是，毛泽东前往武汉，林彪去了苏州，朱德、陈毅、徐向前、聂荣臻等老帅被安置到京广线两侧的城市，以便打起来可以就地指挥作战。64岁的陈云被通知疏散到江西。同时疏散到江西的还有：邓小平、王震、何长工、萧克、陈再道等。可以看出，这些人大都属于被批判而未被完全打倒的对象。 起初，陈云被告之必须自己买火车票走，不再享受国家领导人应有的公务专厢。由于陈云有心脏病，路上又不安全，经过一再交涉，才同意他与同被疏散到江西的王震合坐一节公务车厢。10月18日，陈云登上火车，隆隆南下。谁知，这一去，竟在江西呆了两年半之久。而制造战备紧张空气的林彪等人几个月后就回到了北京，被他们阴谋打倒的刘少奇、陶铸，到了疏散地不久，即在迫害中含冤去世。
