1975年中国科学院的整顿是邓小平主持的全面整顿的一个组成部分。在科学院的整顿过程中，胡耀邦等同志从科技路线、知识分子政策等方面着手纠正“左”倾错误，从而使中国科学院的整顿在全国的整顿中处于重要地位。 一 1975年7月，党中央决定对中国科学院进行整顿。党中央作出这一决定，首先是由于在全国逐步展开的整顿工作客观上促使着中国科学院进行整顿。正如邓小平指出的：实现四个现代化，把国民经济搞上去，是全党全国的大局。如果农业搞不好，要拖工业的后腿；而如果“科学研究工作不走在前面，就要拖整个国家建设的后腿”。因此，“科学研究是一件大事”。另一方面，由于“文化大革命”对我国科技事业造成了严重破坏，对中国科学院进行整顿，使之恢复正常的工作秩序，也是科技事业发展的内在要求。 “文化大革命”发动后，知识分子集中的中国科学院是深受其害的“重灾区”之一，科学院在科研路线、专业队伍、科研机构等方面都受到了巨大的破坏。 首先，科研工作正确的方针政策遭到批判和否定。 “文化大革命”开始后，中国科学院在建国后17年执行的正确的方针政策，特别是深入人心的“科学十四条”和1962年的广州会议精神等，被说成是“反革命修正主义黑线”，受到了批判；知识分子被划入资产阶级范畴；科学研究工作也被指责为“三脱离”，即：科研“脱离无产阶级政治、脱离生产实际、脱离工农兵群众”，是“专家路线”、“崇洋媚外”，等等。在批判科研工作所谓“三脱离”的同时，基础理论研究遭到了否定。为了扭转“多年来资产阶级世界观及方法论在自然科学领域中占据统治地位”的状况，批判“自然科学理论战线上的反动观点”，江青、陈伯达等人把20世纪最伟大的科学家爱因斯坦视为“自然科学领域中最大的资产阶级反动学术权威”，开展了对“相对论”的批判。1970年，陈伯达提出：“要把牛顿、爱因斯坦远远抛在后面，发出东方无产阶级的声音”，要把这一场批判“搞成群众运动”。中国科学院革命委员会组织了“相对论批判办公室”，正式出版《相对论问题讨论》刊物，并准备在生物学、地学等领域也开展类似的批判，对基础理论研究形成了沉重的压力。中国科学院在批判所谓“修正主义黑线”的高潮中，各种名目的大批判联络站达73个之多。科研人员失去了从事研究工作应有的环境与条件，科研工作不断被削弱。“文化大革命”发动后，科学院经费大大下降，1967年的经费只占1965年的16%。1970年以后经费略有增加，但1976年的经费还比1965年减少1／3以上。 其次，领导干部和科学家受到批判和摧残。 “文化大革命”开始后，中国科学院领导干部的大多数因参与制定或贯彻执行正确的方针政策而受到批判。如：适当提高知识分子的物质待遇被污蔑为“三高政策——高工资、高奖金、高稿酬”；执行“学位、学衔”有关规定被指责为搞“名利挂帅”、“专家路线”、“引诱青年走个人奋斗的邪路”等。科学院的各级领导干部几乎都被打成“走资本主义道路的当权派”、“反革命修正主义分子”，甚至“叛徒”或“特务”。许多科学家被打成追随“美帝”或“苏修”的“资产阶级反动学术权威”。广大知识分子被污蔑为“复辟基础”、“个人名利”、“知识私有”、“技术挂帅”、“学院式研究”等。1971年1至3月，中国科学院计划座谈会纪要中公开称知识分子是“一无政治头脑，二无工农感情，三无实际本领”。北京地区170位高研中有131位被列为打倒或审查对象。这些领导干部和科学家在被立案审查或非法监禁期间，受到残酷折磨。全院被迫害致死的达229名，占全院职工总数的0.38%；被迫害致死的科技人员占科技人员总数的0.41%。除了被审查或打倒外，科学院大批的科技人员和干部被“下放”到“五七干校”，从事繁重的体力劳动。由于生活条件艰苦，不少人的身心健康受到了摧残。 再次，领导班子被改组，研究机构被肢解。 中国科学院是全国自然科学研究的中心。1965年，科学院拥有106个研究所，24714名科技人员，基本形成学科比较齐全的综合研究中心。“文化大革命”开始后，中国科学院被视为一个“被资产阶级知识分子长期统治”，执行“反革命修正主义路线”，应该“打碎”、“砸烂”的单位。1967年，科学院的领导权被造反派夺取，成立了革命委员会，群众造反组织的头头开始进入科学院的最高领导层。1968年，在“斗、批、改”阶段，工人、解放军毛泽东思想宣传队进驻科学院，解放军和群众代表在科学院革命委员会领导成员中的比例高达76%。造反派始终在领导层中占据重要地位，科学院的领导班子成了执行“左”倾错误和极左思潮的得力工具。在此期间，中国科学院的研究所数量被大大削减，科研机构出现了大的变动。一部分研究所划归国防科委，一部分研究所下放地方，一部分研究机构被撤销。到1973年，中国科学院除43个双重领导的研究所外，直属研究所仅有13个。领导班子的改组和研究机构的肢解，直接影响了中国科学院整体的性质和任务，使科学院失去了综合、配套的优势，同时，科技人员经过多年努力建立起来的研究基地、实验设备、资料、标本等，相当大的部分被散失、损毁，一些已有相当基础的研究课题被取消。
