1、流域水污染防治资金审计。主要根据流域水污染防治规划，对水污染防治资金筹集、投入、管理、工程建设及设施运营、治理效果、责任进行审计，评价流域水污染防治规划实施绩效情况，促进实现规划目标。 2、污水处理厂建设和运营情况审计、垃圾处理场建设和运营情况审计。包括污水处理厂、垃圾处理厂以及配套管网、配套设施等项目，主要对建设资金和污水、垃圾处理资金筹集、管理、使用的真实性、合法性和效益性以及城镇污水垃圾处理厂项目建设和运营业务的真实性、合法性和效益性进行审计。 3、水质自动在线监测系统建设和运营情况审计。主要对水质自动在线监测系统建设和运行效果的绩效进行评价，督促政府有关部门、企业确保系统正常运行，监测数据真实。 4、农村饮用水安全审计。重点审计中央和地方对农村饮水安全工程投资及配套资金投入和使用情况；了解农村饮水安全工作方面采取的措施和办法，评价农村饮水安全工程所取得的成效和经验；揭示农村饮水安全工作和管理以及制度和机制等方面存在的问题。 5、海域使用金审计。海域使用金是国家作为海域自然资源的所有者出让海域使用权应当获得的收益，是资源性国有资产收入。重点审计海域使用金的征收、缴库和使用的真实性和合规性，海域整治、保护项目建设和管理情况。 6、农业面源污染防治审计。包括对化肥、农药减施工程、畜禽养殖废弃物处理、网养殖整治工程、农村生活污水生态净化处理工程审计。重点审计补贴项目实施情况和产生的投资效果、环境效果、社会效果。
