基本建设项目审计，主要包括对在建的固定资产投资项目开展的审计和对已完工的固定资产投资项目开展的竣工决算审计。无论是在建审计，还是竣工决算审计，审计发现的问题主要包括以下几个方面： 基本建设程序方面。在2004年国务院颁发《关于投资体制改革的决定》之前，固定资产投资项目不分投资主体、资金来源、项目性质，一律按投资规模大小分别由各级政府及有关部门审批；之后，对于企业不使用政府投资的建设项目，一律不再实行审批制，区别不同情况实行核准制和备案制。因此，基本建设程序主要包括：项目立项审批（或核准、备案）、可行性研究、初步设计、施工图设计、项目建设、竣工验收等环节。其常见的问题主要是基本建设程序不合规，包括未批先建，重大设计变更未按规定报原初步设计批复部门审批，以及搞边勘察、边设计、边施工的“三边”工程等。 征地拆迁方面。项目建设用地通常会涉及征地拆迁工作。而征地拆迁工作涉及面广，资金拨付链条长，且直接与被征地群众利益相关等，因此情况比较复杂，容易发生违纪违规问题，也是基建项目审计中的难点和重点。其常见的问题包括未经国土部门审批违法征地，未征先用土地，闲置征用土地，超征耕地少缴耕地开垦费，截留、挪用、少付征地补偿资金损害农民利益，编造虚假征地拆迁合同套取补偿资金等。 工程管理方面。基本建设项目的工程管理，主要指工程施工过程中的管理。在这方面，最容易出现的问题有：招投标不规范（包括未经招标直接发包工程、未按规定公开招标而采用邀请招标、评标委员会成员构成不符合规定、发标至截标时间不符合规定、评标结果不公正等），转包或违法分包工程，多结算或少结算工程款，工程超概或实施概算外工程，工程成本核算不真实（包括其他项目支出挤列工程成本、利用虚假发票套取工程建设资金及通过关联交易向有关关系人输送利益从而加大工程成本等），因管理不善导致损失浪费、工程事故频发或工程质量存在隐患等。 财务管理方面。需要关注的主要问题有项目的资金来源及到位情况，项目前期工作费、建设单位管理费等支出的真实性、合规性，项目贷款建设期利息与经营期利息入账的正确性等。 对于具体的基本建设项目，因所属的行业不同，相应的行业特点及管理法规不同，审计发现的问题也会有所不同。特别是一些存在严重违纪违规问题的基本建设项目，其问题类型更是千差万别，在此就不一一列举。
