进一步明确了对财政资金运用的审计范围 完善了对财政资金运用进行跟踪审计程序。新修订的实施条例对审计范围进行了细化，具体规定了对财政资金运用实施跟踪审计的范围。审计工作主要是对财政资金使用的合法性和正当性作出判断，国家资金运用主要有两个方面：第一，对国家机关和国有事业性单位的经费使用和收支的合法性情况进行审计；第二，对国家财政投资和资助的项目使用资金的合法性和效益性进行审计。财政资金运用与财政收入是一对矛盾体，没有财政收入就没有财政资金运用，但财政资金运用不当也会使财政收入失去意义，其合法性也会受到质疑。所以，对财政资金的运用非常有必要进行审计监督。以往的做法都是在财政资金已经使用完毕后再来审计，这种事后监督，损失已经造成，多数已难挽回。新修订的实施条例明确了审计机关对财政资金运用实施跟踪审计的范围，审计机关可以在财政资金运用过程中主动审计，当发现财政资金运用不当时可及时提出审计意见，制止不当行为，以最大限度地保护财政资金的使用安全。 增强了对政府投资项目审计的操作性。政府投资的项目主要有两类：第一，全部使用预算内投资资金、专项建设基金、政府举借债务筹措的资金等财政资金的建设项目；第二，以政府投资为主的建设项目，是指未全部使用财政资金但财政资金占项目总投资的比例超过50%，或者虽未超过50%但政府拥有项目建设、运营实际控制权的建设项目。政府投资是基建的大头，如何保证政府投资资金按照计划、预算使用离不开审计从外部对项目建设者和管理者的制约。 从审计法及实施条例来看，审计机关是国家财政资金运用的监督机构，审计就是通过对财政资金运用进行真实、合法、效益监督，促使财政资金不被错用和滥用，达到预期经济目标。这更加说明在当前经济发展形势下，审计机关的作用不可或缺。 增强了审计系统的组织力量 2006年修订的审计法中删除了审计机关对企业内部审计指导权，但继续保留了对注册会计师事务所出具的审计报告具有检查的权力。除此之外，为了保证财政资金运行的安全，保证各级审计机关能够依法审计，对审计机构负责人任免问题上的更大话语权，新修订的条例第十三条规定：“地方各级审计机关正职和副职负责人的任免，应当事先征求上一级审计机关的意见。”第十四条规定审计机构主要负责人除因本法条列明的四种原因，不得在任职期间被撤换。上级审计机关通过对下级审计机关的人事任免和业务指导，不但可以间接地督促地方审计机构保证审计质量，也可加强地方审计机构的独立性，保证其不受权一些被审计对象的掣肘，也可在组织上保证审计机关负责人不会因正常履行审计职责被打击报复，在一定程度上有利于提高审计质量。事实上，如何保障审计机关正常履行职责，一直是审计法立法的重要内容。在新修订的实施条例中对此作了具体规定，以方便厘清各级审计机关与政府的关系。 审计机关查询被审计单位金融账户负有保密义务。审计的主要方式是查账，必然要对被审计对象的财务账册和相关文件等情况进行透彻了解，其中不可避免涉及被审计者的商业秘密。审计法实施条例第三十条规定，审计机关查询被审计单位在金融机构的账户的，应当持县级以上人民政府审计机关负责人签发的协助查询单位账户通知书；查询被审计单位以个人名义在金融机构的存款的，应当持县级以上人民政府审计机关主要负责人签发的协助查询个人存款通知书。审计机关和审计人员负有保密义务。这是一种双重保密义务，即不但审计机关要保密，审计机关的工作人员知悉该秘密的也应负保守秘密义务。新修订的实施条例进一步将审计机关及其工作人员的责任具体化，但遗憾的是规定仍不够完整，其第五十五条规定：“审计人员滥用职权、徇私舞弊、玩忽职守，或者泄露所知悉的国家秘密、商业秘密的，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。审计人员违法违纪取得的财物，依法予以追缴、没收或者责令退赔。”我们可以看到，条文中只是规定了行政处分责任和刑事责任，并没有规定如果审计机关及其工作人员违反保密义务时是否比照社会审计机构（注册会计师事务所）及其工作人员那样承担民事责任。这么做固然免除了审计机关本来应当承担的相应民事责任，但对被审计对象因泄密造成的财产损失无法补偿，显然有失公平。 条例明确了对被审计对象的告知义务。审计机关应当根据年度审计项目计划，组成审计组，调查了解被审计单位的有关情况，编制审计方案，并在实施审计3日前，向被审计单位送达审计通知书。向被执法对象通告有关情况是执法机关的基本义务，也是公正行政的内容之一。国家审计机关的审计活动虽然不是管理性的行政行为，但却是保障性的行政行为，审计机关在执法时应当尊重被审计对象的知情权，以便让其有充分的时间说明和自辩财政收支和财务收支运用的情况，这既有利于保障被审计对象的权利，也有利于被审计对象对审计机关的行为合法性的监督，这是一个较好的制度性设计。 新增了审计机关的审计保全权 封存被审计对象的账册。审计法实施条例条例规定，在特殊情况下，审计机关可以不提前通知当事人而进入被审计单位立即进行审计。这样做是考虑到近些年有些单位财务违法情况严重，但其财务账册报表却做得巧妙、隐蔽。如果提前通知，被审计对象有可能提前转移资产或藏匿、销毁凭证，之后的审计会难度很大。考虑到这些实际情况，新修订的实施条例规定了审计机关认为必要时可直接进入被审计单位查账，目的主要是为了财政资金安全。为了保证公共利益安全，法律允许在规定条件下审计机关可以免除告知的义务。
