1.民营企业内部审计机构设置。目前，国有企业尤其是上市公司的内部审计机构设置模式主要有五种：一是董事会领导的组织模式；二是监事会领导的组织模式；三是总经理领导的组织模式；四是由以上三者领导的组织模式；五是总会计师或财务副总经理领导的组织模式。另外，公司制民营企业为了进一步规范公司的治理机制，按照监管部门的要求在两个层级上设置了内部审计机构：一是在董事会下设置与监事会平行的审计委员会，代表股东对经理层进行监督；二是在经理层下设置内部审计部门对各职能部门进行审计监督。 由于民营企业发展水平不平衡，很难说统一于哪种模式才好，它应该与企业的组织形式、经营规模、管理体系等相适应。总体上说，根据管理性质和效率要求，民营企业内部审计机构规模一般不宜太大。对于公司制或规模较大的民营企业，可以考虑在董事会下设置审计委员会，而对于规模较小，组织较为简单的民营企业，可以直接由企业主或是经理人员领导审计机构。不论是哪一种模式，都必须实事求是，做到“实效重于形式”，这样才能真正发挥内部审计应有的功能。 2.民营企业内部审计的运行机制。根据一些内部审计工作较有成效企业的经验来看，民营企业内部审计的运行机制是：当好决策层的参谋，当好职能部门的帮手。内部审计需要在企业实践中发现并解决实际问题，其中交流与沟通必不可少。因此，内部审计人员在平时必须注重和企业中下层管理人员的对话和沟通，取得他们的理解和信任。应改变只向经理层汇报工作而不与管理人员交流意见的做法，那样会造成审计部门与管理部门之间的隔阂，不利于开展审计工作。营造审计部门与管理部门的交流空间，将有利于双方在合作的基础上及时解决管理中存在的问题。只有这样，内部审计人员这一“重要资源”才能真正发挥作用，成为各级管理人员的参谋与“智囊”，在各个层级更好地发挥团结协作的作用。 考虑到内部审计应当为企业价值的提升做出更大贡献，而不必拘泥于形式上的限制，内部审计部门可以在必要的时候为了企业整体利益牺牲一些独立性，从而避免那些因审查环节耽搁方案实施而影响经济效益事情的发生。内部审计部门加强与内部各职能部门的直接配合，既增加了它的权威性，又减少了许多不必要的审批操作程序可能带来的负面效应，这确实不失为一种协作、配合的好办法。而且，从内部审计参与管理以及最终增加企业价值考虑，独立性与权威性并非矛盾的，是能够将二者统一起来的。 民营企业内部审计机构设置及其运行机制如下图所示。
