环境保护资金审计的主要内容是审查各级财政安排、筹集资金的合法性和合规性，资金拨付投放是否及时，主管部门或者使用单位是否对资金进行了严格的管理，环境保护项目是否按期完成，能否发挥应有的作用和取得预期的环境效益等。 一、排污费审计 排污费是列入地方各级财政预算固定收入支出科目的专项资金，它由环保部门收取，征收的对象是排污的单位和个人。排污费主要用于治理污染，同时也划出大约10%的比例补助各级环保部门，用于综合性治理和监测、监理业务支出。排污费的管理和使用程序是：环保部门根据企业超排污水的数量，依照规定征收并足额及时上缴财政，再通过财政预算，以拨款或贷款的形式补助给重点排污单位用于污水处理，或补助给城镇用于建造集中处理污水的设备、工厂等与环境保护有直接关系的项目。对排污费的征收管理使用审计以政策为导向，考查环境政策的执行情况，在征收方面，审查环保部门是否按国家规定标准执行，有无随意减免、少收或多收、以罚代治等现象；收取的排污费是否及时上缴国库，有无坐支挪用；审查财政部门是否将收入的排污费全部用于治理污染，有无用于平衡财政预算、发工资或用于其他建设项目；检查用于污水处理或其他与环境保护直接有关的项目完成情况，社会、经济、环境效益如何；环保部门留用的排污费是否用于规定的范围等。 二、环境保护专项补助经费审计 在国家和地方的预算支出中，用于环境保护的补助性支出有多项，这些资金数额不大，使用方向专一，对于某一方面的环境保护事业有至关重要的作用。 审计机关对环境保护专项补助经费的审计，一般是结合预算执行情况审计进行的，个别情况下也有安排专门审计的。审计的主要内容是：预算安排的数额是否比上年有所增加，这些专项资金多是按照农业资金管理的，按照《农业法》的规定，应当逐年有所增加，如有减少，应当有充分的理由；预算安排的资金是否及时拨给有关部门，有关部门是否及时转拨使用单位，有无层层截留；有关部门应当将这些补助经费无偿下拨，检查有无搞有偿使用或借机向基层收取占用费、使用费等；使用单位是否按规定用途使用，有无乱用。 三、育林基金审计 育林基金是用于营林造林的国家预算外专用资金。育林基金的使用范围是：国有林育林基金用于国有林采伐迹地、林间谷地和荒山、荒地的更新造林等项费用支出；集体育林基金用于集体林采伐迹地的更新、竹林复垦、营造大面积用材林和合作造林等项费用支出。育林基金审计的主要内容是：审查育林基金是否按照国家规定及时足额征收，有无少收、漏收、擅自减免等情况；所收取的育林基金是否按规定的比例上交地方和主管部门，有无多交、少交或截留挪用的问题；育林基金的使用是否纳入计划，使用范围是否符合规定，开支范围有无扩大等。 四、防沙治沙专项资金审计 防沙治沙专项资金包括中央财政预算安排的防沙治沙经费、地方相应配套的资金和农业银行发放的专项贴息贷款。防沙治沙专项资金审计的内容主要是：中央财政安排的防沙治沙经费是否如数下拨，有无挤占、截留、挪用；地方政府是否按照中央要求的比例如数提供配套资金，确实发挥了中央和地方两个积极性；农业银行是否按照项目确定的规模发放贷款；财政贴息资金是否及时补贴给借款单位；资金使用效果如何，是否达到既定目标。 五、生态林建设资金审计 生态林是相对于单纯的用材林而言，生态林的主要功能是调节气候、涵养水源、保持水土、防风固沙、改善生态环境，同时也有扩大森林资源的作用。审计调查的主要内容是：生态林建设资金的来源和构成情况，摸清中央和地方预算安排、银行贷款、社会集资和群众投资投劳的数额；资金的管理和使用情况，包括资金使用有无规划，是否实行项目管理，按计划拨付，需要地方配套的项目资金是否配足，资金是否按规定的用途使用；检查计划任务是否按时完成，人工造林、飞播造林的成活率及封山育林、种草的保有率等指标情况；贷款期限、利率、贴息标准是否执行了国家的优惠政策等。 六、天然林保护资金审计 审计机关对天然林保护资金的审计包括以下内容：各级财政预算安排的用于林业工人转产的资金是否与中央的规划相衔接，与年度实际需要相适应，并提出改进的意见；有关部门是否将天然林保护资金按照规定的用途下拨、使用，有无挤占挪用，层层截留；检查森工企业的生产计划，是否按照国家的要求停止采伐天然林或减少采伐量，审计企业的营业收入，进一步检查应当停止采伐的企业有无销售天然林木收入，减伐限伐的企业其天然林木销售收入是否超过允许采伐量；审查企业的费用开支是否大部分或全部用于营林造林管护，有无用于维持或扩大采伐能力的开支；国家规定用于转产的资金是否全部按规定使用，所建立的转产企业能否正常运行。 可持续发展战略的实施、环境保护资金投入的增加及环境、资源的严峻形势，使环境审计的开展成为实施可持续发展战略中必不可少的监督环节，也是审计与时俱进的必然趋势，是审计发展的必然要求，环境审计将在可持续发展中发挥重要的作用。
