一、预算测控法。是指从财政预算分配入手，通过详查预算分配方案，测算评估各种专项资金支出比例、结构、用途是否合法合理的方法。运用此种方法，对本级政府安排的专款，可以查清是否按政策足额预算，是否按人大批准的预算安排资金，有无用于其他方面或没有完成预算。对上级安排的专款，如支农扶贫资金等，可以查清配套资金是否到位。尤其是对社保基金审计较适用，如现行法规没有明确规定各级财政社会保障预算安排的硬性比例，基层财政年初安排的指标弱化，执行预算时又存在随意性。运用上述方法既节约审计成本，又能弄清以下问题：一是财政部门年初向人大上报的社会保障预算支出比例、结构是否合理，资金的分配是否按现行的原则。二是执行预算时有无混淆中央专项补助指标与本级预算安排指标的问题，有无将中央专项补助资金改变用途或平衡预算。三是财政决算时，有无截留社会保障支出指标，挂无项目、无部门的下年结转科目问题，上报的决算报表是否账表一致、真实可靠。 二、多重结合法。指专项审计与专项调查、财务收支、经济责任审计或其他审计项目有机结合，从多角度、多层次发现、跟踪线索查证事项的方法。一是与同级财政审计相结合。重点审计财政部门对上级拨入、本级政府年初预算安排的专项基金是否及时足额到位，是否拨入财政专户进行管理并及时分配下拨，核查有无不按政策规定分配、超范围拨付、滞留未拨、虚列支出、挤占挪用、截留转移或用于平衡财政预算等问题。揭示缺乏专项资金预算的种种弊端和专项资金转移支付行为中不合法、不合理、不公开、不规范的问题。二是与审计调查相结合。专项资金涉及部门多，覆盖面广，使用分散，要把一个县的专款自上而下全部审计，客观上没有必要，也受审计资源限制。为了节约审计成本，对全县所有专款实施审计调查，对县级财政、主管部门管理的专款实施全面审计，对乡镇、建设单位管理的专款实施抽样审计。这样有利于扩大审计覆盖面，提高审计质量与效益，既可把握资金管理质量和总量，又可掌握资金使用的实际情况，既可查出资金管理中存在的问题，又能考核资金使用的整体效益。三是与抽查工程项目相结合。要对专项资金实施绩效评价，必须深入工程现场实地测量、勘察。有的项目资金从账面上看都用到了工程上，而实际投入的资金却与投入的资金量不相吻合，还有的项目其工程与资金的规定用途不符，不到现场察看工程往往难以发现，检查资金使用情况与实地勘察工程有机结合，有助于了解和考核专项资金的使用效率。四是与财务收支审计相结合。目前，有些单位的专款没有建立专账，而是与单位经费放在一起核算，只有将专项资金审计与财务收支审计有机结合，才能分清专款来源与经费来源、专项支出与经费支出，确认经费与专款是否存在打通使用的现象，确认经费是否挤占了专款。五是与经济责任审计相结合。有利于加强对领导干部权力的制约和监督，增强其专款管理的责任意识。如将专项支出预算、社保费征收率、投入产出率、投资回收期等指标分别作为财政、地税、其他部门、单位负责人任期考核指标之一，对挤占挪用专款用于消费的；监管不到位造成“豆腐渣”、“半拉子”工程的；投入产出率、投资回收期较大幅度低于正常水平的；以种种理由或“借口”不给职工投保或少投保的、有缴费能力又恶意欠费的单位负责人依法追究责任。 三、跟踪问效法。查阅被审计单位的审计档案资料以及“审计线索库”，全面系统地掌握以前年度专项资金审计情况及其他审计项目已发现的审计线索，实施跟踪审计的方法。运用这种方法好处有三：一是有的放矢的制定审计实施方案，正确确定审计目标、审计重点、审计难点，根据审计人员的特长合理分工，整合审计资源，提升审计质量。二是查看以前年度审计结论落实情况，查看存在问题的整改力度及审计所产生的经济效益、社会效益，将未落实的结论予以落实，将未整改的问题督促整改，以维护审计执法的严肃性、权威性。实现“以审纠偏，以审促知，以审促法”的目标。三是根据已发现的审计线索制定单项审计方案，实施跟踪审计，沿着可疑线索顺藤摸瓜一查到底，弄清事实真相，依法严肃处理处罚。做到源于审计，高于审计，为规范专项资金、工程项目管理，拓宽其管理方法提出合理化建议。 四、内查外调法。是指通过内查财务资料、项目资料，寻找可疑线索，跟踪外调查清事实真相的方法。针对专项资金涉及面广、流通渠道长的现实，审计人员应紧紧围绕“从制度上和管理上揭露分析问题，维护专项基金的安全完整，促进建立专项支出预算，完善专项资金管理制度”的审计目标。把追踪资金使用效益和相关交易作为审计重点。从内查入手，测评内控制度的科学性、实用性，找准切入点；外调内控制度执行力度、资金使用情况，核实资金是否安全有效运行，重点弄清有无弄虚作假、虚报冒领的情况，如编造改田、退耕还林、植树造林兑现花名册，虚报面积，套取资金。内查专款支出情况，审查有无挤占挪用专款用于经费支出、购买小轿车、修建住宅楼等非生产性消费；外调开户情况，核实主管单位有无多头开户现象，重点审查有无从银行账上套取现金，有无用大额现金支票拨款现象，有无从主管部门银行账户转入建设单位银行账户，再利用虚假物资配套形式收回专款的情况。通过内查外调，单线取证，多方核实，揭示专项资金管理中存在的漏洞。 五、逐项核对法。是指对会计资料上反映的会计事项分类逐项核对的方法。专项资金包含扶贫资金（含以工代赈、水利专项等）移民资金、社保基金等。为了全面掌握资金运行的过程，实行源头控制，全程监理，逐项核对很重要。一是核对专款是否按预算、按计划、按程序、按进度及时足额拨付。审查有无超计划、无计划、串项拨款；有无超规定（移民资金可按规定列支管理费）、无规定（各级行政管理部门不准从水利基建资金中以任何形式提取管理费）列支管理费；有无打着确保工程物资质量的幌子，给项目单位配套物资；有无打着预留工程尾款的幌子，有意滞留专款。二是核对是否按规定渠道拨款，审查是否执行了直达拨款制，重点审查有无从财政部门拨入主管部门，再转拨给乡（镇）政府，再转拨给项目单位的现象，从而层层滞留专款，多渠道多环节流通，直接影响工程进度、质量的问题。三是核对专款支出确认的准确性，入账的及时性，审查有无以拨列支、以领代支；有无弄虚作假，即通过开假发票多列支出套取资金，或虚挂往来移花接木转移资的情况。四是核对专款主管部门对口支援收入来源，若来源于项目单位，则有可能是运用权力，通过虚报投资计划、重报项目（原用其他资金已建成的项目）转回的资金。
