根据审计署《2008至2012年审计工作规划》要求，今后资源环境审计要着重关注以下问题： 1、关注环保政策的贯彻执行。加强对环保政策、制度的制定及执行情况的审计，审查当地政府贯彻执行上级环保政策是否到位，是否加强了环境保护法规建设和监督执法，在环境保护、改善、治理方面出台了哪些行之有效的政策措施，责任是否明确，奖罚是否恰当；审查当地政策、制度的制定是否符合国家产业政策要求，是否符合国民经济结构战略性调整要求，制订的当地环境保护技术标准是否符合国家规定，是否实现了从“高消耗、高污染、低效益”向“低消耗、低污染、高效益”的转变；审查环保项目决策程序是否完善，决策监管体系是否健全，决策过错责任追究制度是否明确，执行是否到位。 2、关注环保资金的管理使用。主要审查环保专项资金的管理、使用和效益情况，有无滞留、挤占、挪用、贪污等违规问题；审查排污费的征收是否及时、足额，有无应征不征、违规减免，收支核算是否真实、合规，使用是否符合国家规定，投向是否符合国家产业政策，对企业防污、治污方面的鼓励和支持力度如何；资金项目效益是否达到规定要求，防污、治污工程程序是否合规，资金是否到位，成效是否达到预定目标；分析排污费收入增减的原因，是排污单位及排污量的增减，还是征收力度的加强或削弱；分析治污投入增减的原因，是污染程度升降，还是政府对环境污染治理重视程度变化，环保投入是否与本地整个经济发展相适应；审查当地在发展环保高技术、加快研发和推广适合国情的重污染行业污染治理技术工艺等方面有何创新。 3、关注环保工程的质量效益。重点是对污水处理、工业污染治理、环境保护等政府重点投资项目，开展审计和审计调查。围绕项目可行性论证、设计方案、资金使用以及项目投入运营后的效益等环节，加强审计和调查分析，突出反映项目的真实性，有无弄虚作假、套取资金、扩大投资以及投入运营后所暴露出来管理等方面的问题，提出合理的、具有较强可操作性的审计建议，进一步促进节能减排投资建设项目发挥效用；揭示重大工程建设中的损失浪费问题，促进建设单位节省能源，减少物料消耗，合理利用资源，提高工程质量、效率。 4、关注生态环境的保护恢复。对土地、矿产、森林和水资源保护与开发利用情况进行审计，重点揭露和查处破坏浪费资源、国有资源收益流失、危害资源安全等重大问题，从体制、机制和制度上分析原因，提出建议，促进资源环境保护和合理开发利用。对水、大气、固体废弃物、生态保护等方面的审计，重点关注环保资金投入、管理、使用情况的同时，高度关注环保政策的落实和环保目标的实现，揭露和查处破坏生态、污染环境、影响人民群众身体健康的重大环境问题，以及恢复性建设情况，提出提高资金使用效益和完善环保政策措施的建议。 5、关注节能减排目标的实现。节能减排是国家“十一五”规划的重点要求，应重点审计企业落实国家节能减排相关政策、采取的相应措施及取得的实际效果；关注企业能源消耗和污染物排放统计上报数据的真实性，节能减排目标的阶段性完成情况，以及监督管理方面存在的问题；揭示因决策失误造成资金和能源浪费、偷排偷放造成环境污染等重大违法违规问题；运用计算机审计技术对能源消费、环保统计、在线监测数据等进行分析，提出有利于国家节能减排政策制定和执行、企业各项措施的贯彻落实、各级相关部门监督执法等方面的审计对策和建议。同时要结合政府组织开展的排污情况普查，对当地高耗能、高污染、高排放企业进行排查，掌握有关企业基本情况。将当地煤炭、水泥、电力、化工、医药、造纸等涉及政府节能减排资金安排的企业，根据审计管辖权限纳入节能减排审计监督范围。重点审计用于改造高耗能、高污染、高排放的专项资金，是否按要求全部用于节能减排项目，需要配套的资金是否到位，已投入的资金使用效果是否达到预期目标等。 世界环保理念的发展，经历了从“末端治理”、“生产过程技术控制”到“源头防范”三个阶段。长期以来，我国对资源环境的保护和治理实施“末端治理”，在构建环境审计管理体系过程中，要贯彻事前掌控的理念，避免环境审计的滞后性，建立事前的环境审计。审计必须在项目立项之前介入，先评估、分析和判断该区域的环境承载能力，从而对该区域的建设项目进行预先甄别和筛选，淘汰不适合当地情况的项目，避免走“先污染后治理”的老路，通过对环境风险进行评估，对环境治理防患于未然。
