长期以来，最高审计机关一直积极地拥护和支持对各类腐败行为进行打击。1998年在乌拉圭蒙得维的亚举行的第十六届世界审计组织大会的主题，就是最高审计机关在预防和调查腐败这一领域的任务。世界审计组织现行的《2005-2010战略规划》也明确表示，最高审计机关有责任帮助其所在国政府打击腐败行为。 作为审计工作的一部分，最高审计机关实际上也在努力预防并且遏制腐败的发生。根据蒙得维的亚大会的建议，最高审计机关应该鼓励政府部门加强其内部控制系统、增强工作人员对贿赂的抵御能力、密切监控有可能发生腐败行为的领域。在很多国家，根据反腐败法律或者规章的规定，最高审计机关有权来审计这些法规是否被正确地履行。最高审计机关可以检查每笔付款是否有两个以上的人员审核；在政府采购的过程中是否遵循需求分析、计划、合同签署、账目和结算严格分离的原则；工作人员在某些领域（比如采购、工程和专利权）发生腐败的倾向是否有所扭转。如果没有制定相应的反腐败法规或者没有严格履行相关法规，最高审计机关可以指出因为法律缺陷有可能对政府造成的损失，并且可以倡议采取相应的反腐败措施。 但是，与上述所做工作相比，调查腐败的难度则要大得多。因此，很多最高审计机关很难从调查这个层面来打击腐败。蒙得维的亚世界审计组织大会上也提出了相应的议题。有些审计机关甚至警告说在这个领域不要过于激进。 在最近举行的一个有关最高审计机关的任务和责任的研讨会上，有些人公开宣称打击腐败并不是最高审计机关所固有的任务。有人争辩说对腐败行为进行审计，会影响最高审计机关和被审计单位之间的相互信任。如果知道审计将和调查腐败相关联，会促使被审计单位采取防御的姿态，并且破坏最高审计机关和被审计单位之间的合作——恰恰是这种基于相互信任的合作关系，是审计工作取得成功的不可或缺的先决条件。 在这次研讨会上，还有人指出，根据最高审计机关的职权范围，其对相关文档的检查应当仅限于政府部门的文件和记录。一般来说，最高审计机关是不允许对个人或者私营企业进行审计调查的。有些与会者认为，最高审计机关参与这些活动是阻碍——而不是帮助——那些调查腐败措施的有效实施。他们认为，只有检察机关才被赋予权力对公共和私营机构进行调查，对于打击腐败来说，他们有着更好的配备，因此处在一个更好的位置上来开展这些工作。他们还列举了OLAF（欧盟反腐败办公室）和马来西亚反腐败机构这类机构的例子。很多国家设立了专门打击腐败的机构，他们对于查处腐败更有优势。 但是这些论调和世界审计组织最初成立时的初衷是相违背的，而且也是无法得到公众的支持的。纳税人当然会疑惑，为什么最高审计机关拿着纳税人的钱，却不知出于何种原因，不把审计的目标指向查处腐败案件呢？毕竟，与最高审计机关在其审计报告中通常关注的违反经济法律或者违背经济原则的行为相比，腐败对于国民经济来说要更加有害、也更危险。无论在哪个领域内纳税人的钱会面临风险或遭受损失，纳税人就期望最高审计机关能够在那个领域内有所作为。 这种论调对最高审计机关来说也是相当有害的。如果他们不愿涉足这一重要并且极具价值的审计领域，他们就会面临着充当局外人的风险。对于有效地打击腐败行为来说，设立专职机构仅仅是第一步。 之所以会有这种观点，是因为有人害怕最高审计机关对腐败的审计很难取得成果。针对腐败调查的审计通常都无法得到切实的结果，这会影响最高审计机关的良好声誉。 诚然，针对腐败调查的审计不是一个简单的任务。如果审计人员的准备不够充分，就会导致审计项目的失败。腐败案件的犯罪分子越来越狡猾，他们熟知如何掩盖他们的犯罪行为。因此要识别和利用涉嫌腐败的任何征兆和线索，是非常困难的。 只有当审计人员充分了解腐败的本质、认清腐败滋生的环境并且在发现线索之后掌握正确的调查方向，才能成功地对腐败进行审计。审计人员要时刻牢记，不管发生错误的程度有多么小，都不能忽略腐败发生的可能性；另一条重要的准则就是：要严格按照程序，一步一步地落实调查线索，如果事情被搞清楚了就要立即排除疑点。 下面这个案例可以更好地解释这一点： 在一次对某个政府部门的采购流程进行的审计当中，审计人员调查一个该部门与造纸商签订的、为其下属机构提供纸制品的长期供货合同。但是调查发现，合同约定的数量要少于实际交付的数量。此外，合同签订后不久，这个政府部门就进行了改组，使得实际需要用纸的单位要远远少于当时合同规定的单位数量。这两种情况都增加了造纸商的利润，因为合同的协议价格是基于较少的用纸量和较多的用纸部门。 审计人员后续进行的问询表明，在合同签订的时候，就已经有人知道实际的用纸量要高于合同数量以及机构要重组的消息。 随后审计人员通过与负责草拟合同的工作人员面谈和进一步的调查后得知： 一个负责招标的工作人员向造纸商提供了他所掌握的有关用纸数量和用纸机构数量的信息，他索要销售额的1%作为回报。因为可以获取更多的利润，这家造纸商接受了这个提议。
