与财务审计相比，绩效审计的本质与其说是审计，不如说是一种调查研究，是对被审计单位管理状况、绩效高低、原因、如何改进等问题的深入研究和探讨。因此较早进行绩效审计的北欧国家提出绩效审计应使用调查研究的方法。 不过，我国目前尚处于绩效审计的初级阶段。实践中的效益审计大多是合法性审计、真实性审计及绩效审计结合起来的综合审计。因此传统的审计方法仍是常用的，同时增加了一些绩效审计的方法，我们这里只列举一些最常用的方法。 一、对各类材料的研究性阅读 除要研究财务资料外，还要查阅和研究相关的统计报告、官方报告和被审计单位内部的相关文件资料。在对各类材料的研究性阅读中一方面可以较快和较全面地了解所审计的项目，另一方面也可以留心从中寻找一切我们可以利用的资料和数据——因为取自他们的文件、资料和数据对他们来说具有不可辨驳性，可以起到“以子之矛攻子之盾”的作用。比如在对南京第二大桥公园（以下简称二桥公园）效益审计中我们报告里引用的绝大部分数据和资料都是从被审单位提供的工程及相关案卷资料中摘录的。 再比如，南水北调治污审计是个典型的绩效审计项目，需要较全面和深入地了解与环保、尤其是河流治污有关的业务，本来我们完全是外行，现在不仅要了解它们、熟悉它们，还要能挑出它们的毛病来，而且是在业务领域而不是财务领域，因此研究性阅读的工作量相当大。且所阅读的对象不仅是《治污规划》这样的文字资料，还有大量的数据资料——必须弄清各种检测指标的意义和检测结果的意义。在这过程中下面这个方法也是我们常用的，且是非常有力的一个方法。 二、对比分析 现代绩效审计发展的一个中心思想就是将审计视为一项研究工程，该工程关注较为广泛的交叉性课题，并获得对公共行为运行机制的深刻认识。在这过程中就常常需要对多个单位进行研究和对比分析。 比如对二桥公园的审计，如果仅仅掌握这一家公园的数据其实是很难说明问题的，审计人员将二桥公园与各方面条件较为接近的两个公园进行对比，只有在比较中许多指标才能显现出明确的意义，也只有在比较中才能衡量出它各方面所达到的真实水准。 又比如在南水北调东线治污项目审计中，对省水利部门、省环保部门以及淮委三家的数据进行分析，将分析结果相互对比，这样矛盾就出来了，问题也出来了。环保部门的监测结果反映，3年来南水北调江苏段水质达标率在42%至73%之间波动，且沿线水质逐年好转，而淮委和江苏水利部门水质指标监测结果反映，3年来南水北调江苏段水质达标率在35-53%之间波动，且没有逐年明显提高的趋势，部分时期反而有所下降。比如2007年的水质达标率低于2005和2006年的水平。但这个对比的工作量是非常大的，先要弄清楚为了达到目标需要哪些资料，接着是搜集资料、整理资料和分析资料……每一个环节的工作量都不小，每个部门的资料都是厚厚一摞，在最终的分析资料环节，为了得出我们自己的结论，先后制作了60多张分析对比表…… 三、利用专家及社会力量 审计部门可以聘请外部专家作为顾问或短期雇佣一些人员协助工作。这是效益审计的一个趋势，就是向外部专家进行咨询的越来越多。这是因为效益审计的涉及面广，审计人员知识广博自然更好，但无论如何不可能行行精通，为审计部门配备园林、环保、教育、医学……甚至核电等各类专家既不可能也无必要。审计人员在遇到过于专业的问题时只要知道向谁和怎样寻求帮助就可以了。我们在这次审计中就曾向园林局、环保局等专业部门咨询求教。南水北调审计中更是和有关专家广泛接触，不仅是开了好几个座谈会，审计中遇到问题都会随时沟通，有时是和不同部门的专家反复沟通，因为他们对问题的认识可能也有不同，说法也不一定完全一致，但正是在这样广泛的沟通中、在对各种不同观点、意见的听取、判断和甄别中，会形成更接近事实本来面目的认识。 英国审计署是向专家咨询最多的，他们发布的大部分审计报告都咨询了外部专家的意见。但同时，就像最高审计机关国际组织(INTOSAI)编写的《绩效审计实施指南》中提醒我们的，要“特别谨慎地使用专家”，因为“尽管绩效审计人员可以把专家的工作当成证据使用，审计人员仍然保持对审计报告中的结论负全部责任。” 四、实地考察 审计人员要到被审计单位的工作场所或审计事项发生的现场进行实地察看，以了解有关活动的运转状况，了解现场员工的想法，并将其与通过其他方法获取的信息进行对比。比如在二桥公园效益审计中审计人员就多次到现场考察，亲身感受到公园设计的美、施工的好，同时也真切地体验了公园所在地污染的严重、公园本身的冷清和种种颓败的迹象。而这些亲身的感受可以使审计人员对所审计的项目有更加感性和深刻的认识，并促使审计人员思考。 南水北调审计中有一个小的专题是对一个已完工项目——大运河船舶污染治理情况的审计，这个项目是为了减少京杭运河徐州至扬州段（以下简称徐扬段）船舶垃圾和油废水排放量，改善南水北调东线工程的调水水质和京杭运河徐扬段的水环境质量，提升沿线居民生活环境质量。主要建设内容是依托现有的固定加油站点建设船舶油废水回收站43个，依托船闸上下游远调站，辅以部分港口，建设船舶垃圾收集站21个，并全面推进京杭运河船型标准化工程，使得到2010年江苏省航行于京杭运河的标准化船舶达到80%以上。对于这样一个项目，要检查它的完成情况实地考察显得尤其重要。因此我们专门组成了一个两人小组一路沿大运河北上。一路上发现：船舶垃圾收集站均未使用，有的甚至有人住在里面；有的船舶油废水回收站直接将含油废水排入运河；运河上有的渡口仍使用被禁止的挂浆机船作为渡船；船民们仍然习惯于将生活垃圾直接倒入水中……这些情况如果不是通过实地考察的方法是很难发现的。
