（一）内控制度评审 重点关注科研经费内部控制的建立和完善。通过分析性复核和实质性复核，围绕高校是否根据国家有关规定、结合学校实际建立健全了有效可操作的科研经费支出、成本核算、科研成果社会效益和经济效益考核评价等管理制度，学校科研、财务等部门及项目负责人在科研经费管理中的职责和权限是否明确、管理是否科学、执行情况如何，是否存在因制度缺陷、执行不力造成的科研经费使用过程中损失浪费、闲置沉淀、侵吞私分等现象，对科研经费内控制度的健全、有效性进行评价，以促进高校管理层健全制度，堵塞或减少因内控不严造成的问题。 （二）真实性合法性评审 目前形势下，反映高校科研经费使用情况的信息资料还存在一定程度的失真，科研经费支出的合法性方面也还存在一定问题，这就决定了高校开展科研经费审计只能从实际出发，首先将真实合法性审计作为其组成内容。主要关注以下几点： 一是关注与科研活动无关的支出。诸如文化用品、日用品、礼品等支出，这是一项极其繁琐但很有必要的工作，要得到财务部门的支持，要求项目报账时提供实物明细。这样工作宜采用详细审计，不能抽查，因为高校科研项目支出数据量不会很大，所以详细审计是可行的，这样能保证数据的真实准确。 二是关注劳务费的支出。通过审查项目合同书中所列人员名单，并通过向有关当事人及其所在科室知情人调查取证，判断劳务费支出是否属实，有无编造假名单套取劳务费，以及偷逃个人所得税的情况。另据教育部教财[2005]11号文件中“人员经费、业务费等其他各项支出，各高校应根据科研项目管理办法或项目合同的要求据实列支，不得预提”的规定，审查有无从科研经费中预提费用私自掌握脱离财务监督的情况。 三是关注用科研经费购买固定资产的管理。按照有关规定，凡使用科研经费购置的固定资产均属于学校的固定资产，必须纳入学校资产统一管理。审查有无用科研经费购买的固定资产却未计入学校资产账、未办理资产登记和领用手续，被个人长期占有的情况。 四是关注科研经费转拨及余额的管理。审查经费转拨批件、项目合同、协作单位的合法有效财务凭据、学校科研部门和财务部门审批和其他必要的资料，判断有无借协作科研之名，将科研经费挪作他用，或转入与项目负责人有直接经济利益关系的关联单位，有无将款项转入非协作单位或个人的银行账户情况。结余经费审计主要关注是否存在科研项目结题不结账，仍然报销与本课题无关的费用，导致科研经费闲置沉淀、效益丧失、影响科研项目实际成本的正确计算等情况。 五是关注侵吞科研经费的违法行为。审查有无用虚假发票或与科研无关发票套取科研经费；有无以自己亲属名义或假造工资单在科研组领取劳务费；有无以家庭消费发票在科研组报销；有无以发奖金形式直接将科研经费发给科研人员；有无购车或者购买其有无挪用科研经费用于私人购房、其他固定资产等行为。 （三）效益性评审 高校内部科研经费效益审计是指高校内部审计部门对学校科研经费使用情况及其经济活动的效益性进行检查和评价，确定其经济性、效率性和效果性，作出审计结论，并提出审计建议，以促进高校科研经费使用效益的提高。主要是确定效益审计的内容和指标评价体系。效益审计的内容主要有科研成本和科研成果回报情况两大块，如果进行进一步分解，成本中含项目管理费、人员费、业务费，计算各种费用所占总成本的比例，判断科研成本结构是否合理；对用科研经费购置的固定资产使用过程中的安全完整、利用效率和使用效果进行评价；科研经费投入的成果回报情况含科研成果推广应用、转化转让情况、科研论文的发表数量及级别、科研成果的获奖情况等。效益审计的评价指标主要有：各项支出占总支出的比率、人员支出与公用支出的比率、前期与本期各项收支指标的对比比率、资产负债率等，根据科研计划、财务决算报表、统计数据和其他有关资料，对科研经费效益情况进行分析和研究，揭示存在的问题，让科研经费更好地为学校发展服务。
