1.把查处违法违纪行为作为部门预算执行审计的重点。 审计重点内容包括：编报虚假预算、虚报冒领预算资金问题；利用职权，隐瞒转移、挤占挪用财政资金，为本部门或单位谋取利益问题；私存私放资金，滥支滥用问题；违反政策和规定建设楼堂馆所，违规发放工资外津贴补贴；违反“收支两条线”规定，违规收费及截留、坐支非税收入问题；因管理不善、决策失误，造成国有资产重大损失浪费问题；大量滞留、闲置财政资金，影响资金使用效益问题。审查部门预算是否将应纳入预算管理的单位和资金纳入了部门预算管理，是否存在结余资金未纳入部门预算统筹安排；部门预算的编报是否存在项目安排缺乏科学论证规划，项目支出预算脱离实际，项目支出脱离项目支出预期目标。在此基础上，进一步深化一级预算单位审计，加强对重点二、三级单位的审计，促进部门加强和改进管理，使一级单位预算管理基本达到规范，二、三级单位违法违规问题明显下降。 2.把促进部门自查自纠、整改提高作为审计工作的出发点。 履行审计职责，最重要的是要揭露违法违规问题，维护国家利益。在现阶段的审计力量还有限，解决财经领域的违法违规问题，还需要社会各界齐抓共管，包括发挥被审计单位的作用。而对被审计单位来说，有问题不要紧，关键是要采取正确的积极的态度，不护短，不袒护，对存在的问题主动去查找、主动进行纠正、主动进行整改，并分析产生问题的原因，制定严格的规章制度，达到提高管理水平的目的，这才是治本的办法。促进被审计单位整改提高，不是一句空话，需要我们在开展部门预算执行审计的时候转变观念，把揭露问题与促进整改结合起来，一方面通过审计揭露重大违法违纪问题；另一方面，要通过审计，调动被审计单位的积极性，促进被审计单位自查自纠、整改落实，促进被审计单位提高自身管理水平，促进提高工作效率和财政资金的使用效益。 3.把促进部门加强内部财务管理，促进部门依法理财和依法行政作为一项基本的审计内容。 加强机关内部管理，尤其是内部财务管理，对于提高机关管理水平，推动机关工作健康发展具有重要意义。同时，这也是从根本上有效地防止各种违纪问题，维护财经纪律，促进机关廉政建设的重要保障。当前，一些部门内部管理松懈、财务管理薄弱、会计信息不真实、会计核算不规范、不依法办事、不按制度办事的现象时有发生。在部门预算执行中，要把管理问题作为审计的重要内容，推进管理审计。要注意检查内部控制制度是否健全有效，政策法规和财经制度的执行是否到位，会计核算是否按制度和规范要求执行，是否存在有制度不执行、执行制度不严格的问题。通过审计，促进部门加强内部财务管理，严格执行制度，依法理财，依法行政。要重点检查会计基础工作是否健全，会计记录和财务核算、往来账款和关联交易是否真实合法的问题；检查部门是否根据年度工作计划，预计年度资金需要量，科学编报预算；是否严格执行预算，做到专款专用；是否加强项目规划和管理，避免预算资金闲置，努力提高预算资金使用效益；是否建立了行之有效的财务管理方法，加强行政成本控制，提高行政效能；是否推行民主理财制度，实行财务公开；重大开支项目，是否经过领导班子集体讨论决定；基建工程规定实行招标的，是否实行招标；物资设备规定实行政府采购的，是否实行了政府采购等。 4.把监督财政收支的真实、合法性审计与效益审计结合起来，积极推进效益审计。 效益审计是现代审计发展的趋势，在我国还处于起步阶段。目前，我国的效益审计还没有统一的标准和定式，没有成型的方法。尤其是在部门预算管理中的会计信息的真实合法性还没有完全得到解决，社会对审计机关查处违法违纪问题仍抱有很高期望值的情况下，开展效益审计要注意与真实合法审计相结合，不能将二者割裂开来。要在开展以真实合法性为主要目标的财务审计的基础上，增加一些管理和效益方面的分析成分，评价公共支出的效益性、效率性和效果性，提出完善制度、加强管理、提高公共支出的使用效益和使用效率的建议，稳步推进部门公共支出的效益审计。当前开展效益审计，要以专项审计调查为主要方式，以揭示部门决策失误、损失浪费问题为主要内容，以促进提高公共资金的使用效益、减少损失浪费、节省资源和保护环境为主要目标。同时，要关注部门行政效能问题，结合建立问责制度，选择特定项目，探索开展好部门行政绩效的评估，从而促进部门依法履行职责，管好用好财政资金，减少预算编制的随意性，增强预算执行的刚性，提高预算管理水平和资金的使用效益，实现社会行政效果的最大化。 5.把对审计情况的综合分析作为提高审计质量、扩大审计成果的一项重要措施来抓。 当前，部门预算管理中存在问题的根源在于体制不完善、制度不健全、管理不规范以及改革不到位，需要通过不断深化改革、加强管理逐步加以解决。从近年来的审计情况看，审计查出的问题带有一定的普遍性，有的问题还反复出现，甚至屡查屡犯。这些现象的存在，反映出我国行政管理体制尤其是财税管理体制上存在一些深层次的问题。因此，部门预算执行审计需要在揭露问题的基础上，站在全局的角度，在宏观的层面，从完善体制机制、健全法规制度和促进规范管理的高度分析原因，揭示审计发现的带有普遍性的突出问题，实事求是地分析产生问题的主客观原因，有针对性地提出建议，推动预算管理逐步走向制度化，规范化和科学化。在部门预算执行审计结束后，要根据审计查出的结果，运用数据、事例和部门预算指标对部门预算的完整性、规范性和总体执行情况、审计查出的重点问题进行综合分析和总体评价，并认真研究相关的政策法规，提出加强财政预算管理和规范部门预算执行的建议。综合分析可以从五个方面进行：一是对重大违法违规、经济犯罪和腐败问题进行分析；二是对违反国家宏观调控政策措施的重大问题进行分析；三是对失职渎职等造成严重损失浪费的问题进行分析；四是对严重侵害人民群众切身利益的问题进行分析；五是对体制、制度、管理等方面的问题进行分析。通过对审计情况的综合分析，从而达到提高审计质量，扩大审计成果，为有关部门宏观决策服务。
