为了解决重复审计的问题，有的人主张要“探索国家审计机关和社会审计组织联合审计的方式。在某些特定的条件下，比如审计时间一致、审计内容基本相同的情况下，国家审计机关和社会审计组织可以联合开展审计。在不影响各自独立性的条件下，协同实施审计，共享审计成果，审计完成后分别出具审计报告。” 我们认为，这不是解决重复审计的好办法。既然是重复审计就应当弄清到底由谁审计更有利，从而明确应当由谁审计，从根本上避免重复审计问题。用联合审计办法解决政府审计与独立审计的重复问题，至少会产生如下问题：(1)混淆联合审计双方的责任，不利于保证质量，提高审计效率，甚至会产生相互扯皮问题。(2)联合审计双方主次难分，使协调双方审计难以进行，使独立审计工作量和审计收费难以确定，会为审计机关寻租或独立审计组织不平等竞争埋下祸根。(3)不能真正联合审计，就不能从根本上解决审计工作重复问题；要真正联合审计，双方就不能做到真正相互独立。这是一个两难的选择。因此，我们主张，重复审计业务应当明确由一方进行审计，另一方进行不同目的的相关审计业务是可以利用实施审计方的审计成果。即合理分工，并相互利用审计成果是解决审计重复、提高审计效率的最好办法。 当前政府审计与社会审计容易发生审计重复的领域主要在国有控股或主导企业（以下简称国有控股企业）的审计。解决目前存在的重复审计问题，根本上还是要合理划分政府审计与独立审计有关国有控股企业审计的职责。在国企改制和国家实行新的国企监管体制的情况下，政府审计对国有控股企业的审计职责应当作出如下调整： 首先，政府审计机关应当保留下列职责：(1)接受本级党委组织、纪检部门及本级政府监察、人事、国资委等部门的委托，对党委任命的国有控股企业领导人员进行经济责任审计。党管干部是坚持党的领导的一项根本原则。尽管党和政府把国有控股企业领导人员从干部队伍中分离出来了，不再称为“干部”，但实际上，各级党委依然掌管着重要国有控股企业主要领导人员的任免权。因此，国有控股企业领导人员的任免大部分仍属于党政行为，对这部分人的经济责任审计也应当是党政行为，不宜由独立审计组织来进行，只能由政府审计机关来进行。(2)有重点地开展政府对国有控股企业投资的绩效审计。虽然我们正在建设的公共财政体系，要求政府逐步减少对企业的投资，并且国家投资要逐步从竞争性领域中退出来。但是，关系国计民生和国家安全的国有控股企业仍将保留，并且要管理好，适当的时候政府仍可能对其追加投资。为了保证国有资产的安全、完整和保值、增值，防止国有资产流失，政府审计机关应当有重点地对国有控股企业中的国家投资的绩效进行审计。这是政府支出绩效审计的重要组成部分。它不同于企业资产、负债和损益审计，它需要更多地考虑国家利益和长远利益，面临更多的不确定性，需要更多的审计分析和判断，审计质量较难衡量和控制，因而，不宜由独立审计组织来执行，应当由政府审计机关来执行。(3)对国企改制、重组和破产等国有资产的产权交易事项进行审计监督。国企的改组、重组、破产等重大产权交易，应当得到同级政府或人大的审批。为了保证政府或人大审批所依据的资料是真实、完整的，以便作出正确的审批，政府审计机关就应当对重大国有产权交易进行审查，为政府或人大的审批提供可靠依据，防止国有资产流失。 其次，政府审计机关应当拓展对国有控股企业的出资人组织——国资委的审计监督。在新的国有资产监管体制中，虽然国资委不属于行政机关、国有事业单位，但是，国资委接受本级政府的委托，承担着国有控股企业出资人的职责，使用着国有资金，因此，其职责履行的是否合法、是否充分、是否有效，就需要由政府审计机关进行审计评价。在政府与国资委的委托代理关系中，同样存在信息不对称的问题，同样可能存在逆向选择和道德风险。为了防止国资委及其员工出现逆向选择和道德风险问题，尽可能使其与政府之间信息对称起来，审计机关应对国资委实施审计监督，并向政府进行及时、如实的报告，这是非常必要的。国资委拥有管人、管事、管资产的权力，但又只是所管国有企业的出资人代表，必须严格按照两权分离的原则行使出资人的职权。为了加强对国资委权力的制约，防止其利用权力进行贪污受贿和寻租，防止其越权干预国企的生产经营活动，防止其与所属国企管理者串通一气损害国家利益，也需要政府审计机关对国资委进行审计监督。 最后，政府审计机关应当退出下列职责：(1)国有控股企业的财务报表的审计或称资产、负债、权益审计。国资委应当以出资人的身份负责聘请社会审计组织和注册会计师对所属国有控股企业进行年度报表审计和改制、改组、融资等特殊目的的财务报表审计。这是国资委作为出资人所应有的职责，是完善国企公司治理结构，使国企成为真实市场竞争主体所要求的，是有关公司法律法规和投资、融资市场法律法规所要求的，也是市场经济发达国家通行的做法。(2)国有控股企业通过市场化和社会化方法选聘的企业领导人员的任期经济责任审计。由于通过市场化和社会化方法选聘的国企领导人员是职业经理人，本质上不属于国家领导干部，因此，不能由政府审计机关对其职责履行情况进行审计和评价，应当由国资委通过市场化的方法聘请独立性较高的独立审计组织来进行这种审计评价，评价结论才是权威的，被审计人员及有关各方才能接受。 有的人主张国有控股企业审计权应当由政府审计机关独占，反对由国资委来委托独立审计组织执行国有控股企业的财务报表审计。他们的理由是：“由于现在社会诚信环境较差，会计师事务所缺乏长期观念，短期经济利益的驱动促使违背职业道德和原则；中介机构数量多，同行恶性竞争；再加上国有企业的法人治理结构不健全，未发挥有效的权力制衡作用，存在‘内部人控制’问题，企业总经理等负责人可能要求事务所服务的就是欺骗股东、偷漏税收，审计仅是为应付行政法规的例行要求。审计委托和付费者不是股东，而是企业经营者，拿谁的钱，易按谁的意愿办事。委托业务需求本身缺乏强调审计真实性的内在动机。”
