（一）查阅收费文件和收费许可证，审查收费收入的合法性 审计时，应首先要求被审计单位提供经物价部门核准的收费许可证和经过批准的收费文件，检查其所列收费项目和收费标准是否合法，看执收单位执行的是不是最新的收费文件，收费许可证执行的收费标准与收费文件规定的收费标准是否一致，收费许可证是否按要求接受了物价部门的年检。然后将收费许可证和收费文件所列项目与收费收入明细账核对，查看是否存在自立收费项目收费、搭车收费、对已取消的收费项目继续收费的问题。2006年某高校继续收取已明令取消的“专科复读费”就是典型案例。 （二）抽查收费票据，审查票据使用的合法性和收入的真实性 收费票据使用的真实性、合规性是审计行政事业收费的重要环节。审计时，要首先查看执收单位收费时是否按规定使用了由财政部门统一印制的收费票据，已使用过的票据是否完整无缺，并由专人负责管理。同时对票据的领、用、销、存管理情况与财政部门登记备案的情况进行核对，一看被审计单位提供的票据与财政部门登记的情况是否一致，有无隐匿或丢失票据情况，二看使用的票据存根是否连号，有无短缺页，三看收费明细账和发票存根是否相符，审查有无大头小尾票据。还要有针对性地抽查核对部分收费票据，具体从以下几方面着手：一要核对收费票据金额汇总与财政专户（国库）备查账上的相关内容是否一致，看其上报收入是否真实准确，收费资金是否及时足额缴交，有无存在瞒报收入、截留资金的现象；二要抽查核对票据上所列的收费项目和收费标准与收费许可证是否一致，审查是否存在提高或降低标准、超范围、重复收费现象，有无未经同级财政部门批准借故缓收、减收、免收应收的行为。 （三）检查银行账户，审查“收支两条线”管理规定的执行情况 根据财政“收支两条线”管理规定要求，行政事业性收费收入都应当及时、足额缴入财政专户（国库）管理，支出按财政部门批准的计划统筹安排，不得隐瞒、截留和随意使用。审计在对收费票据、收入明细账等项目进行审查核对的基础上，还要进一步检查被审计单位的银行账户和银行存款日记账。首先查看收费时是否执行了“单位开票、银行代收、财政统管”的管理制度，将各项收入按规定及时、足额上缴同级财政专户（国库）；一定要查清单位在银行所开设户头情况，通过对银行账户进行逐笔检查，察看资金的来源、用途和去向，审查有无未经财政部门批准多头开户，私存私放预算外资金，套取资金挪做未经有关部门审批项目使用的问题。 （四）区分收费票据与收款收据，关注往来账款的期间发生额，审查收费收入的完整性 将应当在收入和支出中核算的项目，作为往来款项列收列支，把往来款项作为“蓄水池”，是行政事业单位审计中常见的违规行为之一。有的执收单位混淆收费票据与行政事业单位收款收据使用范围，将应为行政事业单位收费票据的项目用收款收据开具，并根据需要随意填列资金名目，把收费收入挂在往来账上列收列支，从而达到隐藏收入、逃避监督的目的。如，2006年某协会就以“资料费”的名义收取会员单位管理费二十多万元。这不仅影响了收入的完整性，而且支出也多为违规支出。审计时，既要关注往来账款的期末余额，也要重视往来账款的期间发生额，通过审查往来明细账和调阅相关凭证，进一步核实往来账款的资金性质，发现和反映隐瞒收入、违规支出的问题。 （五）通过内查外调、多方走访的方法，核实违规收费的情况 向缴款单位和个人收取费用时，直接收取现金而不出具任何有效单据，也是一些行政事业单位隐瞒收入、形成账外资金的重要方式。如：自2004年以来全国各地就不断有群众举报的一些地方公安机关在换发第二代居民身份证工作中违反国家规定借“照相费”名义乱收费的问题。由于有些收费项目主要面向公众，执收单位收费时就不出具任何单据，收取的费用直接作为“小金库”进行管理，审计人员很难通过账、表、凭证等正常审计程序发现问题。对于这种情况，就要通过个别访谈和内查外调的方式了解真实的收费情况，对于收费金额小但收费面比较大的情况，可以通过随机走访不同时间一定比例收费对象的办法进行了解；对于收费金额比较大但收费对象比较集中的情况，可以采用直接延伸收费对象的办法，直接取得第一手资料。
