近年来，在新农村建设中，财政投入大量资金实施土地治理和产业化经营等农业综合开发项目。把握农业综合开发项目审计重点，保证资金安全运行和有效使用，促进项目顺利实施，是国家审计机关应尽的责任。 1.审计项目计划。农业综合开发项目能否顺利实施主要取决于项目计划是否科学、合理、实事求是，因此，审计时要查看农业综合开发项目档案资料，关注项目前期准备、申报、批复、设计、施工、验收等各环节是否严格按照《国家农业综合开发项目管理办法》的规定运作，程序是否到位，手续是否齐全，计划项目是否按国家规定的建设标准如期建成。根据项目区实际情况，分析其立项的准确性、方案的科学性、建设的必要性和投资的效益性。 2.审计资金来源，审查配套资金是否足额及时到位。农业开发项目资金来源于上级财政拨入、地方财政配套和项目区农民自筹三个方面。一般中央、省级财政资金到位比较及时，而地方财政配套资金，由于受当地财力限制，往往不能及时足额到位。农民自筹投资、投劳、投物也有一定出入。因此，审计时要特别关注资金配套到位情况，在审查农业综合开发办公室账面资金到位情况的同时，顺着资金的走向，跟踪检查到资金末端，看配套资金是否存在抽回的情况。对农民自筹资金投入部分，要深入项目区内，走访群众，查看原始记录，详细审查农民投资、投物、投劳的真实性。 3.审计资金使用，审查有无截留、挪用、转移项目资金等违纪行为。截留、挪用或转移项目资金、投资额虚假、提高开发成本、变相收取承包费或管理费的问题在农业综合开发项目中时有发生，由于操作隐蔽，审计难度较大，因此，审查农业综合开发办公室及项目区建设单位的财务收支的同时，要进一步延伸审计工程施工单位和项目参与单位的财务收支情况，追查项目资金是否被挤占、挪用和截留。 4.审计施工过程，审查工程项目建设质量是否符合要求。首先审查项目是否按照《国家农业综合开发资金和项目管理办法》规定，实行项目法人责任制、投标招标制、工程监理制、项目公示制。土地治理项目主要单项工程的勘察设计、施工、监理、主要设备和材料的采购，是否实行公开招标。主要单项工程的施工，是否由具备相应资质或能力的单位进行监理。农业综合开发财政资金及农村集体、农民自筹资金使用情况，项目建设主要内容，是否公示。其次，审查项目是否严格按照批准的项目计划实施，有无擅自调整项目建设地点、建设单位、建设内容、投资额度以及项目计划的问题。第三，审查项目工程量是否严格按照施工图纸进行，工程价格是否严格执行工程预算，超预算部分有无原始资料佐证，通过账面审查确认工程量及其价格的真实性。第四，做好账面审计的同时，要进行项目现场勘查，重点检查项目是否按计划完成，是否存在以旧项目或其他农业项目顶替新项目的情况，是否存在偷工减料以次充好的现象。最后，审查项目监管情况，看农发机构在项目实施过程中是否加强了管理和监督，有无定期检查或专项检查情况记录，发现问题是否及时纠正。 5.审计项目建成后的管理，审查农业综合开发项目能否长期发挥效益。农业综合开发项目是一个系统工程，既有经济效益又有社会效益，既有短期效益又有长期效益，效益发挥的好坏重在建成后的管理。因此，项目建成后的管理也是审计的重点。第一，审查农业综合开发项目竣工验收后，是否明确管护主体，及时办理移交手续。第二，审查管护主体是否建立健全各项运行管护制度，确保项目正常运转，长期发挥效益。第三，审查农业综合开发项目区是否按照“谁受益谁负担”、“以工程养工程”的原则筹集项目运行管护费用，是否建立了自主管理灌排区的投资、养护管理机制，通过拍卖、租赁、承包等方式对形成的资产实行了有效管理。第四，审查农发机构是否做好后期项目监测评价工作。
