一是资金到位情况。以水库为例。水利项目主要有防洪、灌溉、发电等功能，在下达投资概算时，防洪、灌溉功能投资一般由中央、市、县三级财政投入，发电功能投资由企业自筹。而实际上经常出现县级财政配套资金和企业自筹资金不到位情况，审计应查明其配套资金不到位的原因，配套资金不到位对工程建设的影响程度，没有到位的资金还能否到位。 二是招投标情况。水利工程项目除了遵守《中华人民共和国招标投标法》外，还要遵守《水利工程建设项目招标投标管理规定》。水利工程建设项目凡是使用国有资金投资或者国家融资的项目，其总投资额在3000万元以上，或单项施工合同金额在200万元以上，或单项设备、材料等货物采购合同金额在100万元以上，或单项勘察设计、监理等服务合同金额在50万元以上的。都必须招标。审计时应检查其有无逃避招标、虚假招标、招标不规范等情况。 三是移民安置情况。水利工程项目既有大坝、水渠、电站等建设占地移民，又有库区淹没移民，移民人数较多，移民投资较大。移民安置补偿应执行的标准为：小型水利工程执行《重庆市土地管理规定》（市政府53号令）和《重庆市征地补偿安置办法》（市政府55号令）；大中型水利工程执行国务院《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》，其中1991年1月至2006年8月开工的项目执行国务院74号令。2006年9月1日后开工的项目执行国务院471号令。在水利工程建设中，移民工作一般都由县级人民政府组织实施，实施地政府都出台了相应的移民安置补偿办法。实际上由于地方配套资金和自筹资金不到位，往往出现移民安置不到位情况。因此审计时应重点审查2个方面，一是当地出台的移民安置补偿办法与上级规定是否相符，有无降低补偿标准，损害移民利益情况；二是当地出台的移民安置补偿办法是否得到落实，移民是否安稳。 四是建设单位管理费支出的合规性。水利工程项目建设单位管理费超概现象比较普遍，超概的原因是多方面的，既有业主单位主观的原因，也有水利项目工期长、地处偏远山区、交通不便等客观原因，还有投资概算编制方面的原因。审计时不能简单地将超概算部分剔除了事，应审查其支出的内容、标准是否合规，有无其他项目开支挤入本项目等情况。 五是核实重点单项工程造价的真实性。由于水利工程建设期长，单项工程数量很多，审计时不可能对所有单项工程的造价都进行核实，要善于运用宏观判断的方法抓住重点。例如，首先分析本工程拦河大坝每立方米造价多少？发电机每千瓦造价多少？渠系工程每公里造价多少？其次查询同期其他相似工程的单位造价又是多少？然后比较本工程与相似工程单位造价的差异，并分析产生差异的原因。最后选择那些单位造价差异较大又无正当原因的单项工程作为审计重点。 六是尾工工程造价。许多水利工程项目，都是以“防洪、灌溉、解决人畜饮水为主，附带发电”的名义向国家申请立项，从而获得国家补助资金。实际上，由于地方配套资金和自筹资金不到位，却只实施了满足发电功能所必需的工程项目，而对于专项用于防洪的河道整治工程、专项用于灌溉和饮水的渠道工程却不实施。这些未实施的项目不管今后是否继续实施，业主单位在编制《工程决算报表》时，都将其列作了“尾工工程”。审计时应首先审查其未实施的项目是否准备在今后实施。实施的资金从何而来。从而确定这些项目是否列作尾工工程，然后再审查其尾工工程金额计算是否正确。 七是工程质量评价。若出现水库质量问题，轻则是渗水严重，蓄不住水，达不到预期的经济和社会效益目的，重则是大坝溃堤，威胁下游群众的生命财产，因此审计时应对工程质量进行评价。但在工程质量方面，审计人员的专业又不具备权威性，不好进行评价。审计时应把握以下几点，一要审查其是否根据水利部《水库大坝安全鉴定办法的通知》的规定，经有权部门进行了相关的安全鉴定，鉴定后发现的问题是否得到了整改；二要审查其工程质量管理内控制度是否健全、有效：三要抽查主要材料物资的质量管理情况；四要听取有关设计、监理单位的意见；五要将水库试运行期间大坝水平位移、垂直位移、渗漏量等测量记录与《水利水电工程竣工验收与质量评定标准》规定的允许值比较，审查其是否在允许范围内。 八是工程效益评价。将试运行期间水库的进水量、灌溉供水电、发电量、最大防洪能力以及年财务收入、经济内部回收率等指标与项目《可行性研究报告》上的相关指标相比较，评价其是否实现了预期的效益。
