（一）着重审查支农政策的落实和到位。中央农村工作会议就加大对农村财政投入提出三项明确指标：国家财政支农资金增量要高于上年，国债和预算内资金用于农村建设的比重要高于上年，其中直接用于改善农村生产生活条件的资金要高于上年。国家的政策是好的，但是怎样做到支农政策的落实和到位呢？这就要求在审计过程中，通过摸清财政预算安排的支农资金规模，当年实际发生的支农资金支出等情况，客观评价发生的支农资金支出等情况，客观评价这些支农政策的落实和到位情况，对一些地方支农政策执行不落实、不到位的原因进行深层次地剖析。 对支农资金运行中出现的一些新情况、新问题，进行充分了解和研究，从体制、制度和政策上地提出切实可行的、有针对性的审计建议，为国家制定和调整农业政策提供依据，扎实有效地推进“三农”方面政策的落实和制度的完备，为农业发展、农民增收、农村稳定服务。 （二）着重审查项目资金的流向和流速。对支农项目资金流向的审查主要是关注有无截留、挪用、转移项目资金等情况。其中项目资金应全部用于实施项目，做到项目一一对应，专款专用。对一些地方将项目资金用于平衡财政预算、弥补经费、出错、经营等违规问题，要及时查处，认真整改，确保资金归位。 对支农项目资金流速的审查主要是关注项目资金拨付是否顺畅，拨付过程中有无资金滞留，是否存在多余的中间环节，资金是否及时拨付到项目实施单位等情况。一些地方财政和农业主管部门因批复项目和拨付资金不及时，造成了项目资金年终大量结转。这部分支农资金名义上已经投入，但实际并未到位，应加以整改。对长期没有下拨的项目闲置资金，应依法予以收回。 （三）着重审查项目实施的进步和质量。建立完善的项目管理制度，项目责任人对项目实施的进度、质量和经费的管理应负全面的责任。对一些重点的支农工程项目，严格实行招投标制度，项目实施推行项目法人制和工程监理制。对项目实施情况进行跟踪管理，对项目的质量进行严格把关，坚决按合同和计划支付项目经费。项目承建单位应发布项目公告，接受群众和社会监督。财政、审计、监察等部门应紧密配合，加强监督，及时反映和纠正各类违纪违规问题。 对已完工的支农建设项目，应及时结算，上级部门适时安排峻工验收。对项目建设没有达到计划要求，比如有的项目管理薄弱、建设质量差，应追究有关部门和人员的责任。另外，应加强对完工项目的管理，不能重建轻管，一建了事。 （四）着重审查资金使用的效益和效果。资金投入只是解决“三农”问题的一个方面，如何通过推进体制改革，使资金投入真正发挥应有的效果，才是新农村建设亟须解决的问题。支农资金审计应重点关注资金使用的效益和效果。一些支农资金过分散，没有集中投入使用，难以形成合力，而且由于资金管理成本过高，影响了项目资金使用效益。也有一部分资金被用作管理人员的经费支出，政府为农民办事的钱成了部门的养人钱，投资效益大打折扣。一些地方资金投入重复和投入不足的现象并存。
