与一般情况类似，科研项目的内部审计程序也覆盖审计准备、实施、报告编制三个阶段，以下分别予以阐述。 （一）审计准备阶段 审计准备阶段的主要工作是明确审计任务、确定审计项目、组织安排审计人员、编制审计方案。 1.合理确定审计项目。目前各高校科研项目呈现逐年上升的趋势，很多的高校现阶段只是开展了科研课题经费结题的审签工作，可将科研项目审计安排为内部审计部门一项常规性的审计工作，依据内部审计力量，纳入年度审计计划中。目前高校科研项目审计尚处于起步阶段，不能对所有项目进行审计，在选择项目时要有重点地对重大的研究项目开展这一工作，如：国家大型的“863”、“973”等项目。对横向项目只是考虑在合作单位有要求的情况下，依据其委托安排审计。 2.组成审计组。根据科研项目的特点，安排审计人员组成审计组，由于科研项目审计涉及到一些专业性很强的工程技术领域，在必要时可以聘请相关领域的专家加入审计组。 3.收集背景资料，初步了解被审计科研项目及项目负责人基本情况。一是了解项目基本情况，获取项目立项书、审批文件、经费预算书、合同文书、阶段性考核及验收材料等资料，重点了解项目性质、内容、合作单位、项目周期、合同签订情况、经费预算及来源、项目的推进计划、完成情况及预期成果等；二是了解项目管理流程，及项目经费的划拨及管理情况，向科研项目归口管理部门询问，获取项目管理办法，项目经费财务收支的会计资料及内部控制制度等资料：三是了解项目负责人基本情况，听取项目负责人对项目经费管理情况的介绍，了解经费开支的审批权限、审批程序，及项目预算情况及实际执行中经费的增减变动等情况。另外，还要了解国家对项目管理方面的法律、法规、政策及管理办法。 4.拟定审计方案，下发审计通知书。通知书的对象为项目经费的直接使用管理者，即课题组（或项目负责人），同时抄送校内项目归口管理部门、课题经费管理单位等。 （二）审计实施阶段 在审计实施阶段，核心环节是建立相应的内控制度并对其执行情况进行测试，同时要对实质性测试的主要步骤加以规范。需要说明的是，对于所列举的审计程序，在实际执行中可根据具体情况及专业判断增加或减少相应的审计步骤。同时，为了提高审计效率，交易业务的实质性测试常常与控制测试同时进行。 1.内控制度的建立及执行情况测试 由于科研项目的审计方法尚处于探索阶段，在各高校初次实施这项审计工作时，可先单独开展科研项目的内控制制度审计。通过对学校科研处、财务处、资产处、“研究所”、“实验室”、“学院”等相关职能部门项目的内部控制制度建立及执行情况测试，评价上述部门的项目管理职能履行情况。这是事前预防的关键环节，是对项目的管理职能进行审计的重要程序，是完善监督管理机制的关键。具体如下： （1）内部控制制度调研。对本校现有科研管理制度、办法和基本情况进行调研，据此划分业务循环，确定关键控制点，明晰审计轨迹，进行初步评价。 （2）符合性测试。有针对性地选择科研项目管理单位、项目所属单位、课题组、项目负责人，通过向相关人员询问、到现场观察、穿行测试等方法，从收入管理、支出管理、实物资产管理、财务管理、合同管理、效益等几个方面对科研项目内部控制制度进行符合性测试。 （3）内部控制制度分析评价。 2.实质性测试 学校财务管理部门一般针对每个科研项目都建立了经费财务卡片，分别反映每个项目的收入、支出及余额情况。按照确定的审计重点内容，对其进行实质性测试的主要步骤如下： （1）预算执行情况审计。经费管理的核心是预算及其执行，具体又包括经费来源预算执行情况审计、经费支出预算执行情况审计两个方面。前者检查预算收入是否及时、真实、完整到位。后者主要检查：①审计检查决算报表数与实际支出数是否与一致，有无直接以预算核定数列支的现象、有无预提成本的现象；②检查所有支出项目是否严格按照任务合同书的经费预算范围、标准执行；③检查国家或学校有明文规定控制比例的费用，如项目管理费、人员费、协作费、业务费，其出是否与控制比例相符；④检查重要支出是否合法、依据是否充分；⑤分析支出是否合理，是否为课题研究必须的支出；⑥审查经费使用中有无挤占、挪用、损失浪费问题，有无用于国家明文规定禁止的支出。目的在于检查是否存在提供虚假配套承诺或不及时足额提供配套资金的问题，对预算支出的真实性、合法性进行监督，规范“项目负责人”的经济行为，及时发现并纠正经费使用中存在的问题，提高科研经费的使用效益。 （2）课题结余经费审计。具体处理三方面的问题：第一，获取项目结题信息，了解结题时间和结余经费的用途。第二，检查结题后财务结账时间，是否进行财务结算，是否长期挂账报销费用。第三，了解结题经费使用规定，检查结账经费的使用是否符合规定的用途。 （3）资产管理审计。首先获取或编制固定资产明细表，进而检查固定资产的购置是否与预算相符、是否按照规定的购置程序、是否用于课题研究以及是否按照规定的用途使用，同时检查课题研究过程中购置或试制形成的固定资产是否纳入学校资产统一管理与核算、是否账实相符且安全完整。另外，要注意对无形资产的审计。对课题研究形成的知识产权，要检查其是否遵守有关管理办法明确知识产权的归属，以及无形资产是否入账等。
