A农业综合开发项目管理部门审计 对农业综合开发部门的审计。农业开发部门是农业开发项目的管理部门，对项目单位立项、申报、可行性研究及方案的设计、资金指标下达和项目管理等每个环节，都要参与并决策，严格把关。因此，农业综合开发部门应主要审查农业综合开发项目计划是否符合农业综合开发指导思想、任务要求；是否按照工作规程的要求建立项目库、立项、申报、审批；可行性报告是否由具应资质的单位编制或组织有关专家评审，有无缺乏充分的可行性论证而使决策失误或擅自调整项目建设地点、建设单位、建设内容、建设规模，导致盲目建设问题；有无重要钱，轻管理，造成损失浪费，综合效益差或其他管理部门职能交叉重叠，重复申报项目、虚报项目套取资金问题；是否按照规定的程序和手续办理，即按照上级的批复，下达项目建设资金计划指标；是否有无以收取项目“管理费”等名义，挤占挪用专项资金问题。 B农业综合开发资金主管部门的审计 对财政部门的审计。地方财政部门是农业资金的筹集、分配和管理的综合部门，从地方政府制定对农业的投入计划，到资金和政策的落实到位，以及资金的使用、管理，每一个环节都涉及到财政部门。因此，要全面掌握农业综合开发资金的投入情况及其来龙去脉，才能把农业综合开发资金审计好。应重点审查各级财政部门是否根据已批准的项目计划、初步设计、工程建设进度及时拨付资金，有无虚收虚报、虚列支出、转移收入、搞虚假配套，截留、挪用农业综合开发资金及下拨不及时影响项目的开发和建设等问题；有偿资金是否通过财政部门履行承诺手续，按规定程序支付。 C农业综合开发资金用款单位的审计 （一）用款单位财务收支审计。农业资金种类较多，如果用款单位将资金混合使用。就使得资金与项目之间难以对号入座。对这种容易出现弄虚作假、项目相互充抵、套取资金的及投资数额大的用款单位要重点审计，将其查深查透。同时，还要对内控制度弱、管理混乱、问题较多、资金使用效益差的用款单位进行重点审查，审查其是否严格按照批准的初步设计组织实施并按照项目的立项计划使用资金，会计资料及项目预、决算是否真实、工程决算是否及时，有无挤占挪用、虚列支出、搞假工程骗取资金和违反会计制度规定使用资金等问题，从而揭示在管理和使用资金各环节上的违纪违规问题。 （二）农业开发工程项目的审计。对农业综合开发资金主管部门、用款单位的审计只能从财务收支角度来反映资金的使用管理情况，而对工程项目和合理性和效益情况不能全面反映。在工程项目审计中，要审查农业综合开发项目是否按照有关规定推行项目法人制、招投标制、工程监理制及资金和项目公示制。如土地治理项目主要单项工程的勘察设计、施工、监理、主要设备和材料的采购要实行公开招标；主要单项工程的施工应由具备相应资质或能力的单位进行监理；对竣工决算的合规性、真实性等进行审计，揭示工程项目中存在的虚列支出、高估冒算及因管理不善、工程质量差、造成损失浪费或事故隐患等问题，审查建设项目是否达到设计要求，竣工项目是否全面验收，并明确管护主体各项运行管护制度是否正常运转，从而揭示竣工项目运行管护中因管理缺失影响效益的问题，以加强被审计单位内部管理，提高工程质量，确保农业综合开发工程项目的如期发挥效益。
