审计署前不久对中国科协2006年度预算执行情况进行审计后，中国科协高度重视审计整改工作，中国科协党组书记邓楠特别强调，对于审计中发现的问题，要一项一项整改，争取这些问题今后不再发生，同时要避免新的问题发生。中国科协领导多次主动与审计组沟通听取意见，在审计决定和审计建议函下达之前，针对审计发现的问题，从体制、制度等方面，采取了一系列措施加以纠正。 一是对审计报告征求意见稿中指出“向所属单位转移财政资金”的问题，立即进行纠正，如数收回了向所属单位转移的财政资金1470万元，并按要求归还原资金渠道。二是针对审计报告征求意见稿中指出的“违规从零余额帐户向下属二级单位帐户划拨资金”问题，制定下发了《关于严格执行财政部国库集中支付有关规定的通知》要求机关各职能部门、各直属单位要严格执行财政部国库集中支付的有关规定，不得违反规定向本单位其他帐户和上级主管单位、所属下级单位帐户划拨资金。三是针对审计报告征求意见稿中提出的完善部门预算管理体制和机制的建议，责成有关职能部门立即进行调研，改变现有的预算管理模式，建立符合现行财政法规的预算管理体制。四是针对审计指出预算管理不规范的问题，从完善部门预算编制，细化单位和项目预算，规范预算管理的源头入手进行彻底纠正。制定下发了《关于进一步做好细化2007年部门预算有关问题的通知》。要求相关职能部门和所属单位在4月初完成预算细化工作，将项目资金直接落实到具体承担项目的事业单位。还针对审计报告中反映部门结余资金在管理、核算方面存在的问题，专门制定下发了《关于进一步做好中国科协财政拨款结余资金管理的通知》对结余资金如何纳入预算管理，以及结余资金的使用方向、使用方法和使用手续等具体要求作出了明确规定，从制度上规范了部门结余资金的管理。
