今年是审计署首次采取上下结合方式，对海关总署及 18个直属海关2006年度预算执行情况开展审计。为配合做好此次审计工作，2006年5月和11月，海关总署从全系统抽调业务骨干组成9个自查组分别对总署在京单位和18个直属海关进行自查。通过对自查发现问题的梳理和分析，海关总署从预算管理、内部控制、制度建设等方面入手，在建立和完善长效机制上下功夫，完善财务制度、规范财务收支行为。 除对海关各项财务装备管理制度进行全面清理、修订外，海关总署党组目前正在研究进一步加强海关财务装备管理工作的决定，印发全国海关，全面加强海关财务装备工作，提高海关财务装备保障能力和管理水平。 《中共中央办公厅、国务院办公厅关于进一步严格控制党政机关办公楼等楼堂馆所建设问题的通知》下发后，海关总署在海关系统全面开展了摸底和整改工作，在专题听取财务装备部门关于海关系统办公楼建设情况的汇报后，决定在全国海关停建新建项目14个，对正在开工建设的24个在建项目按照通知要求进行调整后再建设，并向全国海关下发了《海关总署党组关于贯彻落实进一步严格控制党政机关办公楼等楼堂馆所建设问题的紧急通知》，要求坚决停建新建项目，严格控制在建项目，从严审批今后的建设项目。 为切实转变理财观念，海关总署今年还将在上海海关高等专科学校组织一期司局级干部财务装备专题研讨班，对海关系统主管财务关长进行培训；组织一期财务处长研讨班，对当前海关财务装备工作中存在的深层次问题进行专题研讨，提高财务负责人驾驭复杂局面、解决实际问题的能力；委托天津财经大学举办两期三级预算单位财务科长培训班。
