审计建议函在具体运用中，不可避免地出现了以下一些问题： 一是对纳入审计建议函反映的问题在性质和情节的把握上宽严不一。虽然各单位在操作中因问题的具体情况不同有着各自的考虑，但横向比较的确存在着不平衡的问题，如同一性质的问题有的纳入审计建议函建议纠正，有的却下达了审计决定；有的把列入审计目标应当在报告中予以反映的问题放入了审计建议函，却把审计目标之外查出的轻微违规问题列入了审计报告。二是审计建议函的编制环节不统一。有的在审计过程中随时发现问题随时出具；有的则在起草报告时，对全部问题进行权衡后把未纳入审计报告的问题通过审计建议函予以反映。三是审计建议函的格式和内容有待进一步规范。虽然2005年4月曾印发了审计建议函的参考格式，但在实施过程中仍未完全统一。 为了进一步深化中央部门预算执行审计工作，针对审计建议函存在的上述问题，审计署行政事业司、法制司和部分派出审计局共同研究制定了《审计署派出审计局审计建议函规范意见（试行）》，该意见着重从四个方面进行了规范： 1.严格限定了审计建议函的适用范围。仅限于派出审计局实施的中央部门预算执行审计项目。原因有二：一是审计建议函必须是由具有发文主体资格的单位出具，业务司不能单独对外行文；二是与审计相关的法律、法规、规章中均没有设置审计建议函，且其实施尚在探索和规范中，不宜推广到其他审计项目。 2.规定了审计建议函中反映的问题种类。情节较轻、金额较小的违法违规和损失浪费问题；财务管理不规范、内控制度不健全的问题；会计核算技术性差错问题；在审计过程中发现的需提请被审计单位关注的其他问题。确定的原则是这四类问题被审计单位能够自行纠正、且对审计评价意见没有重要影响。其他问题原则上应当列入审计报告，依法下达审计决定或移送有关部门，但联网审计中发现的重大违法违规问题，为避免损失扩大或结果恶化，也可以及时向被审计单位出具审计建议函。 3.明确了审计建议函的编制程序。审计建议函一般应当在起草审计报告阶段编制，但在审计实施过程中发现需要及时纠正的问题，也可以及时出具审计建议函。对审计建议函中问题的定性、建议纠正措施以及被审计单位是否认为能够自行纠正等方面也可以根据需要在审计建议函正式发出前向被审计单位征求意见。 4.规范了审计建议函的格式。与原参考格式相比，重新规范后的格式存在以下显著特点：一是文头由“审计署××审计局”改为“审计署派出审计局审计建议函”、文号由“审××函〔××××〕××号”改为“审××建〔××××〕××号”、标题由“审计署××审计局关于建议纠正××的函”改为“审计署××审计局关于××的建议纠正函”，体现了审计建议函作为审计业务文书的种类特征；二是考虑到有的问题并不是单由财务部门就能予以纠正的，主送单位由被审计单位的财务部门改为更具综合性的办公厅或办公室；三是实质性的内容部分参考了法律文书的格式由段落式改为提纲式，使内容更加突出醒目；四是增加了其他意见和建议部分，对审计过程中发现的其他需要提请被审计单位关注的事项或一些建议性意见予以反映，该部分内容的增加突出了审计建议函所具有的“建议性”。
