内部审计的组织设置是开展工作的基础，民营企业内部审计的组织结构应与企业的形式、经营规模、内部组织结构、管理体系等相适应。对于规模较小的家族制或者合伙制民营企业，可以考虑内部审计外包的形式，委托会计师事务所进行审计，在企业内部设立一个审计经理进行内部审计业务的协调和沟通。对于规模较大的公司制民营企业，因为在现代企业制度下，财产的终极所有权和企业的法人产权是分离的。一个健全的法人治理结构里，股东大会、董事会、经理层、监事会之间是分权制衡的关系。因此，民营企业内部人会格外关注内部审计，至于设置何种形式的内部审计要根据经营规模、管理复杂程度以及内审部门的独立性要求来确定，一般有以下几种选择模式。 （一）股东大会主导的内部审计 按照代理理论解释，经营者的利益目标与所有者可能不同。在经营者控制公司经营权、信息不对称的条件下，发生道德风险、逆向选择，损害股东利益，股东开展内部审计是维护其利益的一种必然选择。股东大会主导下的内部审计，包括监事对董事会、经营者开展财务审计、绩效审计等，检查评价其财务活动和绩效并向股东大会报告。 （二）董事会主导的内部审计 股东分散的公司，股东会的控制力较弱，形成了以董事会为核心的治理结构。建立董事会领导下的内部审计制度，确立新的审计委托关系，通过内部审计实现对经营者再控制。由董事会直接领导内部审计，赋予审计部门较大的权力，可以对整个企业财务活动、经营活动进行审计，有利于审计职能的发挥、改善监控效果。为了发挥董事会监控的功能，董事会中可以再设立审计委员会，协助董事会开展专门工作。在治理结构规范的民营企业，董事长与总经理分设，内部审计由董事会领导是较为理想的模式。 （三）监事会主导的内部审计 我国《公司法》等法律法规赋予监督监事会的职责之一是定期检查公司财务、对公司重大对外投资和对外支出进行专项检查，监事会可以借助内部审计来“检查公司财务”，将决策权、执行权、监督权分离，并且相互制衡，防止经营者滥用权力。监事会与审计委员会相结合的审计模式要求监事会与审计委员会进行合理分工、协调，以避免机构重叠、工作重复。这种审计模式的选择，主要考虑法律法规的约束、公司治理的需要。 （四）总经理主导的内部审计 总经理负责公司的日常经营管理活动，对公司的生产经营进行全面领导。内部审计隶属于总经理，更接近经营管理层，有利于根据企业经营管理和促进企业提高经济效益服务。但内部审计机构由总经理领导，难以对公司本级的经济活动特别是财务活动进行有效的审计监督，对下属单位的监督，也会因下属公司经营活动的很多方面贯彻总经理的意图而受到一定的限制，因此，内部审计机构置于总经理领导之下，会影响内部审计的独立性，不利于充分发挥内部审计的经济监督职能。 （五）财务总监主导的内部审计 由董事会决定、委派财务总监，授权其领导内部审计并对董事会负责，财务总监领导内部审计，可以加强对公司财务活动的审计控制。财务总监监督领导的内部审计必须与经营者主导的财务管理独立，这是实施审计控制的基本前提。
