1.国家审计主体合法性 国家审计主体合法性意味着其他类型的国家机关和企事业法人不得拥有国家审计监督权，不得实施国家审计监督行为。明确这一点，对于有其他国家机关参与国家审计机关某些审计项目的情况尤其重要。在此种情况下，国家审计机关要对国家审计监督行为负最终责任。由此反推论，国家审计机关也不具备其他国家机关的法定职权，因而不能实施或参与实施应由其他国家机关实施的行政行为，除非行政行为是由上一级国家机关统一组织，并得到必要的授权。国家审计机关借助内部审计力量实施联合审计时，国家审计机关的审计监督权是不可让度的。国家审计机关内部的非审计业务部门也不具备审计主体的合法性，因而不能行使国家审计监督权。以上几种情况把握不准，都会引发审计主体的合法性风险。 2.国家审计主体独立性 审计机关与财政部门是监督与被监督的关系，但审计机关的经费又由财政部门审批，必然使审计工作受到一定影响。虽然我国审计法明确规定，审计机关的经费纳入财政预算，由本级政府予以保证。但从实际情况来看，各级政府在经费预算安排上把审计机关视同一般行政机关，加上一些地方财力有限，审计机关经费得不到有效保证，大多数地方审计机关特别是地县两级审计机关的经费缺口主要依靠审计罚没收入分成来解决。这种没有办法的解决办法，严重影响审计人员独立、客观公正地处理问题。这就必然造成一些地方审计机关重处理、处罚，而对重大问题不能审深审透，甚至有人认为只要抓住几个问题能达到罚款的目的就足够了，对问题不作深入细致的调查研究，从而降低了审计质量。有的地方审计机关在审计处理处罚上同被审计单位讨价还价，甚至带着罚没收据去实施审计；有的地方每年都要向审计署争取大量的授权审计项目，以达到多罚款、多分成的目的，而对上级审计机关统一组织的审计项目不够重视，这种状况不改变，势必影响审计工作的长远发展。 3.国家审计资源相对不足 当前，审计资源中最重要的应该是人力资源、信息资源和技术资源，随着社会对审计的需求的不断增加，国家审计常常处在资源紧张的状况下工作。自“两办”经济责任审计文件下发、各地经济责任审计工作全面启动后，党委、政府交办的审计项目迅速增多，审计需求增加较快，而各级审计机关的人员编制经过机构精简，近几年大多没有增加，有的甚至有所减少，而新吸纳审计人员受到诸多因素的限制，因此这一多一少、一增一减形成鲜明反差，使许多审计机关面临任务多、要求高、时间紧、人手少的窘境。应该说，党委、政府交办审计事项增加，审计需求的明显增长，表明社会对国家审计的关注和国家审计地位的提升，这是国家审计事业进一步发展难得机遇。但是面对审计业务扩展与审计资源短缺日益加剧的矛盾，国家审计预计不足，开拓、创新发展意识不强，使短时期内一度降低审计频度、牺牲审计质量的做法时有发生，质量风险一触即发。 4.国家审计模式存在缺陷 账户基础审计模式与制度基础审计模式关注的重点是差错风险，对欺诈风险、财务危机或经营失败风险则关注较少；我国现行审计模式还是建立在账户基础审计和制度基础审计之上的，即使将来要推行的风险基础审计也是建立在对内部控制制度的评价的基础上，确定存在的控制风险，从而确定实质性测试的范围和测试规模；或者通过风险评估来分析发表意见所存在的风险作为最终表达审计意见的依据，而对于防范和控制因财务危机、经营失败和财务欺诈导致的审计风险的系统体系的建立仍未加以关注。有的审计人员甚至认为重要性是理论的东西，不实用，导致审计人员的责任被无限放大。有的审计人员不愿意进行风险评估和内部控制测评，愿意直接查账，这事实上是放弃了一个规避风险的良好保障。 5.国家审计范围的局限 国家审计目前仅限于事后审计，事前审计和事中审计不够。加强对权力的制约，必须在权力的各个环节都要加强制约与监督，监督政府花钱，完善财政资金的监管链条。特别是决策环节，如果决策失误，甚至有意而为之的决策，如各种“政绩工程”、“形象工程”等，仅仅限于事后的审计，不能挽回损失。我们的公共资金之所以会在使用中出种种问题，很大程度上与太过强调与依赖官员的个人修养与自觉性，疏于严格的制度监管有关。然而，对决策失误的审计依然没有跳出以往事后审计的老路子。换句话说，也就是审计部门的工作依旧是跟在某些部门领导决策失误的后面，追着失误走。这样的审计，虽然能够在审计过后对决策失误者给以相应的处罚，并给当事人和其他决策者以相应的惩罚，但仍没有办法把可能避免的损失降到最低限度。而事前审计可以从预算编制，预算中报、执行、监督等全过程跟进，建立一套完善有效的监督机制，加强对决策的合理性和合法性的监督，能够真正做到保证把人民赋予的权力真正用来为人民服务。 另一方面国家审计主要还局限在财政财务收支审计等传统的审计领域。目前国有企业已基本走向市场，其效益性由市场裁判，而随着公共财政框架的建立，国家财政资金的使用和效益，则成为审计监督的主题，国家审计工作的重点必然从国有企业向国家财政资金应用的重点方向转移，国家审计的目标，已向资金使用的经济效益、社会效益延伸，目标是满足高层次宏观管理的需要。 6.审计人员知识经验的欠缺 审计工作是一项复杂劳动，人是第一要素，一定的素质水平是审计的职业要求，提高审计人员素质是审计工作从简单劳动向复杂劳动、手工劳动向电算操作转变的重要保证。而现状是审计人员在职培训不足，业务知识及专业水平不能胜任业务发展的需要，加上风险意识欠缺，使其难以做出适当的专业判断，从而不能把握审计风险。另一方面，审计人员违背审计职业道德，未能遵守客观公正、实事求是、廉洁奉公、烙尽职守的要求，更是审计之大忌。
