一、相关法规与会计制度不协调，增大了审计难度 为了加强对科研经费的管理，从中央到地方，各级财政主管部门都制定了一系列的科研资金的管理办法。这些办法的实施在一定程度上规范了科研资金的使用，同时也为审计机关进行科研经费审计提供了参照标准和定性依据。但是，由于制定政策的部门不同，科研经费的托管单位适用的会计制度不同等因素，这些法规在实际应用中存在着相互不协调的问题，严重影响了科研经费审计的效果，增加了审计难度。 我们注意到，财政部出台的一些科研资金管理办法中明确规定了该项资金的使用范围，比如《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》（财教［2002］65号）中，第八条规定了该项资金的支出内容和各项支出所占比例，并规定出了科研经费财务报告的编报内容，资金托管单位应当依照执行，而基层财务执行的会计制度中科研费则大多规定只能在“代管”科目或“专用基金”科目中进行收支核算（如现行《医院会计制度》财字［1998］号中要求科研经费应在“专用基金”科目核算），这样两种政策在执行过程中就出现了不协调的问题。例如，科研经费依托单位收到资金时，借记“银行存款”，贷记“专用基金—科研基金—XX课题”（或“代管款项—代管科研—XX课题，”下同）；实际支出时，借记“专用基金—科研基金—XX课题”，贷记“银行存款（或现金）”。从以上的会计处理方式可以看出，科研资金的各项支出均在“专用基金—科研基金—XX课题”一个科目核算。会计制度要求的这种在“代管”或“专用基金”核算的“流水账”式的记账方式，对于占用资金较大，日常支出较多的大型研究项目，在会计区间和期末，很难按照规定详细区分哪些属于业务费，哪些属于协作费，编制经费决算报表时也不能准确区分各项支出的总量和比例，至于哪些费用花多了，哪些费用还有剩余的问题更是说不清楚，因此财务人员很容易形成“科研资金很难管”的心理，再加上普遍存在的科研资金是“别人”的钱的错误认识，基层财务科研经费管理就逐渐地流于形式，失去了监管作用。我们在审计中经常遇到财务人员在编制科研资助项目经费决算时造假的现象，其根源就在于此。 在这种情况下，审计人员往往处于两难的境地，如果严格按照规定要求进行审计，由于财务人员很难按政策要求完成任务，抵触情绪比较大，审计工作难以进行；如果不依照法规进行审计，又会违背审计原则。审计部门面临的这种尴尬局面，是由于法律法规与会计制度之间的不协调造成的，要想彻底解决还需要财政、科技等部门共同努力才能实现。 二、科研资金评价体系不完善，阻碍了科研经费绩效审计的开展 国家审计署制订的五年规划中提出了到2007年绩效审计要占审计项目总量的50％的审计发展目标，绩效审计已经呈现出逐年上升趋势。但是，我们十分遗憾地看到，审计署2006年公布的第1号审计公告中科研经费审计仍然是以财务收支审计为主，对科技资金的使用效益情况则根本没有涉及。众所周知，科技资金投资的最终目的就是创造出有利于提高整个国家和国民的生产生活水平的科技成果，也就是说科技资金投资的社会效益性是其本质属性。因此科技资金审计不能只停留在查错防弊的简单层次上，开展科研资金的绩效审计是政府审计的必然选择。 当前阻碍我国开展科研资金绩效审计的因素很多，但是笔者认为主要问题还是由于缺少切实可行的科研资金绩效评价标准，以科技部、财政部2006年7月刚刚颁布的《国家重点基础研究发展计划管理办法》（国科发计字［2006］330号）为例，其中第三十八条中规定要对科研项目实施效果进行评价，而对评价标准只有两句话：“……重点评价研究成果预期解决国家重大需求的实质性贡献和作用；对于重要科学前沿领域项目，重点评价研究成果的原创性和科学价值、对学科发展的推动作用及国际影响”。这样的表述只能作为绩效审计的参考内容，而不能作为审计依据，没有可操作性；又如财政部2002年6月颁布的《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》（财教［2002］65号）中的第二十六条规定：“自然科学基金委员会会同财政部制定适合自然科学基金特点的绩效考评办法，对项目经费使用效益进行考评。”然而，让人感到遗憾的是这一绩效考评办法至今还没有出台。 目前，在科研经费的管理中类似这样的情况还很多，没有切实可行的绩效评价标准就没有有效的科研经费绩效审计，缺少必要的审计标准和审计依据是当前科研经费审计向深层次发展的主要障碍。 三、复合型审计人才极为短缺，专家聘用机制尚没有完全建立 国家审计署成立二十多年来，一直十分重视审计队伍和审计人才的培养，高水平、高素质的专业审计人员的数量每年都在增加。但是近几年出现的审计队伍在总量和结构上的不均衡，严重制约了我国审计事业的发展。根据审计署的统计资料，目前全国审计机关约有8万人，其中审计署占3％，各省和直辖市占8％，地级市占27％，县级62％，从这一数据我们可以看到审计力量的分布出现了严重的不均衡。以河北省审计厅为例，全厅审计人员129人，从事科研资金审计的只有4人，而全省使用科研资金的单位二百多家，按照现在每年审计7—8个单位的速度，都审计一遍要二十几年的时间。另一方面，从人员结构上看，我国政府审计队伍还是以财务和审计专业人员为主，约占总人数的98％，其他专业人员不足2％，而审计科研奖金所需要的复合型审计人才更是凤毛麟角，这与开展政府审计较早的国家相比存在巨大差距。以美国为例，美国审计署3200名职员中，经济学家、社会学家、工程师、律师、保险精算师、计算机专家、医疗和国土安全专家占总人数的50％，每年为专项审计临时聘用的各种专业人员更是不计其数，每年用于聘请专业人员的经费预算也占到了总预算的35％。
