财政支农专项建设项目的审计程序由立项阶段、建设阶段、报告阶段和后续审计阶段构成。它们都是先搜集关于该项目及其相关方面的陈述资料，再将其与有关法规和制度的要求进行比较，最终将结论提交给委托方的一个系统过程。 1、立项阶段。为了充分发挥财政支农专项资金的使用效益，突出审计监督作用，及时防止、发现和纠正可能和已经发现的问题，审计在立项阶段要参与审查立项报告内容的真实性、分析项目的可行性、计划投资额的准确性，重点审查以下事项：（1）是否夸大资源状况、夸大建成后的经济效益，夸大对农民增收的影响；（2）专项资金形成过程中是否存在本级财政配套资金虚报，农民筹资投劳超过农户承受能力；（3）农产品基地建设项目中“五良”是否配套，能否真正通过科技兴农达到农业增效、农民增收、农村经济加快发展的预期目标；（4）在扶持农业产业化经营的龙头企业中，一定要跳出认识上的误区，龙头企业不等于一般的以农产品为原料的加工企业，而是指已经与农户通过合同建立长期收购关系和利益共同体的加工企业，而且龙头企业的产品是高科技含量和高盈利的，一般企业难以模仿生产，才能用自身的经营利润反哺农户，才能带动一方农户。过去我们扶持一批“龙头企业”，有些企业与农户争利，由于经营不善，陷入困境，甚至破产，其根本原因是它们是不够格的“龙头企业”。（5）每年在审查财政支农项目向上申报前，审计部门应会同财政、农业、科技、扶贫等有关部门参与项目论证，对项目前景进行预测，减少立项盲目性。同时，要对项目资金管理、工程控制、检查验收等提出要求，明确责任。 2、建设阶段。在项目审批下达后，对 项目，主管部门和实施单位在项目实施过程中各个环节的拨款、用款加强监督，跟踪问效，及时发现问题，及时指出和纠正。重点审计以下内容：（1）专项资金是否遵循专款专用原则，是否按项目建设进度拨付给实施单位，有无截留，转移专项资金，改变其用途；项目主管部门和实施单位，有无挤占挪用专项资金搞基本建设和违规购置，公款旅游；有无将专项资金为职工办福利等消费性支出。（2）审查专项资金是否建立专账，有专人管理，有专项管理制度。资金的使用是否有计划、按进度，并经负责人审批后拨付，有无将专款借出或长期拖欠不还，从而影响项目建设的。项目建设管理费开支是否合理，金额是否失控，是否存在损失浪费，假公济私问题。（3）深化财政支农专项建设项目审计，不但要审查相关会计资料，还必须深入到项目现场工地，深入到农村，走访有关单位和群众，实地调查，了解情况，掌握第一手资料，特别是要关注设计变更、工程质量（包括苗木栽植质量）。（4）参与建设项目竣工验收，做好财务决算审计。 3、报告阶段。审计报告是审计工作的最终产品。我们认为财政支农专项建设项目的审计，要将财务审计的合法性、合规性、真实性与效益审计的经济性、效率性、效果性结合起来进行。传统的财务审计经过长期的发展，已形成一套审计报告的具体格式，但效益则不同，它没有具体的审计准则，没有一套具体的审计报告模式，应对比立项报告，将投资回收期，投入产出比、资金利用率，农民收益增加值等作为效益评价指标，评价效益情况，查找问题，提出改进意见。 4、后续审计阶段。后续审计是指在审计报告（含审计意见书和审计决定）发出一定时间后，审计机构为检查被审计单位对审计报告所载明的审计问题是否采取了纠正行为并取得预期的结果而实施的跟踪审计，后续审计的范围一般限于上次审计报告中所提出问题涉及的经济活动和会计资料。它的审计方法主要采取对照核对法，对未执行审计决定或执行未到位的，要查清原因，限期落实或调整决定（建议）。后续审计的时间一般在发出审计报告三个月后。后续审计报告中，要说明被审计单位执行审计决定（建议）的情况，后续审计的情况，对被审计单位执行审计决定（建议）的评价，并根据不同的情况提出不同的处理意见。进行后续审计可以保证审计决定的贯彻执行，监督被审计单位纠正错误，维护国家利益，提高财政支农资金的使用效益，同时也是对维护审计机构权威性和严肃性的体现。
