（1）电算化审计方法名不副实，审计处于被动局面。一般来说，电算化系统的审计会经历3个阶段：一是绕过计算机审计阶段；二是透过计算机审计阶段；三是利用计算机审计阶段。在我国审计实务中，对大多数计算机信息系统环境的审计还停留在绕过计算机审计阶段，即审计人员不审查机内程序和文件，只审查输入的数据和打印输出的资料。当前注册会计师对电算化会计信息系统的审计还普遍是仅仅针对输入前的原始凭证和输出的证、账、表等资料，而对电算化系统的内部控制、系统内部的程序文件、系统开发阶段的审计等还没有引起足够的重视。这实际上是审计人员对当前会计电算化系统所采用的一种手工审计方法，不涉及计算机软件知识。由于不对计算机程序处理过程进行审计而只对有限的部分数据进行审计，因此不彻底，具有片面性。正因为计算机审计依然停留在“绕过计算机”的阶段，并没有深入到被审计单位所使用的信息系统内部来进行审计，所以这种审计方式蕴含着极大的审计风险。 （2）计算机审计停留在浅层次运用上，专业审计软件市场不完善。我国的财务软件无论是在功能上还是开发技术上都发展很快，现在正在由核算型向管理型方向发展，一些企业已初步建立了以财务系统为核心将“供、产、销”全面整合的ERP系统。然而，在对电算化会计信息系统的审计中审计软件的应用并不普及，可以说审计软件的推广速度远远落后于财务软件的普及程度，计算机辅助审计停留在浅层次运用上，专业审计软件市场不完善。计算机辅助审计停留在浅层次运用上，主要是因为专业审计软件市场不完善。审计软件开发周期长，使用周期短，市场容量狭窄，需求又有不确定性和不断增长性，造成审计软件的开发难度远远大于财务软件，这就使众多的软件开发公司热衷于利润高、难度小、维护少的财务软件，而轻易不敢涉及审计软件。在计算机审计时不得不停留在看重检查输入前的原始凭证和越过电算系统直接去检查处理打印出来的结果的一种手工审计方法。整个软件市场缺乏高质量的通用审计软件来配合通用会计软件的使用。目前，电算化会计软件的功能由核算型向管理型转变，其功能越来越强，结构越来越复杂。但是软件对如何满足电算化审计要求的考虑还不够，会计软件设计的结构存在不规范之处，同时对数据的查询不能满足双向查询的要求，更谈不上二维查询了。另外，电算化会计软件在保留审计痕迹方面还存在不少缺陷，尤其是没有考虑为电算化审计预留测试通道，这个问题需要通过制定法规和市场竞争来解决。 （3）与计算机审计有关的法规和准则有待进一步完善。审计必须依法进行，计算机审计也不例外。但目前我国与电子商务、网络经济和计算机应用有关的法律法规还很不完善，有些甚至还是完全空白。例如，电子凭证、电子合同、数字签名等的法律效力和保存要求；数字认证机构的认定及其法律责任；计算机犯罪适用的法律。在计算机审计中审计机构的权力、责任和被审计单位的义务等的规定，有关的立法还很欠缺，这给依法开展计算机审计带来很大的障碍。另外，尽管我国审计署和中注协都已颁发了一些有关计算机审计的准则和规范，但是这些准则和规范还不完善。已有的准则和规范中缺乏对计算机信息系统开发和系统功能审计方面的规范，而且还比较概括、笼统，没有相应的实施细则。与计算机审计有关的法律、法规和准则的不完善，是影响我国计算机审计发展的重要因素之一。 （4）审计人员计算机素质不高，计算机人员的审计业务不精。审计人员数据库知识的欠缺，成了影响计算机审计发展的一个“瓶颈”。虽然进行过多次这方面的培训，但效果不理想。原因在于计算机本身经常使用的数据库种类就有十多种，而且它们有不同的特点、使用方法和编程命令，即使是计算机专业人员也不可能掌握各种数据库知识。其他单位的计算机管理人员，他们只需掌握自己所用的“一种”数据库和“一种”操作系统就能应付工作。但对于审计人员，要面对众多使用不同数据库和不同操作系统的被审单位，这给审计人员尤其是审计系统中的计算机人员提出了很高的要求，无论是培训还是学习难度都相当大。审计人员不懂计算机知识，将面临进不了门、打不开账的问题。同样，计算机人员不钻研计算机技术、不懂审计业务、不注意计算机知识与审计业务相结合也将面临被淘汰。
