兵团长期以来受计划经济的影响，观念更新缓慢，改革相对滞后，以致经济发展低效低速，在全国农垦系统和自治区经济中所占比重逐年下降，逐渐失去吸引力和凝聚力。为此，兵团大力发展以乡镇集体企业为主体的非国有经济，近年来，已有了长足的发展。但从总体来看，其发展的速度缓慢，面临着不少问题，突出表现为： ——缺乏领导性的探索。兵团乡镇企业是农垦经济的新生事物，与农村乡镇企业相比，具有不同的特殊性。一是主体不同。农村是社会办企业，兵团是企业办企业，乡镇企业的负担沉重。二是身份不同。农村乡镇企业的人员是离土不离乡的农民，而兵团乡镇企业招收的是合同制工人。三是资金来源不同。农村乡镇企业靠地方财政和农民的投入，而兵团靠银行贷款和以劳带资。四是管理方式不同。农村乡镇企业经营自主，自负盈亏，机制灵活，行政干预少，而兵团统得多，管得死，责权利受行政制约。五是风险不同。农村乡镇企业关闭后由投资主体和个人承担经济损失，企业人员返乡种田，而兵团经营负盈不负亏，企业职工则重新安置工作。六是经济负担不同。农村乡镇企业只缴乡镇企业管理费和支农资金，而兵团除上缴上述费用外，还承担多项社会性费用。因此，兵团乡镇企业既不同于农村乡镇企业，也区别于国有企业。如何探索适应市场经济下，具有农垦经济特色的乡镇企业发展模式，尚未引起各级部门的高度重视。致使兵团乡镇企业在整个发展中无论在产业结构上还是在区域布局上都有一些薄弱环节。 ——政策不到位。当前国家和自治区出台的优惠政策不到位，尤其是兵团相当一部分垦区团场处在荒漠深处和边境地带，并有国家级贫困团场40个，兵团级贫困团场20个，应享受的特殊优惠政策没有落实。究其原因，主要是有些政策纲领性强，可操作性差，由于不同地域不同执行人员的差异，以及地方政府与兵团在利益主体之间存在着不同利益的摩擦，对兵团乡镇企业不予认可，使有些企业得不到政策上的扶持，以致效益低下，有的被迫停产。 ——机制不活。乡镇企业以强大的生命力成为国民经济的重要组成部分，其关键是它那自主经营，自负盈亏，自我约束，自我发展的市场机制。而兵团乡镇企业是依托国有企业建立起来的，其投资主体多元化，产权关系模糊，存在着包揽过多，统得过多，干预过多等传统管理弊端，企业经营自主权不落实。如伊犁酿酒总厂四分厂是一个一厂两制的乡镇企业，总厂赋予分厂的权力仅是生产权，其供销权由总厂调控，实际上成了个名符其实的二级核算单位。这些企业由于主体地位未依法建立，企业缺乏法人财产权，无法实现真正意义上的自负盈亏、经营自主的市场机制，企业活力大减。 ——企业整体素质差。从兵团乡镇企业现状分析，自身问题日益突出，主要有三低：一是管理水平低。相当一部分乡镇企业的干部是由农改非的，甚至有的是“照顾型”的，文化程度低，专业知识少，经营管理水平差，造成有些企业虽产值可观，但得利甚微，有的亏损较严重。二是科技水平低。普遍存在设备陈旧、产品档次低，依靠科技振兴企业的指导思想在大部分企业中还没有真正形成。三是企业竞争力低，注重扩大外延，上项目，不重视内涵挖潜改造，且上交的多，积累少，企业缺乏后劲。 ——观念陈旧。束缚乡镇企业发展的观念来自外部对乡镇企业不正确的看法和内部对乡镇企业的曲解。外部的偏见是：有的政府部门，对兵团乡镇企业认识不足，错误地认为，兵团是一个全民所有制的国营企业，无乡无镇，对兵团兴办的乡镇集体企业认识不清，应享受的免税政策不予执行。内部的曲解是：兵团办工业所以挂靠乡镇企业只不过是为了享受政策而已，其本质还是认为发展非国有经济怕冲击国有经济，而过多的强调非国有经济与国有经济矛盾的一面，而对于两者可以统一的一面认识不够，致使办起来的乡镇企业频换招牌，今天是乡镇企业，明天又成了团办国有企业，这似乎成了兵团特有的一种现象。使许多乡镇企业徒有虚名，内部机制依然是过去团办国有企业僵死机制。这种陈旧观念的存在，严重制约了市场经济观念的形成，对于起步阶段的兵团乡镇企业极为不利。
