从公司治理的角度看，内部审计机构的职责不应仅仅局限于审核企业会计账目，应扩展为稽查、评价内部控制制度是否完善，审查企业内部各组织机构执行指定职能的效率和效果，并向企业最高管理部门提出建议和报告。在内部控制框架构建中，内部审计的作用在于监督企业经营业务符合内部控制框架的要求，评价内部控制的有效性，提供完善内部控制和纠正错弊的建议。 目前，企业中关于内部审计机构的设置情况不一，有些上市公司借鉴西方国家上市公司的做法，同时设立了审计委员会和审计部，而大部分企业只设立了审计部。笔者认为，内部审计机构的设置应因人而异。对于规模大、经济业务复杂的企业，应同时设置审计委员会和审计部，其他企业则应根据成本效益原则选择同时设置审计委员会和审计部或仅设置审计部。 对于同时设置审计委员会和审计部的企业，应当注意的是审计委员会是董事会的一个下属分支，一般由外部非执行董事组成，这保证了其具有较强的独立性；它对董事会负责，业务上受监事会的指导，这又保证了其具有较高的权威性。对于仅设立审计部的企业，应当注意的是审计部应当对董事会负责并在业务上受监事会指导。之所以选择这种制度安排，是因为在公司治理的制约机制中，董事会是决策机构，这一机构肩负着保证公司管理行为的合法性和可信性职责。从公司治理实践看，审计部（审计委员会）对董事会负责这一制度安排，能有效减轻董事会职权弱化、内部人控制现象严重的局面。另外，在业务上接受监事会指导能够在一定程度上产生对董事会的制衡。
