一、审查中央专项资金设立和资金分配是否符合宏观调控需要，分析中央专项资金在实现宏观政策目标方面发挥的效用。中央专项资金是中央财政为实施特定的宏观政策目标而设立的补助地方专项资金。审计中应当注意专项资金的设立是否贯彻了集中资金、突出重点、择优安排的原则，是否体现了宏观调控的需要。一是审查专项资金项目设立情况，看是否存在项目过小、资金分散问题。审查这一问题时应当注意，不能简单以项目多少、金额大小来判定。对初步认定的小项目和资金分散的项目，还必须对具体项目进行延伸审计（调查），只有深入分析具体项目的资金使用效益或效果，才能取得确凿的证据。二是审查多部门管理的同一性质的专项资金是否存在缺乏统一规划、重复建设、损失浪费等问题。三是审查资金分配原则和计算方法，看是否存在随意分配或平均分配专项资金问题。如特大自然灾害补助资金，是在严格灾情审核的基础上，按照实际受灾情况下拨资金，还是简单地平均分配救灾资金或按照各地报灾情况按固定比例下拨资金。 二、审查中央专项资金下拨后地方各级财政是否及时下拨，分析中央专项资金拨付使用的时效性。各级财政部门或项目主管部门长期滞留财政专项资金的问题比较普遍，是影响财政专项资金使用效益的一个重要因素，也是中央专项资金效益审计的重点。滞留中央专项资金主要有以下几种形式：一是财政部门大量长期结转。在审计中要审查２至３个年度专项资金管理台账或其他相关资料，逐笔审核结转资金和结转项目，核实各年度当年收到中央专项资金数、非正常结转下年使用项目和资金数（剔除由于中央专项资金下达晚等原因而确实无法下拨的结转资金）、无项目结转资金数、连续２年以上结转项目和资金数。二是以虚列支出方式长期滞留专项资金。有的财政部门账面上不体现结转或结转较少，在审计中就要重点关注资金往来、特别是年末规模较大的资金往来，看是否存在资金挂往来、虚列支出问题。三是财政部门通过过渡专户滞留专项资金。有的财政部门下拨专项资金时，不是直接下拨到资金使用单位，而是按照具体项目列支后下拨到过渡专户。审计中应当关注过渡专户是否长期滞留专项资金，滞留资金是否被财政预算占用或抽回。四是财政部门列支下拨资金后抽回资金。对已经下拨到专户、主管部门乃至项目单位的专项资金，应当重点审查资金去向，看是否存在财政部门抽回资金的问题。五是项目单位主管部门滞留专项资金。 对财政部门或主管部门滞留专项资金问题的审查，应当在查明滞留时间、滞留数额的基础上，进一步查明滞留资金的原因。一是财政部门收不抵支，专项资金被直接用于平衡预算，不可能再下拨。二是财政部门资金运行困难，滞留资金用于资金调度，有的被以前年度财政赤字或其他专项支出占用，只能在财政状况好转后才能下拨。三是由于重复申报、虚假申报、市场变化等种种原因，原申报专项资金已经没有具体项目或资金需求，这些资金下拨的可能性不大，即使下拨了，也不可能按原用途使用。 三、审查项目单位资金使用情况，分析资金使用的直接经济效益或使用效果。项目单位对中央专项资金的管理使用情况，是中央专项资金效益审计的最后一个环节。对这个环节的审计，应当重点关注以下几个问题：一是审查中央专项资金是否按照专款专用原则全部用于规定项目，是否存在资金长期闲置，项目资金是否被挤占挪用。二是审查项目可行性论证是否充分，有无项目调整，项目调整是否经过审核批准。三是审查项目建设进展情况，是否在规定建设期限内完成项目建设。对未完工项目，要分析原因和后果；对已完工项目，要审查是否达产达效，不能达产达效的，也要分析原因。四是审计项目建设管理情况，看是否存在虚列支出、套取资金、损失浪费等问题。
