难点一：对绩效审计的认识不到位 首先，在我国理论界对绩效审计有两种片面的认识：一种观点认为经济效益只是对于物质资料的生产领域而言，而对于非生产领域的政府部门和非盈利组织机构不存在经济效益的问题，因此，我国政府审计也就无需进行绩效审计。另一种观点则认为我国目前政府审计工作的重点是真实性审计，开展绩效审计会妨碍真实性审计。其次，在我国，有相当一部分审计人员对绩效审计的认知还存在着局限性，大多数还停留在对国外有关情况的介绍。甚至有些人认为，绩效审计是西方人搞的理论，其理论神秘莫测、高不可攀，在中国没有实施的基础。再加之操作过程复杂和理论上的模糊，一些程序、标准未制定，根本无法搞，因而驻足不前。最后，有的权力机关、公共管理部门及其负责人认为，依法审计就是审计我违反法律法规没有，至于决策、体制、管理等方面存在的问题，是改革、发展中的问题，并不违法，因而不是审计的事，也不能审计。这种对绩效审计认识的滞后和不到位已经严重阻碍了绩效审计工作在我国的顺利开展。 难点二：绩效审计的基础比较薄弱 绩效审计的基础是要求被审计单位提供的资料数据（包括财务资料数据和非财务资料数据），以此来对被审计单位的绩效进行评价。任何绩效评价都离不开基础数据和资料的支持，否则一切评价都将失去意义。绩效审计必须建立在基础数据和资料是真实、合法的基础上，即在完成对被审计对象财务收支真实合法审计并对其不真实、不合法事项进行调整的前提下，才能实施绩效审计，按有关绩效评价标准和方法对被审计对象进行比较分析、评价和建议。否则就会使绩效审计的质量大幅下降，评价结果的正确性、可靠性令人置疑，绩效审计评价也就失去意义。当前，由于我国社会诚信制度未完全建立，政府会计制度还不完善，经济领域违法违规、弄虚作假现象还很严重，会计信息资料的失真行为相当普遍，绩效审计赖以评价的基础可靠性不够，这就给开展绩效审计带来很大的困难和风险。 难点三：绩效审计的法律制度建设滞后 由于绩效审计的特殊性与复杂性，目前我国还没有形成一套完整法规体系适用于绩效审计，已出台的法律、法规中涉及绩效审计的内容较少。据了解，全国仅有深圳市《深圳经济特区审计监督条例》、湖南省《湖南省审计监督条例》、珠海市《珠海经济特区审计监督条例》引入了绩效审计的概念。而从各国绩效审计的发展来看，凡是绩效审计开展得比较好的国家都较早地制定和颁布了绩效审计准则及相关的规范。如美国是世界上最早制定绩效审计准则的国家，早在１９７２年，就颁布了《政府的机构、计划项目、活动和职责的审计准则》，对政府部门及其他非政府部门有公共资金的领域进行绩效审计作了比较具体的规定。因此，尽快制订出一整套独立的绩效审计法规体系，是我国大力开展绩效审计和实现依法审计所必须克服的一大困难。 难点四：统一的绩效审计评价标准难以确定 评价标准是关乎绩效审计能否深入有效进行的最直接的因素，是完整意义上的绩效审计必不可少的技术要件，其功能在于为保证审计人员的专业判断的一致性和客观性提供指南。然而，较之于财务审计而言，评价标准难以确定问题一直是制约绩效审计有效开展的技术因素。对经济性、效率性和效果性“３Ｅ”的审计均可归结为成本与效益的分析和比较。由于政府部门的活动范围主要涉及基础设施建设、社会治安、文化教育、医疗卫生、环境保护等许多方面，而且提供的服务一般是无形的、非赢利性的，这就给成本与效益的估算带来相当大的难度，也给绩效审计的评估造成直接的困难。这是因为政府活动的成本与效益不仅要考虑直接的成本和效益、有形的成本和效益，而且还要考虑间接的成本和效益、无形的成本和效益。对后者来讲，往往无法直接量化，且其估算的标准和方法会随着绩效审计对象的不同而有所不同。比如，教育支出、环境保护支出和公共卫生支出的社会效益在衡量标准与估算的原理上是不可能相同的。甚至同样的项目会有不同的衡量标准，不同的审计人员会有不同理解与判断，得出不同的结论。这使得每开展一项绩效审计，审计人员都必须在现场审计开始前，就衡量绩效的标准问题与被审计单位进行协商，或者寻求一种公认的、不存在异议的评价标准。此时，审计人员要特别注意所选择的评价标准的科学性、合理性、导向性，只有这样才能保证评价结果的权威性、公正性。因此，能否解决评价标准是关系到绩效审计能否规范化开展的关键。 难点五：财政预算管理体制的不规范 从市场失灵理论来看，政府的作用在于弥补市场失灵。所以，政府的活动范围仅限于市场失灵的领域——公共领域。但由于受传统财政体制的影响，市场在资源配置中的基础地位一直得不到确立，地方部门预算的支出中，并未体现出在这一方面的成功改革，“缺位”和“越位”现象还普遍存在。目前各地在编制部门预算时，仍存在着一些不规范问题：一是预算内容的不完整，有些项目未纳入部门预算，如科技三项费用、其他支出、发票工本费收入、大量的预算外收入等，即大量财政性资金并没有真正纳入政府公共预算范围；二是几乎没有一个地方政府真正采用了零基预算，部门预算在实质上仍然沿袭“基数加增长”的方式。这种增量预算法不能充分考虑影响预算收支规模及其他变动的诸多因素，以承认既得利益为前提，固定了原有的不合理的财政供给范围和支出结构，使地方财政资金的配置难以合理化，可能造成有的部门需要的资金供给不到位，而有的部门则在积压浪费预算资金；三是预算编制时间短，预算数据的确定往往由于缺乏充分的科学论证而使得预算过于简单粗糙或笼统，形成了所谓的“豆腐预算”；四是部门预算的透明度与公开度差，地方政府的预、决算草案仍是密级政府文件。这些问题的存在已成为违纪者逃避人大监督和抵御审计部门适时监督的最好掩体。审计部门往往由于预算不合理和过粗的问题而无从下手或需要耗费相当的人力、物力和财力才能弄清事实的真相，这就大大削弱了审计部门的效率，不利于审计部门及时向政府提供有用的管理信息，进而影响到我国绩效审计的顺利开展。
