（１）旧的思想观念和粗放型经济增长方式等因素对环境审计的阻挠。我国正处在经济转型时期，在由粗放型经济向集约型经济转化的过程中，经济增长决定论的观念仍在某些地方、某些人心中根深蒂固，可持续发展的观念还未真正树立。比如，一些地方片面追求经济发展指标，在经济利益的驱动下，置环境污染于不顾。在招商引资、地方经济扩张、政府官员“政绩”等各方面因素阻挠下，环境污染得不到有效遏制，环境保护工作往往难以开展，这对人民的生命健康构成了极大的威胁。有的地方政府在招商引资过程中甚至明确表示“我们的优势就是不怕污染”。这会给生态环境带来灾难，对人民群众的生命健康构成极大的危害。在这种状况下，环境审计的作用还仅限于消极的防范，环境审计应有的制约和促进作用还无从谈起。 （２）环境审计依据不完善，环境成本、环境效益评价指标体系缺乏。我国现行环境审计的依据主要是环境保护工作的“三十二字”总方针、“三同时制度”和“防治环境问题”的十条政策措施，《中华人民共和国环境保护法》《中国２１世纪议程——人口、资源和环境白皮书》以及《水污染保护法》《大气污染保护法》《森林保护法》等法律。这些政策、法律、规章制度还不尽完善，环境审计制度、环境会计准则等都还没有制定。 在环境审计过程中必然要对环境成本和效益进行分析。如何分析？需要使用哪些指标？这是环境审计面临的难题。由于审计依据不完善，对被审单位的环境影响、环境业绩进行评价时难度较大，环境审计可操作性差，且易产生审计风险。 （３）没有建立专门的环境审计机构，从事环境审计的人员素质不高。我国还没有设置专门的环境审计机构，也没有配备专门的环境审计人员。现行的审计机关机构设置模式，是按审计对象行业性质的不同而确立的，而环境审计的对象是与环境有关的组织、经营及管理活动，审计范围涉及多个领域、多个部门单位，它又具有较高程度的综合性与系统性。目前从事环境审计的人员主要是工交审计部门的人员，这决定了环境审计不可能成为他们的主要业务，环境审计工作难以成为经常性工作，这势必会削弱了环境审计的作用。
