（一）制定行之有效的合伙协议或章程 合伙协议或章程是会计师事务所内部治理机制的核心。会计师事务所作为中介组织，它不单纯是物质资本的组合，更主要是智力型劳动的组合。会计师事务所的组合应以章程为基础，注册会计师在章程范围内享有平等的权利与义务。因此，会计师事务所应根据《中华人民共和国注册会计师法》和《中华人民共和国公司法》或《中华人民共和国合伙企业法》及相关法规制定合伙协议或章程。合伙协议或章程应体现注册会计师行业以“人”为本的特点，体现“人合”的特质，并应对股权结构、合伙人或股东的条件以及合伙人或股东加入与退出的方式等条款予以特别关注。 （二）改革会计师事务所的领导机制 改革、创新会计师事务所的领导机制是其内部治理的关键环节。建立会计师事务所公开、民主领导机制的途径就是向公司化的法人治理机制发展，即构建会计师事务所的决策权、执行权、监督权的分工协作的领导机制。这种机制下，重大问题的决策均由合伙人会议或股东会、注册会计师大会共同讨论决定；重大问题决策后的执行，则应交由会计师事务所的执行经理或办公室主任负责办理，并向合伙人会议或股东会、注册会计师大会报告工作。与此同时，应成立监督小组，监督小组的成员由合伙人会议或股东会、注册会计师大会选举产生，监督小组的主要责任是对执行经理或办公室主任的工作实行监督，以保证各项决策的顺利实施。 （三）强化会计师事务所的内部控制 会计师事务所的内部治理应以业务质量控制为重点内容，否则，必将因业务控制失败而陷入困境。强化会计师事务所的内部控制主要应从以下环节上加以落实：（１）理念控制。理念控制营造的是会计师事务所质量控制的环境，从而决定了会计师事务所的整体文化。这就要求会计师事务所加强公众意识，以信誉谋发展，营造良好的声誉机制，在原则问题上不让步，真正做到独立、客观、公正。（２）政策控制。会计师事务所应按照相关法律、法规及准则的基本要求，结合其自身的实际情况，拟定相应的控制政策，以保证理念能够渗透到每个项目当中，传达到参与项目的每个业务人员。（３）程序控制。主要应包括：人员质量、审计工作的委派、专业胜任能力、现代审计技术的运用、与委托人的签约与续约，等等。此外，为了保证执业人员所进行的工作符合应有的质量标准，负责人应当对审计工作的相应层次提供充分的指导和监督。从我国注册会计师行业发展的现实情况来看，目前最关键的是三级复核制度的建立及其有效运行。（４）成立独立控制部门。这就要求对会计师事务所尤其是大型会计师事务所的内部组织机构及其职能进行调整，在其内控体系中设置一个独立的部门，依据特定规程，专门进行客户管理，检查控制政策、程序的落实情况，特别针对重大会计、审计问题以及风险较大的客户进行独立复核。 （四）规范会计师事务所的收入分配 根据“理性经济人”的假设，利益的激励对于提高会计师事务所的整体运作效率是至关重要的。因此，会计师事务所应规范其收入分配机制，慎重决定有关工资、福利、劳动保护、社会保险等涉及员工切身重大利益的问题。会计师事务所的利润分配，不应以“资合”作为唯一或主要的依据，而应做到“人合”与“资合”并重、责任承担与所获报酬匹配、物质报酬与精神激励相结合，以调动各个层面的积极性，并努力塑造出一批“品牌”注册会计师。无论采用何种分配方式，都应建立规范化的财务管理制度。合伙人或股东之间应做到财务公开、透明。财务管理需由专人负责，财务收支应有章可循、有据可查，年终财务报表应经外部审计，使得会计师事务所的分配机制和薪酬机制能够充分体现行业的特点，从而对内具有公平性，对外具有竞争力和吸引力。 （五）建立有效的内部培训制度 会计师事务所应明确每一级员工所需具备的能力，根据注册会计师后续教育制度的要求以及会计师事务所的实际情况，制定合理有效的培训制度。培训制度应与行业协会的要求相适应，并应结合最新的经济形势以及新出台的法律、法规和新颁布的会计准则，以不断扩大培训的知识面和深度，从而提高会计师事务所的整体业务能力和素质。与此同时，对一些有发展潜力的从业人员应加强外语、国际法、国际贸易、国际金融等方面的培训，为会计师事务所开拓海外市场奠定基础。此外，还应对全体员工进行诚信教育，使每位注册会计师及从业人员力争成为遵守行业规定的优秀人才。 （六）加强会计师事务所的风险管理 会计师事务所的业务质量并不完全取决于会计师事务所从业人员的主观努力，还深受委托单位的内部控制及信用状况等客观因素的影响。不仅如此，会计师事务所的业务还随时面临激烈的同业竞争、广泛的社会监督和法律诉讼案件的威胁。再加上专业技术系统的固有缺陷，使会计师事务所的内部治理更具不确定性。因此，会计师事务所应通过自身的努力，提高应对风险能力，从而尽可能地降低风险。这就需要提高注册会计师的业务素质，强化项目负责人的独立审计责任。相关项目负责人应对客户进行风险评估，以确定是否接受客户委托。尤其对于后任会计师事务所而言，应与前任会计师事务所进行及时联系，充分关注客户的诚信度和审计风险，以防止客户通过变更会计师事务所来规避不利审计意见。此外，为了避免因个别合伙人及注册会计师的执业问题所带来的风险，会计师事务所应计提风险基金并办理职业责任保险。
